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- PDB-4z3y: Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z3y
タイトルActive site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in complex with Benzoyl-CoA
要素
  • Benzoyl-CoA reductase, putative
  • Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / aromatics / reductase / Benzoyl-CoA / anaerobic
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S binding domain / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase; A, domain 1 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal ...4Fe-4S binding domain / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase; A, domain 1 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain superfamily / : / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domains 2 & 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
benzoyl coenzyme A / Chem-MTE / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand / : / Benzoyl-CoA reductase, putative / Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.359 Å
データ登録者Weinert, T. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Huwiler, S.G. / Boll, M. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / : 2015
タイトル: Structural basis of enzymatic benzene ring reduction.
著者: Weinert, T. / Huwiler, S.G. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Hellwig, P. / Stark, H.J. / Biskup, T. / Weber, S. / Cotelesage, J.J. / George, G.N. / Ermler, U. / Boll, M.
履歴
登録2015年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoyl-CoA reductase, putative
B: Benzoyl-CoA reductase, putative
C: Benzoyl-CoA reductase, putative
D: Benzoyl-CoA reductase, putative
E: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
F: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
G: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
H: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,22648
ポリマ-376,1188
非ポリマー13,10840
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38260 Å2
ΔGint-607 kcal/mol
Surface area113260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.767, 116.256, 143.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 1:653 )
211chain 'B' and (resseq 1:653 )

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Benzoyl-CoA reductase, putative


分子量: 73895.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
遺伝子: bamB-1, Gmet_2087 / 発現宿主: Geobacter metallireducens (バクテリア) / 株 (発現宿主): GS-15 / 参照: UniProt: Q39TV8
#2: タンパク質
Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein


分子量: 20133.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
遺伝子: bamC-1, Gmet_2086 / 発現宿主: Geobacter metallireducens (バクテリア) / 株 (発現宿主): GS-15 / 参照: UniProt: Q39TV9

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非ポリマー , 6種, 40分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C10H14N5O6PS2
#5: 化合物
ChemComp-W / TUNGSTEN ION


分子量: 183.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : W
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#7: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#8: 化合物
ChemComp-BYC / benzoyl coenzyme A


