PDB-4z10: Inactive aurone synthase (polyphenol oxidase) co-crystallized wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z10

タイトル

Inactive aurone synthase (polyphenol oxidase) co-crystallized with 1,4-resorcinol

要素

(Aurone synthase) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Polyphenol oxidase / Type III copper protein / Inhibitor / Inactivation

機能・相同性

機能・相同性情報

pigment biosynthetic process / catechol oxidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Coreopsis grandiflora (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Rompel, A.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inactive aurone synthase (polyphenol oxidase) co-crystallized with 1,4-resorcinol
著者: Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Rompel, A.

履歴

登録	2015年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z10.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z10.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4z10_validation.pdf.gz	533.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z10_full_validation.pdf.gz	544.3 KB	表示
XML形式データ	4z10_validation.xml.gz	91.1 KB	表示
CIF形式データ	4z10_validation.cif.gz	133 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/4z10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/4z10	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4z0yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4z0y-1 4z0z-1 6ogm-d 4z0z-3 4z0y-2 4z0z-2 6uqz-d 3bef-d 6uqw-d 3uan-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aurone synthase

G: Aurone synthase

B: Aurone synthase

H: Aurone synthase

C: Aurone synthase

I: Aurone synthase

D: Aurone synthase

J: Aurone synthase

E: Aurone synthase

K: Aurone synthase

F: Aurone synthase

L: Aurone synthase

ヘテロ分子

252 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aurone synthase

G: Aurone synthase

C: Aurone synthase

I: Aurone synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aurone synthase

H: Aurone synthase

D: Aurone synthase

J: Aurone synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Aurone synthase

K: Aurone synthase

F: Aurone synthase

L: Aurone synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.100, 137.100, 209.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-998- HOH

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Aurone synthase 分子量: 40169.785 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 86-435 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sulfonation at His252 (254) / 由来: (天然) Coreopsis grandiflora (植物) / 組織: petals / 参照: UniProt: A0A075DN54
#2: タンパク質・ペプチド	Aurone synthase 分子量: 1528.596 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 523-537 / 由来タイプ: 天然詳細: C-terminal fragment. Cleaved from activated protein but attached via disulphide bond. 由来: (天然) Coreopsis grandiflora (植物) / 組織: petals / 参照: UniProt: A0A075DN54

-
非ポリマー , 5種, 1676分子

#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物	ChemComp-RCO / RESORCINOL / 1,3-BENZENEDIOL / 1,3-DIHYDROXYBENZENE 分子量: 110.111 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22 % PEG-4000, 500 mM sodium chloride, 100 mM sodium formiate, 100 mM 1,4-resorcinol, 50 mM sodium citrate, pH 6.4

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0247 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0247 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→48.92 Å / Num. obs: 170779 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 11.82 % / R_merge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 11.96 % / R_merge(I) obs: 1.534 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z0Y

