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万見
- PDB-4z44: F454K Mutant of Tryptophan 7-halogenase PrnA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z44
タイトルF454K Mutant of Tryptophan 7-halogenase PrnA
要素Flavin-dependent tryptophan halogenase PrnA
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan 7-halogenase / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / : / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Tryptophan 7-halogenase PrnA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å
データ登録者Shepherd, S.A. / Karthikeyan, C. / Latham, J. / Struck, A.-W. / Thompson, M.L. / Menon, B. / Levy, C.W. / Leys, D. / Micklefield, J.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Extending the biocatalytic scope of regiocomplementary flavin-dependent halogenase enzymes.
著者: Shepherd, S.A. / Karthikeyan, C. / Latham, J. / Struck, A.W. / Thompson, M.L. / Menon, B.R.K. / Styles, M.Q. / Levy, C. / Leys, D. / Micklefield, J.
履歴
登録2015年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-dependent tryptophan halogenase PrnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1417
ポリマ－62,9371
非ポリマー1,2046
水5,909328
1
A: Flavin-dependent tryptophan halogenase PrnA
ヘテロ分子

A: Flavin-dependent tryptophan halogenase PrnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,28214
ポリマ－125,8742
非ポリマー2,40812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area38720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.100, 68.100, 275.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Flavin-dependent tryptophan halogenase PrnA


分子量: 62937.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: prnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P95480, tryptophan 7-halogenase

-
非ポリマー , 5種, 334分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.0 M Imidazole and MES Buffer Mix at pH 6.5, containing 0.09 M nitrate phosphate sulfate salt mix (NaNO3; Na2HPO4; (NH4)2SO4)) and 60% w/v glycerol and polyethylene glycol 4K)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.204→68.84 Å / Num. obs: 33920 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1977精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AQJ

2aqj


解像度: 2.204→68.84 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 1719 5.07 %
Rwork0.1708 --
obs0.1731 33911 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.204→68.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4152 0 74 328 4554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6715915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9911577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2044-2.26930.2641360.19712631X-RAY DIFFRACTION100
2.2693-2.34260.2471430.19042608X-RAY DIFFRACTION100
2.3426-2.42630.24521260.18632638X-RAY DIFFRACTION100
2.4263-2.52340.23661510.18532612X-RAY DIFFRACTION100
2.5234-2.63830.22961410.18032634X-RAY DIFFRACTION100
2.6383-2.77740.2341270.18492648X-RAY DIFFRACTION100
2.7774-2.95140.22541410.18682673X-RAY DIFFRACTION100
2.9514-3.17930.22591630.18122638X-RAY DIFFRACTION100
3.1793-3.49920.22131370.17632693X-RAY DIFFRACTION100
3.4992-4.00550.22471400.15412735X-RAY DIFFRACTION100
4.0055-5.04630.19131560.14092732X-RAY DIFFRACTION100
5.0463-68.87860.18921580.17442950X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20950.48570.21172.4127-0.31280.58690.0140.01610.1767-0.2632-0.00920.2519-0.3827-0.40090.01180.37640.12360.00370.24460.02570.3003-42.2792-14.153-18.4664
20.4995-0.4096-0.24181.58860.39761.7397-0.0022-0.0152-0.0819-0.16860.0727-0.00370.16690.0706-0.07920.2449-0.00580.04490.1133-0.00830.2399-23.1365-40.6984-20.3371
31.1871-0.25320.01881.96620.48231.9092-0.00680.14510.2151-0.53940.02410.2049-0.8154-0.30680.02070.62210.18070.03520.20380.06280.2958-37.9715-7.7856-22.2643
41.28030.0818-0.71741.5662-1.00571.8831-0.11720.20130.0154-0.62950.1311-0.0205-0.1072-0.0052-0.0260.3710.00750.07210.1569-0.00440.2216-21.1028-25.9348-34.676
50.68110.1674-0.4820.8028-0.26411.60420.0145-0.02650.0351-0.16260.0363-0.1013-0.31470.0451-0.02750.3481-0.00150.06420.12510.00710.2673-23.1834-16.4198-18.6716
60.8288-1.48120.54642.9129-0.19452.0617-0.1121-0.204-0.10820.24790.23810.215-0.08710.0498-0.12320.23620.05260.06410.2062-0.0150.2509-18.5052-33.6795-7.134
73.4539-0.18753.71541.48790.00746.04490.0575-0.1356-0.2108-0.07080.03370.21530.4308-0.2107-0.09990.3577-0.01250.08970.16990.0050.3434-30.5723-49.1367-18.9839
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 152 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 153 through 235 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 236 through 305 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 306 through 417 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 418 through 481 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 482 through 517 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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