[日本語] English
万見
- PDB-4z0o: CW-type zinc finger of ZCWPW2 with F78D mutation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z0o
タイトルCW-type zinc finger of ZCWPW2 with F78D mutation
要素Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / zinc finger / cw domain / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


methylated histone binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger CW-type PWWP domain protein ZCWPW1/ZCWPW2 / Herpes Virus-1 - #100 / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Herpes Virus-1 / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Liu, Y. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CW-type zinc finger of ZCWPW2 with F78D mutation
著者: Liu, Y. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J.
履歴
登録2015年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,13512
ポリマ－7,0471
非ポリマー8811
水1,02757
1
A: Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
ヘテロ分子

A: Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,27024
ポリマ－14,0932
非ポリマー17722
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.569, 47.569, 48.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1002-

NA

21A-1117-

HOH

31A-1156-

HOH

41A-1157-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Zinc finger CW-type PWWP domain protein 2 / zcwpw2


分子量: 7046.648 Da / 分子数: 1 / 断片: CW domain (UNP residues 21-78) / 変異: F78D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZCWPW2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q504Y3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 2% PEG400, 0.1 M HEPES sodium

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→31.52 Å / Num. obs: 9271 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.011 / Net I/σ(I): 56.2 / Num. measured all: 93278
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.57-1.69.50.20313.341084340.990.06897.4
8.61-31.527.60.02124.85547310.00797.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4O62

4o62


解像度: 1.57→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.1795 / WRfactor Rwork: 0.1609 / FOM work R set: 0.9073 / SU B: 1.113 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0752 / SU Rfree: 0.0742 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The protein was crystallized in the presence of a putative peptide ligand not found in the crystal structure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1863 455 4.9 %RANDOM
Rwork0.1637 8813 --
obs0.1648 9268 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.31 Å2 / Biso mean: 16.017 Å2 / Biso min: 7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.09 Å20 Å2
2--0.17 Å2-0 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数458 0 11 57 526
Biso mean--26.41 23.89 -
残基数----55
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.019494
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.893677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0033972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.768562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.11925.51729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.2681583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.334152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6661.39230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6681.38229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5282.072289
LS精密化 シェル解像度: 1.572→1.613 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 29 -
Rwork0.143 625 -
all-654 -
obs--98.35 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る