PDB-4z3w: Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z3w

タイトル

Active site complex BamBC of Benzoyl Coenzyme A reductase in complex with 1,5 Dienoyl-CoA

要素

Benzoyl-CoA reductase, putative
Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aromatics / reductase / Benzoyl-CoA / anaerobic

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.208 Å

データ登録者

Weinert, T. / Kung, J. / Weidenweber, S. / Huwiler, S. / Boll, M. / Ermler, U.

資金援助

ドイツ,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
German Research Foundation	BO 1565/10-2	ドイツ
German Research Foundation	ER 222/5-2	ドイツ
Swiss National Science Foundation	P1SKP3-198452	スイス
Swiss National Science Foundation	P1SKP3-155073	スイス

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of enzymatic benzene ring reduction.
著者: Weinert, T. / Huwiler, S.G. / Kung, J.W. / Weidenweber, S. / Hellwig, P. / Stark, H.J. / Biskup, T. / Weber, S. / Cotelesage, J.J. / George, G.N. / Ermler, U. / Boll, M.

履歴

登録	2015年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月8日	Group: Database references
改定 1.3	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z3w.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z3w.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z3w_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z3w_full_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示
XML形式データ	4z3w_validation.xml.gz	118.5 KB	表示
CIF形式データ	4z3w_validation.cif.gz	160.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z3xC 4z3yC 4z3zC 4z40SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z3y-d 4z3x-d 4z40-d 4z3z-d 7m7w-d 5dgy-1 4r83-d 1de4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (2) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (2) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (2) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (2)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (2)
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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (2)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (2)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (2)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (2)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Benzoyl-CoA reductase, putative

B: Benzoyl-CoA reductase, putative

C: Benzoyl-CoA reductase, putative

D: Benzoyl-CoA reductase, putative

E: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

F: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

G: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

H: Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

ヘテロ分子

389 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.340, 116.300, 144.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 1:653 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 1:653 )

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Benzoyl-CoA reductase, putative 分子量: 73895.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア) 遺伝子: bamB-1, Gmet_2087 / 発現宿主: Geobacter metallireducens (バクテリア) / 株 (発現宿主): GS-15 / 参照: UniProt: Q39TV8
#2: タンパク質	Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein 分子量: 20133.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア) 遺伝子: bamC-1, Gmet_2086 / 発現宿主: Geobacter metallireducens (バクテリア) / 株 (発現宿主): GS-15 / 参照: UniProt: Q39TV9

#1: タンパク質

Benzoyl-CoA reductase, putative

分子量: 73895.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
遺伝子: bamB-1, Gmet_2087 / 発現宿主:

Geobacter metallireducens (バクテリア) / 株 (発現宿主): GS-15 / 参照: UniProt: Q39TV8

#2: タンパク質

Iron-sulfur cluster-binding oxidoreductase, putative benzoyl-CoA reductase electron transfer protein

分子量: 20133.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
遺伝子: bamC-1, Gmet_2086 / 発現宿主:

Geobacter metallireducens (バクテリア) / 株 (発現宿主): GS-15 / 参照: UniProt: Q39TV9

-
非ポリマー , 7種, 547分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン分子量: 395.352 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₆PS₂
#5: 化合物	ChemComp-W / TUNGSTEN ION 分子量: 183.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#8: 化合物	ChemComp-4KX / 1,5 Dienoyl-CoA / Cyclohex-1,5-diene-1-carbonyl-CoA / 1,5-シクロヘキサジエニルカルボニルCoA 分子量: 873.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₂N₇O₁₇P₃S
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 4.2 % PEG 4000, 0.2 M LiCl, 2 mM DTT, 1 mM ZnSO4 and 0.2 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.208→82.68 Å / Num. all: 194610 / Num. obs: 180047 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.86 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 7.59
反射シェル	解像度: 2.208→2.34 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / % possible all: 63.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z40

4z40

解像度: 2.208→82.63 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2222	2340	1.3 %
R_work	0.178	-	-
obs	0.1786	179952	92.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.208→82.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25815	0	556	507	26878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	27203
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	36845
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.196	10369
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	3920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4786

