PDB-4z2z: New crystal structure of yeast Ddi1 aspartyl protease reveals sub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z2z

タイトル

New crystal structure of yeast Ddi1 aspartyl protease reveals substrate engagement mode

要素

DNA damage-inducible protein 1

キーワード

HYDROLASE / protease / Ddi1

機能・相同性

機能・相同性情報

proteasome regulatory particle binding / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein secretion / vesicle-mediated transport / SNARE binding / positive regulation of DNA replication / ubiquitin binding / protein-macromolecule adaptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Trempe, J.-F. / Feng, X. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural studies of the yeast DNA damage-inducible protein Ddi1 reveal domain architecture of this eukaryotic protein family.
著者: Trempe, J.F. / Saskova, K.G. / Siva, M. / Ratcliffe, C.D. / Veverka, V. / Hoegl, A. / Menade, M. / Feng, X. / Shenker, S. / Svoboda, M. / Kozisek, M. / Konvalinka, J. / Gehring, K.

履歴

登録	2015年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z2z.cif.gz	123.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z2z.ent.gz	96.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z2z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z2z_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z2z_full_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示
XML形式データ	4z2z_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	4z2z_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z2z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n7eC 5kesC 2i1aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4uv6-1 4uv6-2 2d07-d 3pwh-d 3rey-d 4fjv-1 5tev-1 5b3w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA damage-inducible protein 1

B: DNA damage-inducible protein 1

32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.515, 50.051, 131.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA damage-inducible protein 1 / v-SNARE-master 1 分子量: 16331.970 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 185-325 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DDI1, VSM1, YER143W / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P40087
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

DNA damage-inducible protein 1 / v-SNARE-master 1

分子量: 16331.970 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 185-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DDI1, VSM1, YER143W / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P40087

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, 0.4M NaCl, 20% PEG 8000, 8 mg/ml protein, 1:1 uL drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50.06 Å / Num. obs: 25235 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 25.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 79.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
MOSFLM		データ削減
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2I1A

2i1a

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.445 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21305	1285	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18287	-	-	-
obs	0.18438	23898	96.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.613 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2003	0	0	149	2152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.478	1.976	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.273	5	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.76	25.059	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.684	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.246	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.012	2.502	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.653	3.738	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.401	2.667	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.408	21.209	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	73	-
R_work	0.197	1334	-
obs	-	-	74.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4008	0.7331	0.6745	2.1874	2.0608	2.0486	-0.0686	-0.0401	-0.0534	-0.5038	0.0683	-0.0134	-0.3846	0.097	0.0003	0.2659	-0.0121	-0.0299	0.0617	0.0008	0.0278	13.011	-0.83	6.226
2	0.6623	-0.2614	0.6574	3.2247	0.3796	0.7852	-0.0321	-0.0792	0.0309	-0.0315	-0.0434	0.1496	-0.042	-0.0945	0.0755	0.0633	0.0047	-0.0219	0.0942	-0.0175	0.0752	11.737	12.807	27.806
3	10.092	-9.007	-1.1621	20.3065	2.3189	3.473	0.0375	0.5963	0.1628	-1.0263	-0.1527	-0.4078	-0.1689	-0.2498	0.1152	0.1781	-0.013	0.005	0.0983	0.0551	0.1448	9.272	35.6	14.834
4	1.3279	-0.9297	0.1153	18.7375	2.3144	0.3291	0.0361	0.112	0.0606	-0.3348	-0.1222	0.4406	-0.0474	-0.0041	0.0861	0.2259	0.0073	-0.0633	0.0923	-0.024	0.0991	7.478	-26.211	16.063
5	0.1854	0.2069	0.2684	1.6124	0.4356	0.4165	-0.0372	-0.032	0.0233	-0.1266	0.0023	-0.0032	-0.046	-0.0139	0.0348	0.0894	-0.0078	-0.03	0.0945	0.0087	0.0625	13.615	8.303	21.705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	200 - 324
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	200 - 325
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	189 - 199
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	188 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	401 - 453
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	401 - 496

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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