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- PDB-4z34: Crystal Structure of Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z34
タイトルCrystal Structure of Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 in complex with ONO9780307
要素Lysophosphatidic acid receptor 1, Soluble cytochrome b562
キーワードTRANSPORT PROTEIN/inhibitor / human lysophosphatidic acid receptor 1 (LPA1) / G-protein coupled receptor (GPCR) / membrane protein / antagonist / endogenous ligand / PSI-biology / structural genomics / GPCR network / lipidic cubic phase (LCP) / Compound design / polypharmacology / lipid receptor / TRANSPORT PROTEIN-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / Lysosphingolipid and LPA receptors / lysophosphatidic acid binding / negative regulation of cilium assembly / corpus callosum development / bleb assembly / oligodendrocyte development / cellular response to oxygen levels ...cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / Lysosphingolipid and LPA receptors / lysophosphatidic acid binding / negative regulation of cilium assembly / corpus callosum development / bleb assembly / oligodendrocyte development / cellular response to oxygen levels / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / regulation of synaptic vesicle cycle / regulation of metabolic process / optic nerve development / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of stress fiber assembly / neurogenesis / myelination / cerebellum development / dendritic shaft / GABA-ergic synapse / PDZ domain binding / cell chemotaxis / electron transport chain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell shape / presynaptic membrane / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / dendritic spine / postsynaptic membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of MAPK cascade / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / iron ion binding / neuronal cell body / heme binding / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysophosphatidic acid receptor EDG-2 / Lysophosphatidic acid receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate / Chem-ON7 / Soluble cytochrome b562 / Lysophosphatidic acid receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chrencik, J.E. / Roth, C.B. / Terakado, M. / Kurata, H. / Omi, R. / Kihara, Y. / Warshaviak, D. / Nakade, S. / Asmar-Rovira, G. / Mileni, M. ...Chrencik, J.E. / Roth, C.B. / Terakado, M. / Kurata, H. / Omi, R. / Kihara, Y. / Warshaviak, D. / Nakade, S. / Asmar-Rovira, G. / Mileni, M. / Mizuno, H. / Griffith, M.T. / Rodgers, C. / Han, G.W. / Velasquez, J. / Chun, J. / Stevens, R.C. / Hanson, M.A. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Antagonist Bound Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1.
著者: Chrencik, J.E. / Roth, C.B. / Terakado, M. / Kurata, H. / Omi, R. / Kihara, Y. / Warshaviak, D. / Nakade, S. / Asmar-Rovira, G. / Mileni, M. / Mizuno, H. / Griffith, M.T. / Rodgers, C. / Han, ...著者: Chrencik, J.E. / Roth, C.B. / Terakado, M. / Kurata, H. / Omi, R. / Kihara, Y. / Warshaviak, D. / Nakade, S. / Asmar-Rovira, G. / Mileni, M. / Mizuno, H. / Griffith, M.T. / Rodgers, C. / Han, G.W. / Velasquez, J. / Chun, J. / Stevens, R.C. / Hanson, M.A.
履歴
登録2015年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysophosphatidic acid receptor 1, Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4363
ポリマ－52,6141
非ポリマー8222
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.280, 112.150, 154.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細authors have indicated that the biological unit is unknown

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要素

#1: タンパク質 Lysophosphatidic acid receptor 1, Soluble cytochrome b562 / LPA-1 / Lysophosphatidic acid receptor Edg-2 / Cytochrome b-562 / Cytochrome b-562 / LPA-1 / ...LPA-1 / Lysophosphatidic acid receptor Edg-2 / Cytochrome b-562 / Cytochrome b-562 / LPA-1 / Lysophosphatidic acid receptor Edg-2


分子量: 52614.219 Da / 分子数: 1
断片: unp residues 2-232; unp residues 23-64; unp residues 73-127; unp residues 248-326
変異: M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: LPAR1, EDG2, LPA1, cybC / プラスミド: pFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92633, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-ON7 / {1-[(2S,3S)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-ylmethyl)-3-(3,5-dimethoxy-4-methylphenyl)-3-hydroxypropyl]-4-(methoxycarbonyl)-1 H-pyrrol-3-yl}acetic acid / ONO9780307


分子量: 521.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H35NO7
#3: 化合物 ChemComp-1WV / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate


分子量: 300.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.5), 34 - 38% (v/v) PEG400 and 200 mM ammonium acetate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.033
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.033
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2012年6月5日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年6月19日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0331
21
反射解像度: 3→45 Å / Num. obs: 10576 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 37.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ids 3V2Y and 4EIY

3v2y

4eiy


解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8253 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7754 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.475
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2805 531 5.02 %RANDOM
Rwork0.2543 ---
obs0.2556 10576 83.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 78.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0953 Å20 Å20 Å2
2---1.5013 Å20 Å2
3---4.5966 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.579 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2991 0 56 0 3047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013113HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.084234HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1424SINUSOIDAL4
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes63HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes475HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3113HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion422SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3594SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.35 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 131 5.06 %
Rwork0.2404 2460 -
all0.2418 2591 -
obs--83.6 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.4492 Å / Origin y: -18.8645 Å / Origin z: 31.0201 Å
111213212223313233
T-0.304 Å2-0.1247 Å2-0.0276 Å2-0.2548 Å2-0.016 Å2--0.2089 Å2
L0.6849 °2-0.3199 °20.1559 °2-0.7507 °2-0.8961 °2--0.9927 °2
S-0.0245 Å °0.0825 Å °-0.3207 Å °-0.0163 Å °0.2294 Å °0.0434 Å °-0.0464 Å °-0.1408 Å °-0.2049 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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