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- PDB-4z3a: Acetate-free structure of the enzyme-product complex resulting fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z3a | ||||||
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Title | Acetate-free structure of the enzyme-product complex resulting from TDG action on a GU mismatch | ||||||
![]() |
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![]() | Hydrolase/DNA / protein-DNA complex / Hydrolase-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() G/T mismatch-specific thymine-DNA glycosylase activity / thymine-DNA glycosylase / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / : / sodium ion binding / DNA N-glycosylase activity ...G/T mismatch-specific thymine-DNA glycosylase activity / thymine-DNA glycosylase / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / : / sodium ion binding / DNA N-glycosylase activity / mismatched DNA binding / SUMO binding / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / uracil DNA N-glycosylase activity / chloride ion binding / regulation of embryonic development / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / epigenetic regulation of gene expression / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / protein kinase C binding / transcription coregulator activity / base-excision repair / PML body / : / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / nucleic acid binding / damaged DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pozharski, E. / Malik, S.S. / Drohat, A.C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Thymine DNA glycosylase exhibits negligible affinity for nucleobases that it removes from DNA. Authors: Malik, S.S. / Coey, C.T. / Varney, K.M. / Pozharski, E. / Drohat, A.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 125 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 433.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xegC ![]() 4z47C ![]() 4z7bC ![]() 4z7zC ![]() 4fncS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23070.670 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 111-308 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA chain | Mass: 8646.565 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 8473.431 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | Microheterogeneity at residues 17 in chain D, this structure contains both anomeric forms of the ...Microheterogeneity at residues 17 in chain D, this structure contains both anomeric forms of the abasic nucleotide, ORP and AAB at 0.5 occupancy. |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 / Details: 0.2 M Ammonium chloride, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 24, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.72→32.24 Å / Num. obs: 43547 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 31.54 Å2 / Net I/σ(I): 6.64 |
Reflection shell | Resolution: 1.72→1.76 Å / Redundancy: 4.63 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Mean I/σ(I) obs: 0.57 / % possible all: 92.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4FNC Resolution: 1.72→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.106 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Blow DPI: 0.107 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.103
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Displacement parameters | Biso mean: 49.76 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.357 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.72→32.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.72→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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