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万見
- PDB-4z07: Co-crystal structure of the tandem CNB (CNB-A/B) domains of human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z07
タイトルCo-crystal structure of the tandem CNB (CNB-A/B) domains of human PKG I beta with cGMP
要素cGMP-dependent protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / cGMP-binding domains / cGMP mediated dimeric interface / allosteric regulatory domain / serine-threonine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / collateral sprouting / negative regulation of platelet aggregation / positive regulation of circadian rhythm / relaxation of vascular associated smooth muscle ...negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / collateral sprouting / negative regulation of platelet aggregation / positive regulation of circadian rhythm / relaxation of vascular associated smooth muscle / Rap1 signalling / regulation of GTPase activity / cGMP-mediated signaling / mitogen-activated protein kinase p38 binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / cGMP effects / dendrite development / spermatid development / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cGMP binding / forebrain development / calcium channel regulator activity / acrosomal vesicle / cerebellum development / sarcolemma / neuron migration / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / actin cytoskeleton organization / Ca2+ pathway / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent protein kinase, N-terminal coiled-coil domain / Coiled-coil N-terminus of cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...cGMP-dependent protein kinase, N-terminal coiled-coil domain / Coiled-coil N-terminus of cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / Jelly Rolls / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Jelly Rolls / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, J.J. / Reger, A.S. / Arold, S.T. / Kim, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM090161 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R21 HL111953 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of PKG I:cGMP Complex Reveals a cGMP-Mediated Dimeric Interface that Facilitates cGMP-Induced Activation.
著者: Kim, J.J. / Lorenz, R. / Arold, S.T. / Reger, A.S. / Sankaran, B. / Casteel, D.E. / Herberg, F.W. / Kim, C.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent protein kinase 1
C: cGMP-dependent protein kinase 1
E: cGMP-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,93111
ポリマ－87,9893
非ポリマー1,9428
水5,945330
1
A: cGMP-dependent protein kinase 1
C: cGMP-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2569
ポリマ－58,6592
非ポリマー1,5977
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25390 Å2
手法PISA
2
E: cGMP-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6752
ポリマ－29,3301
非ポリマー3451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.239, 202.978, 134.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 cGMP-dependent protein kinase 1 / cGK1 / cGMP-dependent protein kinase I / cGKI


分子量: 29329.557 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 92-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKG1, PRKG1B, PRKGR1A, PRKGR1B / プラスミド: pQTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13976, cGMP-dependent protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 17.5% PEG 8000 (w/v), 10% Isopropanol, 0.1 M HEPES, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月24日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 35106 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
REFMAC精密化
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-3000位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3OD0, 4KU7

3od0

4ku7


解像度: 2.5→36.62 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 1551 5 %
Rwork0.1623 --
obs0.1654 31051 87.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5005 0 128 330 5463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1417119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2451989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045802
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006887
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.57620.2784900.17711734X-RAY DIFFRACTION57
2.5762-2.66820.2726820.182000X-RAY DIFFRACTION66
2.6682-2.7750.26871110.20042320X-RAY DIFFRACTION76
2.775-2.90130.2851270.20772574X-RAY DIFFRACTION85
2.9013-3.05420.28781610.212753X-RAY DIFFRACTION91
3.0542-3.24540.25961640.19352893X-RAY DIFFRACTION96
3.2454-3.49580.26691660.17652989X-RAY DIFFRACTION99
3.4958-3.84730.20621570.15083046X-RAY DIFFRACTION99
3.8473-4.40320.18251610.12153015X-RAY DIFFRACTION99
4.4032-5.54450.17171690.12813060X-RAY DIFFRACTION99
5.5445-36.62340.19331630.15963116X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.887-0.0575-0.75261.5212-0.83532.26310.024-0.1063-0.00840.20950.0787-0.02290.0467-0.0481-0.05680.1713-0.0738-0.03390.15340.03120.151732.5398-15.6591-29.5911
21.0828-0.2683-0.99641.4370.14191.3031-0.0212-0.0484-0.3215-0.0614-0.1548-0.05960.32170.01830.09990.24960.0084-0.00410.18560.03120.278347.3693-32.5129-49.8981
32.93270.186-0.28232.8366-1.10543.9736-0.0407-0.1263-0.18680.06570.0832-0.08150.01520.1918-0.05420.09240.06530.01670.17450.0330.18961.8604-26.1164-64.082
42.44460.5544-1.35261.3603-0.34842.8227-0.13380.1276-0.4569-0.0426-0.0798-0.15440.4972-0.24510.16130.2675-0.0771-0.01880.1918-0.00920.392531.4448-46.154-41.8206
51.00140.5856-0.40151.0946-1.12182.00460.0254-0.01780.04280.11680.02920.1327-0.0198-0.2199-0.05970.2837-0.0733-0.03230.31030.0410.18224.1185-35.4444-8.1034
63.41890.3615-1.13393.0487-0.25192.14580.2016-0.30890.26670.44730.04970.3434-0.0383-0.3483-0.20480.3087-0.09910.0470.42880.0270.218317.5897-37.99762.7314
73.2250.19850.79362.75051.3942.1613-0.0250.05040.218-0.30720.1130.8245-0.2714-0.0921-0.01570.1889-0.0299-0.04970.13340.0220.290121.394-1.3127-44.5361
81.80971.6802-0.67992.09350.46375.5490.1413-0.17760.1544-0.0724-0.27180.4849-0.2062-0.46161.03320.3679-0.0358-0.35760.3737-0.06850.478112.2307-8.5888-53.8064
91.12890.29921.15811.7520.28491.17560.01-0.0784-0.0922-0.16430.0801-0.16610.0133-0.0803-0.09120.1371-0.0822-0.00380.160.00650.228727.1412-9.6585-48.9035
102.05090.86210.08111.97760.21161.0318-0.14970.2235-0.2402-0.4872-0.06020.09220.0479-0.01280.0560.2873-0.1262-0.13450.2340.00280.200326.9112-15.2754-57.8719
113.2438-1.2682-1.52443.28450.09443.2914-0.1187-0.2519-0.35540.30970.11530.51990.4318-0.4977-0.0470.2732-0.1377-0.05810.25970.01810.275621.1833-10.6377-43.7011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 92:208 )A92 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 209:257 )A209 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 258:351 )A258 - 351
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 94:217 )C94 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 218:271 )C218 - 271
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 272:351 )C272 - 351
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN E AND RESID 92:115 )E92 - 115
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN E AND RESID 116:123 )E116 - 123
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND RESID 124:160 )E124 - 160
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 161:201 )E161 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN E AND RESID 202:217 )E202 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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