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	5165	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5165	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2076-2.2526	0.3846	79	0.3401	5943	X-RAY DIFFRACTION	53
2.2526-2.3016	0.3509	99	0.2944	7503	X-RAY DIFFRACTION	67
2.3016-2.3551	0.3491	119	0.2746	8434	X-RAY DIFFRACTION	75
2.3551-2.414	0.3035	117	0.2589	9681	X-RAY DIFFRACTION	85
2.414-2.4793	0.3076	146	0.2504	10801	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4793-2.5523	0.2754	140	0.2327	11156	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5523-2.6347	0.2935	152	0.2225	11254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6347-2.7288	0.2632	147	0.2181	11233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7288-2.8381	0.2775	151	0.2193	11231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9673	0.2633	144	0.2194	11255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9673-3.1237	0.2479	144	0.2147	11264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1237-3.3194	0.2682	155	0.2077	11261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3194-3.5757	0.2315	147	0.1889	11291	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5757-3.9356	0.2046	149	0.1572	11261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9356-4.505	0.1686	152	0.133	11280	X-RAY DIFFRACTION	100
4.505-5.6757	0.1646	146	0.1202	11323	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6757-82.6879	0.1592	153	0.1289	11441	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5848	0.3815	-0.3151	1.2932	-0.2482	1.0322	-0.029	-0.1939	-0.2376	-0.1228	-0.0754	-0.1753	0.0951	0.1042	0.0695	0.3698	0.0205	0.1352	0.2191	0.0398	0.4001	47.4112	20.3321	16.0417
2	0.9359	0.3289	-0.5481	1.2202	-0.1514	1.2017	0.2997	0.1647	0.3663	-0.3875	-0.0247	-0.0727	-0.4749	-0.1804	-0.241	0.6735	0.0898	0.2258	0.3338	0.0693	0.5352	39.0357	42.6457	1.6237
3	0.3894	0.1425	-0.3349	0.9881	0.1261	0.394	-0.0335	0.3159	-0.0256	-1.0359	0.0668	-0.4799	-0.0998	-0.0259	0.1078	0.9205	0.021	0.2303	0.3132	0.0048	0.3287	46.2186	28.5225	-12.2254
4	1.1146	0.38	-0.7687	0.9497	-0.4536	1.276	0.1156	-0.2316	0.0153	-0.2617	-0.1271	-0.5906	-0.1679	0.2907	0.0534	0.5298	-0.0364	0.2545	0.3659	-0.0039	0.6857	66.5031	36.5611	7.2128
5	0.8359	0.1438	0.1392	0.5481	-0.1799	0.5151	0.5323	-0.006	1.0059	-0.3226	-0.0471	-0.2369	-0.6338	-0.2884	0.2157	0.8133	0.1584	0.5027	0.4008	0.0496	1.0366	-8.4194	56.4677	37.7369
6	0.2561	0.2997	-0.1541	0.3324	-0.1775	0.0816	0.4289	0.6209	0.6565	-0.6649	-0.1551	0.0521	-0.233	-0.2019	-0.1659	1.3128	0.4286	0.3568	1.0262	0.3808	0.8576	-6.745	51.6476	6.0259
7	0.0264	0.0138	0.0515	0.0083	-0.0039	0.0114	0.4336	0.4363	0.9729	-0.5084	-0.0531	-0.0972	-0.6025	-0.0697	0.98	1.4502	0.3588	0.6751	0.7551	0.546	1.5397	-5.2177	68.8321	14.9503
8	1.6591	-0.0163	0.2191	1.1605	-0.4651	0.2184	0.2306	0.4182	0.6253	-0.4283	0.1203	0.4005	-0.3013	-0.5468	-0.0102	0.853	0.333	0.1507	0.8959	0.3145	0.9307	-29.3461	52.2572	21.4666
9	1.5896	-0.1185	-0.2365	1.4297	0.3311	1.2377	0.0167	0.0741	-0.1754	-0.1924	-0.0002	-0.3475	-0.0756	0.0606	-0.0331	0.2617	0.0804	0.0717	0.3241	0.0431	0.476	-29.4479	54.5151	70.7882
10	0.9321	0.8522	0.0797	1.6545	0.9843	1.4127	0.035	-0.3015	-0.2004	0.4	-0.0978	-0.0987	0.2994	-0.0267	0.1002	0.3947	0.0694	-0.0701	0.4896	0.0881	0.4054	-37.0157	50.7568	96.1048
11	1.1355	-0.5175	-0.4202	0.916	0.3961	0.6628	0.0113	-0.3644	0.0068	0.1828	0.112	-0.5791	-0.0582	0.2862	-0.0188	0.2606	0.0483	-0.1273	0.4694	0.0154	0.5357	-23.971	61.0161	95.7263
12	1.2023	-0.2236	-0.2109	1.1205	0.2359	1.3394	-0.0607	-0.3052	-0.2127	0.1138	0.1678	-0.6625	0.0806	0.4679	-0.0279	0.3266	0.0993	-0.0473	0.6004	0.0413	0.9667	-8.7945	47.3877	83.5174
13	0.8825	-0.0143	-0.2576	0.6197	-0.0356	0.9337	-0.3182	0.3582	-0.986	0.1527	-0.1231	0.3783	0.6184	-0.1132	-0.3744	0.4439	-0.0854	0.1502	0.4523	-0.289	0.8906	-89.6237	20.2587	85.0193
14	1.7945	-0.135	-0.5281	1.7577	-0.7097	2.1158	0.0897	0.2054	0.1777	0.2266	-0.0534	0.2084	-0.5398	-0.0526	0.0177	0.3509	-0.0013	0.0336	0.3998	-0.078	0.3917	-88.5206	49.2243	89.5362
15	2.4534	0.3056	-1.7898	1.4856	-0.2419	2.9707	-0.0095	-0.3795	-0.2855	0.4106	-0.0772	0.1023	-0.1111	0.4347	0.1158	0.3936	-0.0102	0.0497	0.4057	-0.0275	0.393	-77.5591	39.3239	102.7859
16	1.5562	-0.2468	-0.6063	1.5096	-0.4349	1.3966	-0.2758	-0.3041	-0.5921	0.4716	0.0012	0.3293	0.2191	0.2125	0.2372	0.5668	0.0078	0.2328	0.43	0.0065	0.6188	-91.5299	32.4359	109.6317
17	0.8702	0.16	-0.4969	1.2871	-0.4027	1.0346	-0.1095	0.3786	-0.4231	0.358	-0.1157	1.0188	0.0518	-0.6041	-0.2015	0.3076	-0.067	0.1638	0.5551	-0.1869	0.8922	-108.7329	37.9666	94.3623
18	2.2921	-0.7579	0.1668	0.9237	-0.3112	1.1411	0.2043	-0.2691	0.3356	0.2146	-0.1384	0.1302	-0.2521	0.1671	-0.0713	0.4238	-0.0741	0.1505	0.3452	-0.0225	0.381	36.1691	36.0448	32.6832
19	1.6219	0.0852	-0.804	1.7012	-0.3573	0.8184	0.2513	-0.1115	0.1247	0.1033	-0.1068	0.0258	-0.2354	0.1233	-0.1255	0.3554	-0.0052	0.1355	0.2447	-0.0108	0.3653	22.9853	29.7124	32.3051