4z0y

解像度: 1.93→48.92 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.179	8536	5 %	Random selection
R_work	0.1441	-	-	-
obs	0.1459	170679	99.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16930	0	140	1651	18721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	17676
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.951	24065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.859	6268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	2440
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.9519	0.304	281	0.2537	5320	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9519-1.9749	0.2626	280	0.2408	5338	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9749-1.999	0.2493	284	0.2158	5378	X-RAY DIFFRACTION	100
1.999-2.0243	0.2225	283	0.2016	5394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0243-2.0509	0.2331	282	0.1929	5350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0509-2.079	0.2029	281	0.1754	5347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.079-2.1087	0.209	285	0.1684	5400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1087-2.1402	0.1917	284	0.166	5392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1402-2.1737	0.1984	279	0.164	5320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1737-2.2093	0.2079	283	0.1649	5364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2093-2.2474	0.2042	283	0.1573	5383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2474-2.2883	0.1912	282	0.1481	5352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2883-2.3323	0.1882	284	0.1448	5392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3323-2.3799	0.1796	282	0.1412	5371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3799-2.4316	0.1778	283	0.1403	5372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4316-2.4882	0.1866	283	0.1473	5379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4882-2.5504	0.195	284	0.1382	5397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.6194	0.1817	283	0.1327	5380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6194-2.6964	0.1671	285	0.135	5399	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6964-2.7835	0.1855	284	0.1341	5414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7835-2.8829	0.1721	283	0.1341	5372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8829-2.9983	0.1871	287	0.1326	5441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9983-3.1348	0.1562	284	0.1302	5410	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1348-3.3	0.1784	287	0.1301	5444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.5067	0.1677	285	0.1249	5408	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5067-3.7774	0.1435	286	0.1274	5450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7774-4.1573	0.1537	290	0.1209	5495	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1573-4.7585	0.154	289	0.123	5491	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7585-5.9935	0.1806	292	0.1508	5540	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9935-48.9376	0.1915	298	0.1766	5650	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4339	-0.0663	0.0286	0.1533	0.1169	0.1486	0.1169	0.044	0.1803	0.1978	-0.0463	-0.3647	-0.1215	0.1597	0.0106	0.3575	-0.034	-0.0742	0.3102	-0.0413	0.3264	109.8303	30.9327	37.1383
2	0.0159	-0.0067	0.0014	0.022	0.0113	0.0065	-0.0128	0.0438	0.0023	0.1623	0.0126	-0.2383	0.1976	0.1215	-0	0.6201	-0.0717	-0.1716	0.4612	0.1441	0.496	100.1063	8.6487	42.5525
3	0.4854	0.1418	0.4058	0.5592	0.4802	0.6177	0.1346	-0.0921	0.0406	0.2358	-0.0838	-0.0492	0.1429	-0.0635	-0.0014	0.3042	-0.0552	-0.0075	0.2455	-0.0361	0.226	97.2495	24.5967	36.9644
4	0.1492	0.0247	0.0028	0.0634	-0.0038	0.0791	0.0737	-0.1514	0.15	0.1782	-0.2205	0.384	0.2358	-0.3808	-0.0151	0.3104	-0.0713	0.0368	0.3401	-0.0983	0.3168	83.0718	28.2383	35.884
5	0.0679	0.038	-0.039	0.0544	-0.0247	0.0497	-0.1058	-0.0007	0.2364	-0.1893	-0.0982	0.2254	-0.2991	-0.1365	-0.0001	0.3237	0.0034	-0.0689	0.3001	-0.0785	0.3954	85.7838	39.3268	23.269
6	0.1312	0.084	0.071	0.0651	0.0227	0.0652	-0.1856	-0.043	0.2235	-0.2521	0.0773	0.0795	-0.1266	0.0508	-0.0007	0.3148	-0.0161	-0.0722	0.2748	-0.0372	0.3773	82.8431	27.7401	13.5238
7	0.3546	0.373	0.2691	0.5272	0.3546	0.4809	0.0003	-0.008	0.093	-0.0428	0.0037	-0.0158	-0.0192	-0.0021	-0	0.2596	-0.024	-0.0147	0.2524	-0.0287	0.2715	97.2418	28.3977	24.0581
8	0.1648	0.109	-0.0475	0.1357	0.0598	0.0699	0.1073	0.0449	-0.2437	0.2178	0.0177	-0.1689	0.2441	-0.0175	0.0001	0.3115	-0.013	-0.0621	0.2538	-0.0307	0.2755	99.0571	12.5086	26.4179
9	0.1131	0.0245	-0.0415	0.1117	-0.0068	0.0794	0.0718	0.0174	-0.2387	0.2646	-0.0623	-0.1031	0.5416	-0.1482	-0.0005	0.4422	-0.0728	-0.0609	0.291	0.0062	0.3223	96.6024	13.0173	36.5081
10	0.0084	-0.0063	-0.0154	0.0175	0.0135	0.0161	-0.2209	0.1903	-0.0455	-0.0534	-0.0737	0.0289	-0.3421	0.3103	0.0001	0.5817	-0.1166	-0.1145	0.4457	0.0112	0.5525	80.6493	28.8413	7.9282
11	0.0692	0.1021	-0.0299	0.1461	-0.0922	0.0567	0.1621	-0.045	-0.2896	-0.0841	0.0227	-0.0286	0.3237	-0.1113	-0	0.4254	0.0134	-0.0599	0.2933	0.0385	0.3697	109.7044	-33.2094	31.8187
12	0.1047	0.0812	0.0879	0.1613	0.0105	0.0977	0.1089	-0.3668	-0.2523	0.0945	0.0378	0.0386	0.0555	-0.0487	-0.0001	0.4	0.0361	-0.0141	0.3807	0.0971	0.3517	105.1363	-24.7888	41.3544
