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万見
- PDB-4z16: Crystal Structure of the Jak3 Kinase Domain Covalently Bound to N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z16
タイトルCrystal Structure of the Jak3 Kinase Domain Covalently Bound to N-(3-(((5-chloro-2-((2-methoxy-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl)amino)pyrimidin-4-yl)amino)methyl)phenyl)acrylamide
要素Tyrosine-protein kinase JAK3
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / tyrosine kinase / kinase domain / covalent inhibitor complex / transferase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendritic cell cytokine production / : / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling ...negative regulation of dendritic cell cytokine production / : / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell activation / interleukin-2-mediated signaling pathway / regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-12 production / interleukin-15-mediated signaling pathway / growth hormone receptor binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / Interleukin-15 signaling / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-2 signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / Signaling by ALK / negative regulation of interleukin-10 production / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / T cell homeostasis / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / endosome / intracellular signal transduction / innate immune response / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / SH2 domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / SH2 domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LH / Tyrosine-protein kinase JAK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者McNally, R. / Tan, L. / Gray, N.S. / Eck, M.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Development of Selective Covalent Janus Kinase 3 Inhibitors.
著者: Tan, L. / Akahane, K. / McNally, R. / Reyskens, K.M. / Ficarro, S.B. / Liu, S. / Herter-Sprie, G.S. / Koyama, S. / Pattison, M.J. / Labella, K. / Johannessen, L. / Akbay, E.A. / Wong, K.K. / ...著者: Tan, L. / Akahane, K. / McNally, R. / Reyskens, K.M. / Ficarro, S.B. / Liu, S. / Herter-Sprie, G.S. / Koyama, S. / Pattison, M.J. / Labella, K. / Johannessen, L. / Akbay, E.A. / Wong, K.K. / Frank, D.A. / Marto, J.A. / Look, T.A. / Arthur, J.S. / Eck, M.J. / Gray, N.S.
履歴
登録2015年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK3
B: Tyrosine-protein kinase JAK3
C: Tyrosine-protein kinase JAK3
D: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,8758
ポリマ－143,8434
非ポリマー2,0324
水82946
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4692
ポリマ－35,9611
非ポリマー5081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4692
ポリマ－35,9611
非ポリマー5081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4692
ポリマ－35,9611
非ポリマー5081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4692
ポリマ－35,9611
非ポリマー5081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.625, 68.207, 93.130
Angle α, β, γ (deg.)92.64, 93.06, 86.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase JAK3 / Janus kinase 3 / JAK-3 / Leukocyte janus kinase / L-JAK


分子量: 35960.840 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 811-1124 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P52333, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-4LH / N-(3-{[(5-chloro-2-{[2-methoxy-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]methyl}phenyl)prop-2-enamide / N-(3-(2-(2-メトキシ-4-(4-メチル-1-ピペラジニル)フェニルアミノ)-5-クロロ-4-ピリミジニルアミ(以下略)


分子量: 508.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30ClN7O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細QS to PE conflict in UNP entry P52333

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-tris pH 6.5, 16% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 5 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→92.91 Å / Num. obs: 30357 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 64.79 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 7.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSJanuary 10, 2014データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YVJ

1yvj


解像度: 2.9→92.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8563 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.365
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2401 1495 4.92 %RANDOM
Rwork0.2021 ---
obs0.204 30356 96.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.807 Å2-4.2871 Å24.6577 Å2
2---14.5404 Å217.0635 Å2
3---5.7334 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.423 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→92.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8711 0 144 46 8901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089229HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg112473HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3257SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes202HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1330HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9229HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.2
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1080SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10125SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 124 4.27 %
Rwork0.2244 2777 -
all0.2262 2901 -
obs--96.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5456-2.01460.51541.59120.05046.8577-0.0183-0.0644-0.2561-0.17830.0532-0.03880.0020.3613-0.0349-0.3009-0.09810.0565-0.1321-0.1672-0.00150.5965-22.98158.2012
22.3408-0.9924-0.15242.56060.44742.9934-0.0360.07360.1288-0.25070.0972-0.2047-0.40640.0217-0.0612-0.1351-0.06710.0473-0.1451-0.0797-0.0953-12.9249-1.973313.4411
33.5388-0.56771.35726.37732.23254.1316-0.00110.20790.0934-0.1334-0.07180.38560.0755-0.03110.0729-0.3128-0.02840.0240.0221-0.1352-0.185112.040712.0924-37.3507
42.4639-0.55720.7872.168-0.10993.4690.0103-0.0904-0.20490.17690.0987-0.03280.27810.0082-0.109-0.2207-0.0531-0.0057-0.124-0.0623-0.132725.34629.3746-15.9936
54.53592.0127-1.38315.87910.16147.32240.0219-0.04470.2488-0.0195-0.09360.1748-0.14110.35230.0717-0.2954-0.0188-0.0011-0.0468-0.1473-0.1829.4753-1.549240.3619
63.69241.85840.83493.14460.60942.22360.1563-0.1832-0.4040.17820.0226-0.10630.2379-0.0295-0.1789-0.2136-0.0031-0.0578-0.1339-0.094-0.077816.0609-22.574534.7905
72.64810.5612-1.88194.91010.52965.72510.0152-0.20830.008-0.0019-0.1230.35740.0823-0.02610.1077-0.2789-0.0304-0.0235-0.0701-0.1446-0.0859-21.5476-33.4409-6.3364
84.0033-1.1581-3.07680.9805-0.14115.87050.2310.45220.2661-0.2237-0.1479-0.0751-0.4705-0.2528-0.083-0.23940.07360.0196-0.0708-0.0806-0.2184-8.1965-31.6792-27.877
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|814 - A|907 }A814 - 907
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|908 - A|1103}A908 - 1103
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|814 - B|907 }B814 - 907
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|908 - B|1103 }B908 - 1103
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|814 - C|907 }C814 - 907
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|908 - C|1103 }C908 - 1103
7X-RAY DIFFRACTION7{ D|814 - D|907 }D814 - 907
8X-RAY DIFFRACTION8{ D|908 - D|1103 }D908 - 1103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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