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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yzy
タイトルCrystal structures reveal transient PERK luminal domain tetramerization in ER stress signaling
要素Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / UPR / ER stress sensing / proteostasis / PERK / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


PERK regulates gene expression / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / positive regulation of glutathione biosynthetic process / negative regulation of translation in response to stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / chondrocyte development ...PERK regulates gene expression / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / positive regulation of glutathione biosynthetic process / negative regulation of translation in response to stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / chondrocyte development / : / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of signal transduction / endoplasmic reticulum quality control compartment / PERK-mediated unfolded protein response / positive regulation of ERAD pathway / SREBP signaling pathway / negative regulation of myelination / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of fatty acid metabolic process / endocrine pancreas development / endoplasmic reticulum organization / pancreas development / regulation of translational initiation / cellular response to cold / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ER overload response / bone mineralization / fat cell differentiation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to glucose starvation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / lactation / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / ossification / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / skeletal system development / calcium-mediated signaling / Hsp90 protein binding / positive regulation of protein localization to nucleus / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / protein autophosphorylation / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / translation / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Carrara, M. / Prischi, F. / Ali, M.M.U.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC33269/A11161 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L007436/1 英国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures reveal transient PERK luminal domain tetramerization in endoplasmic reticulum stress signaling.
著者: Carrara, M. / Prischi, F. / Nowak, P.R. / Ali, M.M.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5101
ポリマ－33,5101
非ポリマー00
水00
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3

A: Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0192
ポリマ－67,0192
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.770, 90.770, 75.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3 / PRKR-like endoplasmic reticulum kinase / Pancreatic eIF2-alpha kinase


分子量: 33509.504 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 100-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif2ak3, Pek, Perk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Z2B5, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES/imidazole (pH 6.5), 0.09 sodium phosphate salts (NPS) mix (containing 0.03 M of each NaN03, Na2HPO4, (NH4)2SO4), 12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 20% v/v MPD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→54.347 Å / Num. obs: 11682 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.819 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1448精密化
PHASER位相決定
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YZS

4yzs


解像度: 3.2→54.347 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 36.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 514 4.79 %
Rwork0.2903 --
obs0.291 10723 93.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→54.347 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1187 0 0 0 1187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0651707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.695413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2004-3.52240.46251330.40242372X-RAY DIFFRACTION88
3.5224-4.0320.3671230.34832520X-RAY DIFFRACTION92
4.032-5.07930.28121220.26642635X-RAY DIFFRACTION96
5.0793-54.3550.27511360.27072682X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9453-0.24222.38456.07560.63614.52131.1512-0.6625-1.2111-1.2329-0.50370.2424-0.73450.57070.09991.04330.277-0.11661.36210.21671.0127-4.47941.6586-6.2
28.2099-1.77870.3753.44171.16863.6799-0.5198-0.1177-0.40270.33570.55640.1792-0.1037-0.1276-0.1690.8681-0.0111-0.08680.98070.04481.1399.531333.314-1.9795
36.383-3.57522.11184.32560.12682.92020.7729-0.6082-0.37-0.2821-0.64151.3171-1.1764-0.31770.16861.0296-0.0093-0.15381.31130.10931.6781-13.465537.6901-10.3577
41.9526-2.17022.64534.6106-5.28466.09020.0056-1.8476-1.26562.6395-1.7506-0.1491-0.0536-0.92580.23932.3715-0.9530.57961.9103-0.00661.8896-12.495432.6362-0.3367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 103 through 138 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 139 through 268 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 269 through 345 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 346 through 355 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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