PDB-4z3j: Crystal structure of the lectin domain of PapG from E. coli BI47 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z3j

タイトル

Crystal structure of the lectin domain of PapG from E. coli BI47 in space group P1

要素

PapG, lectin domain

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / UPEC / urinary tract infection / fimbrial adhesin / adhesin / type I pili / PapG / carbohydrate binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Navarra, G. / Zihlmann, P. / Stangier, K. / Preston, R.C. / Rabbani, S. / Maier, T. / Ernst, B.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Carbohydrate-Lectin Interactions: An Unexpected Contribution to Affinity.
著者: Navarra, G. / Zihlmann, P. / Jakob, R.P. / Stangier, K. / Preston, R.C. / Rabbani, S. / Smiesko, M. / Wagner, B. / Maier, T. / Ernst, B.

履歴

登録	2015年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z3j.cif.gz	457.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z3j.ent.gz	384.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z3j_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z3j_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	4z3j_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	4z3j_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z3eC 4z3fC 4z3gC 4z3hC 4z3iC 1j8sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1j8s-d 4z3g-1 1l3p-1 4z3i-d 6e28-d 2f1v-4 2y1z-d 1otm-d 4fho-1 1sj7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PapG, lectin domain

B: PapG, lectin domain

C: PapG, lectin domain

D: PapG, lectin domain

91 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PapG, lectin domain

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PapG, lectin domain

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PapG, lectin domain

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PapG, lectin domain

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.760, 56.560, 70.940
Angle α, β, γ (deg.)	112.76, 102.76, 88.12
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	PapG, lectin domain 分子量: 22755.660 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 20-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: G801_04654, G801_04690 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): 494 / 参照: UniProt: T7DCJ2, UniProt: A0A182DW20*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.77 % / 解説: thin plates
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30 % PEG2000 MME, 0.15 M KBr

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99986 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→52.068 Å / Num. obs: 23326 / % possible obs: 95.15 % / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1J8S

1j8s

解像度: 2.5→52.068 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2456	1167	5 %
R_work	0.2193	-	-
obs	0.2207	23326	95.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→52.068 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6395	0	0	218	6613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6607
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853	8989
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.77	2339
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	919
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1155

