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- PDB-4z1w: CRYSTAL STRUCTURE OF MONOMERIC BACTERIOPHYTOCHROME mutant D207L Y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z1w
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MONOMERIC BACTERIOPHYTOCHROME mutant D207L Y263F From Synchrotron
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / BACTERIOPHYTOCHROME / PAS / GAF / BILIVERDIN / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / Chem-LBW / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bhattacharya, S. / Satyshur, K.A. / Wangkanont, K. / Lehtivuori, H. / Forest, K.T.
資金援助 米国, フィンランド, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1518160 米国
Academy of Finland277194 フィンランド
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2015
タイトル: Removal of Chromophore-Proximal Polar Atoms Decreases Water Content and Increases Fluorescence in a Near Infrared Phytofluor.
著者: Lehtivuori, H. / Bhattacharya, S. / Angenent-Mari, N.M. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3553
ポリマ－37,1831
非ポリマー1,1712
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.434, 53.340, 65.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-638-

HOH

21A-707-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 37183.344 Da / 分子数: 1 / 変異: F145S,D207L Y263F, L311E, L314E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 化合物 ChemComp-LBW / 3-[2-[(Z)-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-pyrrol-1-ium-2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E,4R)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 % / 解説: Green prismatic crystals.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Crystals of D207L-Y263F phytochrome mutant were grown from hanging drop vapor diffusion in 20% PEG400, starting protein concentration of 20 mg/ml, and 0.1M phosphate citrate buffer at pH 4.0.
PH範囲: 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→23.8 Å / Num. obs: 77741 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 8.8 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S7Q, 4O8G

3s7q

4o8g


解像度: 1.3→23.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.146 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16019 3829 4.9 %RANDOM
Rwork0.14455 ---
obs0.14531 73911 96.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.698 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å2-0.71 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→23.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2389 0 86 231 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192723
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3142.0153750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8713.0016038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3835348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.83523.394109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35315412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6791520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7521.4851338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7511.4821337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8842.221689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8842.2231690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9451.6841385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9441.6831386
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.052.4542057
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.77812.2763042
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.47911.8612934
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.96835376
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.125571
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.37655450
LS精密化 シェル解像度: 1.298→1.332 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.175 256 -
Rwork0.151 5193 -
obs--92.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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