PDB-4z37: Structure of the ketosynthase of module 2 of C0ZGQ5 (trans-AT PKS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z37

タイトル

Structure of the ketosynthase of module 2 of C0ZGQ5 (trans-AT PKS) from Brevibacillus brevis

要素

Putative mixed polyketide synthase/non-ribosomal peptide synthetase

キーワード

TRANSFERASE / polyketide / ketosynthase / trans-AT / AT-less / pks

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #100 / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Brevibacillus brevis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.998 Å

データ登録者

Martin, S.F. / Jakob, R.P. / Herbst, D.A. / Maier, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structural organization of trans-AT polyketide synthases: ketoacyl synthase and trans-acting enoyl reductase
著者: Martin, S.F. / Jakob, R.P. / Herbst, D.A. / Maier, T.

履歴

登録	2015年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z37.cif.gz	370.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z37.ent.gz	307.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z37_validation.pdf.gz	425.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z37_full_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示
XML形式データ	4z37_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	4z37_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z38C 2hg4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5erb-1 4na3-d 4na1-d 5erb-2 4na2-2 4na2-1 5elp-2 4zdn-1 2pgo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (15)
#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (6)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative mixed polyketide synthase/non-ribosomal peptide synthetase

72.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative mixed polyketide synthase/non-ribosomal peptide synthetase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.292, 85.800, 89.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-3435- HOH

#1: タンパク質	Putative mixed polyketide synthase/non-ribosomal peptide synthetase 分子量: 72254.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevibacillus brevis (strain 47 / JCM 6285 / NBRC 100599) (バクテリア) 株: 47 / JCM 6285 / NBRC 100599 / 遺伝子: BBR47_39870 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pRIL / 参照: UniProt: C0ZGQ5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.96 % / 解説: rod like
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium malonate, pH 7, and 15% polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.998→42.9 Å / Num. obs: 49103 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.998→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1938	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HG4

2hg4

解像度: 1.998→42.9 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	2476	5.04 %
R_work	0.1732	-	-
obs	0.1749	49103	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.998→42.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4751	0	0	440	5191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4944
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.796	6704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.38	1840
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	713
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	879

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9979-2.0363	0.2505	136	0.266	2471	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0363-2.0779	0.3163	120	0.2588	2559	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0779-2.123	0.3006	146	0.2506	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.123-2.1724	0.2683	127	0.2418	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1724-2.2268	0.2393	129	0.2204	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2268-2.287	0.2637	137	0.2085	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.287-2.3543	0.2157	142	0.1957	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3543-2.4302	0.2391	148	0.1897	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4302-2.5171	0.2622	162	0.1817	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5171-2.6179	0.2274	149	0.186	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6179-2.737	0.236	143	0.1691	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.737-2.8812	0.2142	133	0.1731	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8812-3.0617	0.2235	146	0.1731	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0617-3.298	0.1905	122	0.1649	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.298-3.6298	0.2109	126	0.1572	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6298-4.1546	0.1708	131	0.1453	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1546-5.2329	0.1564	147	0.1346	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2329-42.9099	0.1851	132	0.1711	2658	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1959	1.598	1.1934	2.1811	0.9877	1.7789	-0.0641	0.1806	0.4427	-0.3111	-0.0978	0.2131	-0.1932	0.0416	0.1492	0.2217	0.0306	-0.0367	0.218	0.062	0.2623	5.2691	48.2142	-16.754
2	2.3653	0.022	0.5986	3.0695	0.2046	2.0394	0.0899	0.0223	0.0165	-0.0372	-0.0422	0.1237	0.0235	-0.1812	-0.0576	0.1297	0.016	-0.0072	0.2245	0.0305	0.1797	-7.3874	40.0422	-11.1119
3	2.5103	0.0484	0.4248	1.4482	-0.1047	1.4446	0.0586	0.0049	0.108	-0.0456	-0.0451	0.0419	-0.0247	-0.0624	-0.02	0.168	0.0244	-0.0253	0.166	0.0094	0.1826	3.901	40.9751	-8.8378
4	2.2077	-0.3033	0.6871	1.8566	0.2661	2.3083	0.1298	-0.006	-0.2761	0.0798	-0.0265	-0.1753	0.2898	0.1399	-0.1299	0.1886	0.0304	-0.0214	0.213	0.015	0.2931	14.4468	28.7619	-3.7394
5	3.2602	-0.1833	1.5068	1.0483	-0.1372	1.905	0.1657	0.5862	-0.2954	-0.2804	-0.0532	-0.1824	0.2887	0.4143	-0.0713	0.2641	0.0818	0.0333	0.2957	-0.0517	0.2431	14.8155	30.5915	-20.6877
6	5.099	1.2897	0.5996	2.6866	-0.0972	2.3457	-0.0579	0.791	0.0188	-0.765	0.2066	0.4167	0.0696	-0.1637	-0.1599	0.5633	0.05	-0.1882	0.5484	-0.0321	0.3501	-19.0168	33.8094	-39.6544
7	5.0059	1.2733	1.9368	3.5014	1.0728	4.1727	-0.0933	0.6585	-0.2663	-0.3269	-0.047	0.3775	0.1312	-0.0261	0.1205	0.2972	0.0574	-0.0176	0.3706	-0.0277	0.2391	-12.609	34.0466	-31.8673

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2318 through 2426 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 2427 through 2461 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 2462 through 2577 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 2578 through 2618 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 2619 through 2819 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 2820 through 2885 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 2886 through 2933 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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