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万見
- PDB-4z33: Crystal structure of the syntenin PDZ1 and PDZ2 tandem in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z33
タイトルCrystal structure of the syntenin PDZ1 and PDZ2 tandem in complex with the Frizzled 7 C-terminal fragment and PIP2
要素
  • LYS-GLY-GLU-THR-ALA-VAL
  • Syntenin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / syntenin / PDZ / PIP2 / frizzle 7
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / somatic stem cell division / syndecan binding / Neurofascin interactions / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / Wnt receptor activity ...negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / somatic stem cell division / syndecan binding / Neurofascin interactions / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / neurexin family protein binding / mesenchymal to epithelial transition / presynapse assembly / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / cytoskeletal anchor activity / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion / negative regulation of receptor internalization / frizzled binding / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / protein targeting to membrane / regulation of canonical Wnt signaling pathway / Ephrin signaling / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / stem cell population maintenance / growth factor binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell-substrate adhesion / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell adhesion molecule binding / ionotropic glutamate receptor binding / cellular response to retinoic acid / ephrin receptor binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / PDZ domain binding / adherens junction / Asymmetric localization of PCP proteins / positive regulation of JNK cascade / G protein-coupled receptor activity / Regulation of necroptotic cell death / recycling endosome membrane / neuron differentiation / azurophil granule lumen / melanosome / extracellular vesicle / presynapse / T cell differentiation in thymus / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / chemical synaptic transmission / nuclear membrane / blood microparticle / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / membrane raft / protein heterodimerization activity / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / : / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain ...Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / : / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / D-MYO-INOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE / Syntenin-1 / Frizzled-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Egea-Jimenez, A.L. / Gallardo, R. / Garcia-Pino, A. / Ivarsson, Y. / Wawrzyniak, A.M. / Kashyap, R. / Loris, R. / Schymkowitz, J. / Rousseau, F. / Zimmermann, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the syntenin PDZ1 and PDZ2 tandem in complex with the Frizzled 7 C-terminal fragment and PIP2
著者: Egea-Jimenez, A.L. / Gallardo, R. / Garcia-Pino, A. / Ivarsson, Y. / Wawrzyniak, A.M. / Kashyap, R. / Loris, R. / Schymkowitz, J. / Rousseau, F. / Zimmermann, P.
履歴
登録2015年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syntenin-1
B: Syntenin-1
C: LYS-GLY-GLU-THR-ALA-VAL
D: LYS-GLY-GLU-THR-ALA-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,09911
ポリマ－37,3394
非ポリマー7607
水2,936163
1
A: Syntenin-1
C: LYS-GLY-GLU-THR-ALA-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2536
ポリマ－18,6692
非ポリマー5834
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8980 Å2
手法PISA
2
B: Syntenin-1
D: LYS-GLY-GLU-THR-ALA-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8475
ポリマ－18,6692
非ポリマー1773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.744, 71.744, 126.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Syntenin-1 / Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain- ...Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain-interacting protein 18 / TACIP18 / Scaffold protein Pbp1 / Syndecan-binding protein 1


分子量: 18064.779 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 111-275 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDCBP, MDA9, SYCL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O00560
#2: タンパク質・ペプチド LYS-GLY-GLU-THR-ALA-VAL


分子量: 604.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75084*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 170分子

#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IP2 / D-MYO-INOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE / D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate and 32,5% (w/v) PEG 4.000
PH範囲: 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 12233 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 52.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 4.23 / Num. measured obs: 1239 / % possible all: 99.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N99

1n99


解像度: 2.45→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9508 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9244 / SU R Cruickshank DPI: 0.569 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.019 / SU Rfree Blow DPI: 0.281 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.273
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2394 620 4.89 %RANDOM
Rwork0.1814 ---
obs0.1842 12689 99.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3993 Å20 Å20 Å2
2--2.3993 Å20 Å2
3----4.7986 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.326 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2543 0 48 163 2754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012618HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.243537HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d914SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes65HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes386HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2618HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.57
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion378SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3201SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.68 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2991 136 4.59 %
Rwork0.2122 2827 -
all0.216 2963 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4895-0.8563-1.20812.83510.70661.7242-0.27660.1255-0.26870.0490.11860.45030.2943-0.13560.158-0.0852-0.03220.0289-0.0668-0.0122-0.04421.7856-34.3689-9.2025
23.81071.56310.58441.69260.29560.4793-0.08990.0147-0.5481-0.02720.2362-0.4367-0.0150.1084-0.1464-0.06080.0070.018-0.08990.0006-0.0519.0636-9.4879-18.3745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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