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- PDB-4z1a: Structure of apo form KDO8PS from H.pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z1a
タイトルStructure of apo form KDO8PS from H.pylori
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / Helicobacter pylori / lipopolysaccharide biosynthesis / apo
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, B.J. / Cho, S. / Im, H. / Yoon, H.J.
資金援助 韓国, 5件
組織認可番号国
National Research Foundation of Korea2007-0056817 韓国
National Research Foundation of Korea2012R1A2A1A01003569 韓国
National Research Foundation of Korea2008-355-E00019 韓国
National Research Foundation of Korea2014R1A1A3A04050250 韓国
Ministry for Health, Welfare and Family Affairs, Republic of KoreaA092006 韓国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Identification of novel scaffolds for potential anti-Helicobacter pylori agents based on the crystal structure of H. pylori 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (HpKDO8PS).
著者: Cho, S. / Im, H. / Lee, K.Y. / Chen, J. / Kang, H.J. / Yoon, H.J. / Min, K.H. / Lee, K.R. / Park, H.J. / Lee, B.J.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7642
ポリマ－60,7642
非ポリマー00
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area21100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.829, 50.657, 78.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDOPS / Phospho- ...3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDOPS / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase


分子量: 30381.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: kdsA, HP_0003 / プラスミド: pCOLD I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P56060, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, HEPES, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 32093 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 46.45

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 4.229 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23915 1702 5 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.18955 32093 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.538 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4033 0 0 293 4326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.9775535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77339292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8735516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.7125.086175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42415748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0971520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02882
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.442.0782076
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4372.0762075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4223.0982588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4223.12589
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.832.3422023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.832.3432024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0423.4052948
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.67517.5124722
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.45217.0764607
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 135 -
Rwork0.207 2098 -
obs--88.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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