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- PDB-4z0r: Crystal Structure of the CW domain of ZCWPW2 mutant F78R in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z0r
タイトルCrystal Structure of the CW domain of ZCWPW2 mutant F78R in complex with histone H3 peptide
要素
  • Histone H3.1
  • Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
キーワードPROTEIN BINDING/STRUCTURAL PROTEIN / structural genomics / cw domain / Structural Genomics Consortium / SGC / PROTEIN BINDING-STRUCTURAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Chromatin modifying enzymes / : / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) ...Chromatin modifying enzymes / : / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Zinc finger CW-type PWWP domain protein ZCWPW1/ZCWPW2 / Herpes Virus-1 - #100 / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Herpes Virus-1 / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Histone H3 signature 1. ...Zinc finger CW-type PWWP domain protein ZCWPW1/ZCWPW2 / Herpes Virus-1 - #100 / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Herpes Virus-1 / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Liu, Y. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the CW domain of ZCWPW2 mutant F78R in complex with histone H3 peptide
著者: Liu, Y. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J.
履歴
登録2015年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn ...entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
B: Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
C: Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
D: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,22733
ポリマ－22,8724
非ポリマー35429
水2,342130
1
A: Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,25014
ポリマ－7,0891
非ポリマー16113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area4590 Å2
手法PISA
2
B: Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
D: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,82213
ポリマ－8,6952
非ポリマー12711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4800 Å2
手法PISA
3
C: Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1546
ポリマ－7,0891
非ポリマー655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.659, 126.659, 63.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2 / zcwpw2


分子量: 7088.754 Da / 分子数: 3 / 断片: CW domain (UNP residues 21-78) / 変異: F78R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZCWPW2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q504Y3
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.1 / Histone H3


分子量: 1605.885 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal tail (UNP residues 2-16) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431

-
非ポリマー , 5種, 159分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 24 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 2% PEG400, 0.1 M HEPES sodium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→41.442 Å / Num. obs: 37974 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 209970
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.75-1.785.71.0391.51199021140.6650.481100
9.09-41.445.10.04937.913202600.9860.02594.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
Aimless0.5.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 4O62

4o62


解像度: 1.75→41.442 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.1942 / WRfactor Rwork: 0.1747 / FOM work R set: 0.8596 / SU B: 4.336 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0758 / SU Rfree: 0.0741 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Model geometry was evaluated with MOLPROBITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1922 1580 4.2 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.1771 36394 --
obs0.1777 -99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.48 Å2 / Biso mean: 33.923 Å2 / Biso min: 19.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å2-0.28 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---1.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→41.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1483 0 36 130 1649
Biso mean--42.14 39 -
残基数----181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6061.9142174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98233179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2315198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.30525.16591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.5915263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6411510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7931.963751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7891.959749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5682.92937
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 29 -
Rwork0.296 2813 -
all-2842 -
obs--99.86 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.8218 Å / Origin y: 22.4781 Å / Origin z: 27.6178 Å
111213212223313233
T0.0784 Å2-0.0326 Å2-0.0439 Å2-0.0261 Å20.0165 Å2--0.1328 Å2
L1.1169 °20.8594 °2-0.3282 °2-2.1047 °2-0.6396 °2--1.4507 °2
S0.0451 Å °-0.0866 Å °-0.0998 Å °-0.0535 Å °-0.1262 Å °-0.1344 Å °0.2598 Å °-0.1002 Å °0.0811 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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