PDB-4z1p: BspA_C_mut

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z1p

タイトル

BspA_C_mut

要素

Cell wall surface anchor protein

キーワード

CELL ADHESION / Adhesins

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Race, P. / Rego, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: BspA_C_mut
著者: Rego, S. / Race, P.

履歴

登録	2015年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source ...diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z1p.cif.gz	86.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z1p.ent.gz	63.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/4z1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/4z1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dz9-d 1ocu-d 2wza-d 3zxg-1 3zxd-2 4xoe-d 6eyw-d 5bz5-d 5y7m-2 4ofq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell wall surface anchor protein

42.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.090, 48.240, 234.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cell wall surface anchor protein 分子量: 42390.172 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 503-881 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 遺伝子: SAG0072_05390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S9EZ23, UniProt: Q8E589*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MMT buffer (1:2:2 L-Malic acid, MES, Tris [pH 6.0]) and 25% (w/v) PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→58.53 Å / Num. obs: 35603 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.25 % / Net I/σ(I): 2.65

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.89→58.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 3.138 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24078	1778	5 %	RANDOM
R_work	0.19468	-	-	-
obs	0.19693	33734	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.575 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→58.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2605	0	0	320	2925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.817	1.952	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	3	5932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.474	5	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.188	25.868	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.297	15	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.394	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.781	2.006	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.781	2.005	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.416	2.998	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.415	2.998	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.799	2.313	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.798	2.313	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.281	3.336	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.208	17.472	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.015	16.883	3076
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	113	-
R_work	0.361	2357	-
obs	-	-	95.81 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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