13	0.4236	-0.0957	0.2099	0.4213	-0.4656	0.5813	0.0396	-0.158	-0.1012	0.1548	0.0189	-0.1137	-0.0018	-0.082	0.0024	0.303	0.0104	-0.0556	0.2395	0.0281	0.2508	110.3266	-17.9913	35.7771
14	0.105	-0.0887	0.0043	0.096	-0.047	0.0518	-0.1166	-0.0101	0.2441	0.2585	-0.0858	-0.3319	-0.3385	0.1305	-0.0001	0.3554	-0.002	-0.0857	0.297	0.0545	0.3416	120.5192	-7.424	34.8311
15	0.0374	0.0627	0.0291	0.1015	0.0396	0.0456	0.1956	0.1825	-0.0184	-0.1775	-0.2297	-0.4516	0.0389	0.408	-0	0.3097	0.056	0.0048	0.39	0.1281	0.4347	128.5631	-14.9447	21.8494
16	0.0881	-0.023	-0.0648	0.5431	0.4372	0.6654	-0.0117	0.13	0.1341	-0.347	-0.2131	-0.3074	0.0488	0.2563	-0.2129	0.2807	0.0429	0.059	0.3263	0.1569	0.3656	119.4591	-6.1434	12.3097
17	0.1095	-0.157	0.2473	0.2774	-0.2355	0.5467	0.0999	0.1039	-0.0457	-0.0638	-0.0832	-0.0955	0.163	0.1051	0	0.2818	0.051	-0.0274	0.237	0.0276	0.2885	113.8483	-20.8425	22.2667
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1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 42:47)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 48:135)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 136:173)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 174:196)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 197:217)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 218:293)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 294:322)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 323:346)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 347 and chain G and resid 438:449)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 1:26)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 27:47)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 48:135)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 136:173)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 174:196)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 197:217)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 218:285)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 286:322)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 323:341)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 342:347 and chain H and resid 438:447)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 1:43)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 44:52)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 53:127)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 128:196)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 197:215)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 216:219)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 220:256)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 257:293)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 294:298)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 299:347 and chain I and resid 443:446)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 1:36)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 37:52)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain D and resid 53:133)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain D and resid 134:161)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain D and resid 162:196)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain D and resid 197:216)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain D and resid 217:256)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 257:290)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 291:299)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 300:347 and chain J and resid 443:446)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain E and resid 1:42)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain E and resid 43:58)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain E and resid 59:70)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain E and resid 71:143)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain E and resid 144:212)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain E and resid 213:240)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain E and resid 241:290)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain E and resid 291:323)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain E and resid 324:341)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain E and resid 342:347 and chain K and resid 438:449)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain F and resid 1:16)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain F and resid 17:50)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain F and resid 51:67)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain F and resid 68:91)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain F and resid 92:141)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain F and resid 142:213)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain F and resid 214:229)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain F and resid 230:293)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain F and resid 294:298)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain F and resid 299:350 and chain L and resid 443:446)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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