20	2.3875	1.4646	-0.5471	3.1239	-1.8205	2.0104	0.0142	-0.6719	-0.2018	0.5815	-0.3958	-0.2849	-0.115	-0.1817	-0.0477	0.4821	-0.0367	0.1069	0.4445	0.0295	0.365	34.4488	27.2032	42.0962
21	2.1633	-0.5139	-1.4182	1.464	0.0714	1.6185	0.2624	-0.3711	0.4448	-0.1574	-0.2422	0.0811	-0.5555	0.5733	-0.219	0.5438	-0.1672	0.1593	0.3501	-0.1108	0.3991	40.9589	43.0506	38.5439
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25	2.0693	0.4985	-1.0149	0.5811	-0.1941	1.0051	0.307	0.0183	0.4144	-0.1757	0.0162	-0.0773	-0.2888	-0.0892	-0.248	0.3648	0.0408	0.126	0.2289	-0.0102	0.3119	9.1507	36.0365	34.8415
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32	1.6021	0.1653	-0.2116	1.3433	0.0667	2.587	0.1497	0.3611	0.3578	-0.4379	-0.1778	0.02	-0.2173	0.07	-0.0073	0.3548	0.0318	0.0791	0.5373	-0.0353	0.4244	-54.9838	41.7868	64.0182
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37	2.3617	-0.6765	-0.5544	2.5567	-0.6864	5.2189	0.1942	0.8709	0.5765	-0.6205	-0.2806	-0.0699	-0.3174	0.17	0.0851	0.5273	0.0477	-0.013	0.6455	0.0651	0.411	-65.4575	51.3955	61.9717
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42	2.0038	-0.2907	-0.6031	1.74	0.0661	0.6102	0.3187	0.7541	0.2808	-0.2569	-0.2218	0.1987	-0.0469	-0.3115	0.0782	0.3664	0.0842	-0.0389	0.7233	-0.0469	0.3964	-80.1757	47.8292	65.4577
43	2.0819	-0.6382	-1.3513	1.8651	0.68	1.1104	0.0201	0.392	0.6462	-0.3974	0.1319	-0.1626	-0.158	-0.2962	-0.1664	0.2774	0.0119	-0.0018	0.5255	-0.0091	0.4615	-68.0554	51.8978	66.5351
44	2.8977	-0.2798	-0.166	2.7158	1.0728	2.9753	-0.3211	0.7462	-0.7237	-0.548	0.0237	-0.5527	0.5014	0.3898	0.1641	0.6708	-0.086	0.162	0.943	-0.4095	0.7905	-42.5312	35.261	46.9084
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 233 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 234 through 349 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 350 through 451 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 452 through 652 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 233 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 234 through 297 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 298 through 433 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 434 through 652 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 243 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 244 through 349 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 350 through 481 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 482 through 653 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1 through 213 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 214 through 263 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 264 through 349 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 350 through 481 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 482 through 652 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 7 through 57 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 58 through 104 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 105 through 114 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 115 through 127 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 128 through 149 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 150 through 163 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 164 through 174 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 7 through 84 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 85 through 114 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 115 through 140 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 141 through 150 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 151 through 163 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 164 through 176 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 7 through 84 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 85 through 104 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 105 through 140 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 141 through 150 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 151 through 163 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 164 through 175 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 6 through 15 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 16 through 57 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 58 through 84 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 85 through 104 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 105 through 114 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 115 through 127 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 128 through 150 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 151 through 163 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 164 through 174 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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