分子量: 871.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C28H40N7O17P3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 7 % (w/v) PEG 4000 0.2 M LiCl 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→79.85 Å / Num. all: 159187 / Num. obs: 150908 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.173 / Net I/σ(I): 5.48
反射 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z40
解像度: 2.359→79.804 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2746 1979 1.31 %
Rwork0.2415 --
obs0.2419 150665 94.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.359→79.804 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25805 0 556 0 26361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00427160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70636782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.59810334
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0253914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034797
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5186X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B5186X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3588-2.41780.47551200.39798907X-RAY DIFFRACTION79
2.4178-2.48320.4041520.372710699X-RAY DIFFRACTION96
2.4832-2.55630.39451370.349310759X-RAY DIFFRACTION96
2.5563-2.63880.3511450.329410788X-RAY DIFFRACTION96
2.6388-2.73310.36781380.325810749X-RAY DIFFRACTION96
2.7331-2.84250.36351440.312110724X-RAY DIFFRACTION95
2.8425-2.97190.32661410.290210690X-RAY DIFFRACTION95
2.9719-3.12860.29111350.273710741X-RAY DIFFRACTION96
3.1286-3.32460.31521500.271310744X-RAY DIFFRACTION96
3.3246-3.58130.29131370.261610694X-RAY DIFFRACTION95
3.5813-3.94170.27941430.224410667X-RAY DIFFRACTION95
3.9417-4.51210.21881480.197710860X-RAY DIFFRACTION96
4.5121-5.68450.2231380.192910808X-RAY DIFFRACTION95
5.6845-79.850.20081510.178310856X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00530.3902-1.05690.7119-0.09641.58890.0899-0.0942-0.0475-0.2389-0.0934-0.1438-0.13220.07890.00790.55150.02260.23720.32580.00860.623344.822227.939911.1037
24.77620.5243-1.38232.12230.0173.3086-0.09060.8013-0.3216-0.98990.06440.0030.1203-0.3440.09060.92510.07120.16850.36490.00680.430338.498625.7751-14.1016
31.66760.6982-0.97140.9953-0.47711.39060.1402-0.28950.0105-0.2875-0.1343-0.5381-0.1820.3766-0.01720.6223-0.02630.39330.46690.00740.892365.077635.25994.3085
40.77880.147-0.19280.4952-0.30660.36680.91380.37291.3286-0.6637-0.2111-0.2283-1.1194-0.2779-0.28491.42060.50890.79910.65740.45511.2973-6.969555.30127.5974
50.82061.6108-0.30193.6996-1.22750.8928-0.18470.3950.2624-0.6986-0.0566-0.1754-0.29690.22040.3612.08830.53740.76970.96110.68831.7118-4.199876.381512.4863
60.16170.05480.16290.5944-0.21150.27660.45170.640.6587-0.6673-0.02430.4795-0.6186-1.1160.2411.22981.03490.36981.50880.54911.2391-28.411954.299520.3274
71.507-0.0279-0.36281.9890.67081.48740.0166-0.0832-0.1213-0.0694-0.0413-0.46240.02030.09690.02350.2860.0860.07380.39520.05330.5807-31.781153.021478.8516
82.87810.0492-0.00472.4429-0.79191.14370.0338-0.44340.09580.49010.1604-0.3063-0.00780.3281-0.18660.2297-0.001-0.13990.3622-0.06840.2828-33.130671.788696.8165
91.4678-0.3280.01321.36580.61421.0171-0.0357-0.4072-0.1690.07270.2365-0.71240.09910.544-0.13310.32960.10520.00310.75320.0220.9578-10.921148.864886.758
102.0119-0.1135-0.82930.9402-0.51072.1635-0.12660.118-0.40560.1716-0.10560.31570.2315-0.03020.15940.4343-0.05570.19020.4427-0.17560.6991-86.414629.174190.3964
112.83260.7951-1.21393.6957-1.08993.581-0.4519-0.7822-1.0310.4783-0.0451-0.13650.41660.59610.4490.68220.19310.23610.67650.22670.6948-81.272822.9465115.28
121.45120.197-0.86231.1781-0.61691.8925-0.10790.2493-0.36550.40890.03130.78510.0793-0.4550.01720.3823-0.04130.19890.5709-0.14530.8875-105.989837.762497.7512
136.22996.12061.70526.03521.60061.03510.4539-0.73880.64840.032-0.1346-0.1129-0.50770.1845-0.34050.8479-0.10830.3790.4286-0.07420.808336.526339.497726.4852
142.60050.4091-0.56952.0452-0.47861.66230.2885-0.35590.10560.146-0.07810.1305-0.24390.1144-0.19690.4713-0.01770.22640.4038-0.0070.608922.963229.146932.497
154.22913.36230.1157.9148-2.62943.18350.3303-1.0848-0.40150.7761-0.1980.3791-0.26620.0607-0.0210.5192-0.15090.23820.67630.01170.54534.60626.838842.3947
164.1776-1.6707-2.3880.67710.9491.36460.4272-0.76410.77440.3048-0.1431-0.3376-0.9471.278-0.32970.6881-0.24580.25170.7369-0.12340.8240.447541.710238.8562
175.7855-0.0901-0.68432.3884-0.70051.18190.5753-1.25160.69580.6005-0.06080.1721-0.47220.3168-0.6030.6059-0.26860.38760.6172-0.21891.016929.829648.046638.6366
188.206-0.5899-1.46922.00531.3098.97830.0416-0.59010.24370.7277-0.19760.8516-0.3229-0.81380.09930.50310.02040.14250.74240.03290.73413.303232.402857.4987
199.06153.2076-6.88819.5352.79578.49820.2066-1.2219-1.27320.59630.2824-0.02010.75070.2578-0.43180.7650.00620.09580.7080.1360.71375.92820.93261.2236