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5001-2.6139	0.3489	146	0.2985	2760	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6139-2.7517	0.3515	145	0.2831	2760	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7517-2.9241	0.2711	146	0.2688	2767	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9241-3.1498	0.3046	148	0.2435	2806	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1498-3.4667	0.2545	144	0.2271	2749	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4667-3.9682	0.2315	144	0.2036	2743	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9682-4.9989	0.1748	147	0.1662	2788	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9989-52.079	0.1977	147	0.1827	2786	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5874	-0.4285	-0.3812	0.0447	-0.0481	1.9828	-0.1246	-0.1243	0.0422	0.1309	0.0152	0.1176	-0.085	0.2185	0.0215	0.3202	0.0572	-0.061	0.1645	-0.0161	0.2029	-10.2738	5.7097	-21.8822
2	0.8415	0.0452	0.3991	0.2595	-0.2875	1.4439	-0.0896	-0.1409	-0.0376	-0.0558	0.1087	0.0091	0.0268	-0.2495	-0.1243	0.3091	0.0583	0.0331	0.1776	0.0127	0.2958	-10.5012	6.8078	-14.0966
3	2.8062	0.1875	-1.2538	1.1733	1.8308	3.7467	0.1893	-0.4434	-0.0219	-0.3987	-0.3346	-0.1268	0.0153	0.6869	0.0404	0.3322	0.1327	-0.0277	0.1685	0.0579	0.2035	2.3782	3.1972	-34.6686
4	1.6299	0.5601	-0.207	2.1525	-1.1572	2.2274	0.2243	-0.0019	0.1875	-0.0729	-0.1341	-0.2253	-0.4944	0.6748	-0.0559	0.398	0.0896	-0.0157	0.3867	0.0515	0.2454	-2.4365	11.8463	-14.5793
5	0.688	0.3925	-0.5625	0.1752	-0.1282	1.7723	-0.1417	0.2304	-0.1211	-0.1322	-0.174	-0.161	0.2225	-0.6758	0.1518	0.3154	0.058	0.0563	0.4364	-0.0117	0.3687	-18.0042	6.7705	-10.4698
6	1.9322	-0.5677	-1.017	1.8313	2.7466	4.3078	-0.0574	0.1638	0.1154	-0.4658	0.0977	-0.0444	-0.9534	0.5687	-0.1819	0.2563	-0.0265	-0.0289	0.1247	0.0346	0.1574	2.3318	6.7266	-39.1271
7	1.0948	-0.1799	-1.5883	-0.2266	0.1947	3.6116	-0.0218	-0.1822	-0.0865	-0.0331	0.0009	0.0291	0.0604	0.2115	0.0217	0.3133	0.0511	-0.0197	0.2102	-0.0101	0.192	-5.7992	4.2378	-21.4189
8	2.8008	0.2039	-1.302	0.7661	-0.4057	4.0385	0.0048	0.2482	0.0818	-0.1371	0.0811	0.0825	0.0109	-0.1676	-0.123	0.2251	0.0324	-0.0442	0.1838	-0.0283	0.2689	-8.2936	33.7726	-23.3031
9	2.0997	0.2236	-1.3594	-0.5649	0.3106	2.2616	-0.0812	-0.1557	-0.0591	-0.0389	-0.0071	0.1213	0.06	0.236	0.0678	0.3033	0.0245	0.0111	0.1503	0.0442	0.2474	-5.7045	34.7063	-19.1968
10	0.4494	0.322	-0.0911	0.2094	0.803	5.6138	0.086	0.0137	0.1703	0.0243	0.0349	-0.1514	-0.1369	-0.5529	-0.1878	0.2287	0.0088	-0.0418	0.2965	-0.017	0.2422	12.9678	50.3831	28.3275
11	0.678	-0.0786	-0.6031	0.5567	0.4908	1.4818	0.0995	0.0776	0.1124	0.121	0.0171	-0.0986	0.0736	0.1473	-0.0912	0.1993	-0.0114	-0.0166	0.1698	0.019	0.1858	17.41	49.0511	12.9735
12	1.4467	0.9672	0.316	3.0253	-1.517	1.5949	0.2786	-0.1629	-0.6616	1.1382	-0.4022	0.0705	0.2001	-1.1076	-0.0164	0.6886	-0.1666	0.029	0.7601	-0.0592	0.0898	3.3656	47.5444	37.5766
13	0.8613	-0.7033	-0.3464	0.7518	0.7119	1.9667	-0.0663	0.1446	0.1095	-0.0395	-0.1075	0.1233	0.0519	0.262	0.0243	0.2136	-0.0552	-0.0014	0.1439	-0.0472	0.3018	14.7416	52.6521	15.3029
14	1.3974	-0.4918	0.0115	-0.167	0.2134	3.8731	-0.0051	-0.102	-0.0854	-0.0743	-0.0554	0.1705	0.0719	-0.6142	0.0417	0.2124	-0.0728	0.0087	0.1972	0.0186	0.1773	9.7302	48.4468	27.6153
15	2.1368	0.6401	-2.7731	1.551	0.9962	6.4273	-0.1492	-0.604	-0.2079	0.4713	-0.3819	0.1856	0.2499	1.0021	0.1832	0.2749	-0.0961	-0.0443	0.2807	0.0313	0.2942	12.1331	22.4506	29.6826
16	1.485	0.4291	-1.996	0.387	-1.2014	4.5613	-0.0129	-0.0647	-0.0299	0.0844	-0.0924	-0.1208	-0.1706	0.1726	0.0893	0.1877	-0.0149	0.0151	0.1804	0.0122	0.2625	11.0976	22.0727	19.2962
17	0.4413	0.0015	-0.6495	0.4133	-0.5169	4.8003	-0.1379	-0.455	-0.4354	0.1162	-0.415	-0.4133	0.7323	-0.2777	-0.0593	0.2168	-0.0839	-0.1758	0.3167	0.0723	0.3014	7.7213	16.8846	31.1333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 85 through 111 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 112 through 133 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 134 through 146 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 147 through 195 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 44 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 45 through 195 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 0 through 26 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 27 through 67 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 68 through 84 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 85 through 133 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 134 through 195 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 1 through 34 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 35 through 174 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 175 through 195 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)