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万見
- PDB-4yzt: Crystal structure of a tri-modular GH5 (subfamily 4) endo-beta-1,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yzt
タイトルCrystal structure of a tri-modular GH5 (subfamily 4) endo-beta-1, 4-glucanase from Bacillus licheniformis complexed with cellotetraose
要素Cellulose hydrolase
キーワードHYDROLASE / Endoglucanase / GH5 / tri-modular / cellotetraose
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5, endoglucanase B / Carbohydrate binding X2 domain / Carbohydrate binding domain X2 / : / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Immunoglobulin E-set ...Glycoside hydrolase, family 5, endoglucanase B / Carbohydrate binding X2 domain / Carbohydrate binding domain X2 / : / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotetraose / Cellulose hydrolase / Glycoside Hydrolase Family 5
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.665 Å
データ登録者Liberato, M.V. / Popov, A. / Polikarpov, I.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2008/56255-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2009/52840-7 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)490022/2009-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)301981/2011-6 ブラジル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Molecular characterization of a family 5 glycoside hydrolase suggests an induced-fit enzymatic mechanism.
著者: Liberato, M.V. / Silveira, R.L. / Prates, E.T. / de Araujo, E.A. / Pellegrini, V.O. / Camilo, C.M. / Kadowaki, M.A. / de O.Neto, M. / Popov, A. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年3月8日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6534
ポリマ－60,8621
非ポリマー7913
水13,295738
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.299, 91.299, 124.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1036-

HOH

21A-1625-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cellulose hydrolase / ENDO-BETA-1 / 4-GLUCANASE


分子量: 60862.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: cel5C / プラスミド: pETTRXA-1a/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: D1L8C7, UniProt: Q65JI7*PLUS, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 738 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 22.5 % PEG 4000, 14 % isopropanol and 0.1 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→73.66 Å / Num. obs: 62144 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 310788 / Scaling rejects: 73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all
1.66-1.695.20.8022.21585830390.2860.381
9.12-73.664.80.03920.422584660.9890.02

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.7データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLM7.1.3データ削減
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YZP

4yzp


解像度: 1.665→57.328 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2119 3073 4.95 %
Rwork0.1755 58999 -
obs0.1773 62072 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 59.66 Å2 / Biso mean: 21.345 Å2 / Biso min: 6.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.665→57.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4090 0 53 738 4881
Biso mean--22.2 32.76 -
残基数----512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0855831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046643
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0581539
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.665-1.6910.35281620.316826352797100
1.691-1.71880.32941470.30726182765100
1.7188-1.74840.31531230.282326512774100
1.7484-1.78020.30931510.268426332784100
1.7802-1.81440.31631410.253726342775100
1.8144-1.85150.25711430.23812629277299
1.8515-1.89170.2791170.229326712788100
1.8917-1.93570.28271440.224426482792100
1.9357-1.98420.24111300.208426742804100
1.9842-2.03780.23721260.185426602786100
2.0378-2.09780.25081550.179726372792100
2.0978-2.16550.21591180.173126902808100
2.1655-2.24290.19511360.18262665280199
2.2429-2.33270.22161410.173426732814100
2.3327-2.43880.22011460.160626742820100
2.4388-2.56740.19651460.16126632809100
2.5674-2.72830.22641370.169527052842100
2.7283-2.93890.20541230.16422717284099
2.9389-3.23470.1811440.154127192863100
3.2347-3.70270.16241310.142227422873100
3.7027-4.66460.14371540.12382740289499
4.6646-57.3620.17541580.14662921307999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76680.10440.09630.8704-0.19970.90530.0387-0.1601-0.12240.0769-0.0524-0.05180.07910.00640.01110.0905-0.0164-0.00230.12690.01570.09837.3485-21.030115.5961
21.4063-0.12420.12061.3137-0.10411.6158-0.01980.02060.0072-0.10730.0205-0.0003-0.0081-0.06070.00250.0758-0.01510.00020.088-0.00550.078830.5257-16.2717-0.1954
30.5028-0.29590.12551.8012-0.58180.57610.0771-0.01280.0531-0.29430.04290.582-0.0027-0.1201-0.08190.15130.0292-0.01670.17470.01710.229717.63850.5349-8.4665
42.1167-0.63270.42361.99030.7282.02340.0510.06720.2147-0.1099-0.0411-0.1689-0.13160.05450.010.116-0.00470.03410.0970.01810.100540.810411.7016-1.2592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 239 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 240 through 317 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 318 through 448 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 449 through 533 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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