200.89650.6744-0.45881.0104-1.19921.70290.67520.36490.8406-0.5946-0.1877-0.3005-0.4524-0.0401-0.38180.46160.09510.16620.3740.09340.43113.833134.350133.7446
212.94190.3808-1.09072.0379-0.87752.6280.6247-0.44970.39580.1896-0.07880.0957-0.66470.3838-0.57410.5796-0.04530.30850.494-0.08450.677617.548238.871337.7239
225.78080.85260.78482.4871-0.13873.33620.2403-0.41350.48550.40850.0319-0.00080.63680.4823-0.09760.3564-0.0967-0.06980.2997-0.00110.19017.371332.279546.6804
230.00120.00770.01860.12110.10530.78590.14770.0198-0.1795-0.1780.06250.20770.1586-0.13560.11130.29650.1106-0.24270.41260.10270.02760.119625.577433.5891
241.80530.1890.66012.8284-0.34148.10810.1138-0.232-0.45720.2092-0.1091-0.14620.5140.5484-0.00420.3749-0.01960.07540.4830.04230.500913.185219.962132.919
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373.9998-1.76290.04334.47364.76496.95190.05691.3875-0.7675-0.9931-0.2586-0.38590.0365-0.29640.11630.42420.00050.09270.7179-0.19710.3674-75.394831.585959.5342
389.05680.0725-3.10083.5714-1.3991.70560.63560.85990.3166-0.4783-0.1117-0.2005-0.1488-0.609-0.44560.5269-0.00490.03140.6979-0.08370.5178-79.707746.278565.0724
392.7656-1.1965-2.13032.1431.34392.55720.06040.71550.1074-0.31180.1493-0.65630.1555-0.1213-0.23240.39810.0244-0.09160.8702-0.19250.3883-55.607943.238256.4859
404.30150.8752-2.40380.2337-0.50481.43930.21492.0732-0.857-0.83590.2459-0.34480.60760.0539-0.41721.4307-0.17890.06281.8351-0.65651.0944-47.44725.994540.3904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resid 1 through 349 ) or resid 1005 or resid 1003 or resid 1004 or resid 1002 or resid 1006 or resid 1008)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 350 through 407 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 408 through 653 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resid 1 through 349 ) or resid 1004 or resid 1002 or resid 1006 or resid 1008)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 350 through 407 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 408 through 653 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and ((resid 1 through 349 ) or resid 1004 or resid 1002 or resid 1006 or resid 1008)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 350 through 407 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 408 through 653 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and ((resid 1 through 349 ) or resid 1004 or resid 1002 or resid 1006 or resid 1008)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 350 through 407 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 408 through 652 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and ((resid 6 through 57 ) or resid 1001)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and ((resid 58 through 104 ) or resid 1003)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 105 through 114 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and ((resid 115 through 127 ) or resid 1002)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 128 through 148 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 149 through 163 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 164 through 174 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and ((resid 7 through 57 ) or resid 1001)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and ((resid 58 through 104 ) or resid 1003)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 105 through 114 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and ((resid 115 through 127 ) or resid 1002)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 128 through 150 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 151 through 163 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 164 through 176 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and ((resid 7 through 57 ) or resid 1001)
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and ((resid 58 through 104 ) or resid 1003)
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 105 through 114 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and ((resid 115 through 127 ) or resid 1002)
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 128 through 140 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 141 through 150 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 151 through 163 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 164 through 175 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and ((resid 6 through 57 ) or resid 1001)
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and ((resid 58 through 104 ) or resid 1003)
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 105 through 114 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and ((resid 115 through 127 ) or resid 1002)
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 128 through 163 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 164 through 174 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る