PDB-4yz7: Crystal structure of Piratoxin I (PrTX-I) complexed to aristoloch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yz7

タイトル

Crystal structure of Piratoxin I (PrTX-I) complexed to aristolochic acid

要素

Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1

キーワード

TOXIN / phospholipase A2 / phospholipase A2-like / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops pirajai (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9589 Å

データ登録者

Fernandes, C.A.H. / Fontes, M.R.M.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Inhibition of a Phospholipase A2-Like Toxin by Caffeic and Aristolochic Acids.
著者: Fernandes, C.A. / Cardoso, F.F. / Cavalcante, W.G. / Soares, A.M. / Dal-Pai, M. / Gallacci, M. / Fontes, M.R.

履歴

登録	2015年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yz7.cif.gz	112.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yz7.ent.gz	86.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yz7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/4yz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/4yz7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yu7C 3cylS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iq3-d 4yu7-d 2ok9-d 6b80-d 4k06-d 3qnl-d 1y4l-d 2o62-2 3i3i-2 6dik-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1

B: Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1

ヘテロ分子

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.317, 70.931, 44.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Dimer confirmed by dynamic light scattering

#1: タンパク質	Basic phospholipase A2 homolog piratoxin-1 / svPLA2 homolog / Myotoxin SIV-SP5 / Piratoxin-I / PrTX-I 分子量: 13754.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops pirajai (ヘビ) / 参照: UniProt: P58399
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-9AR / 9-HYDROXY ARISTOLOCHIC ACID / 9-HYDROXY-8-METHOXY-6-NITRO-PHENANTHROL[3,4-D][1,3]DIOXOLE-5-CARBOXYLIC ACID 分子量: 357.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₁NO₈
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: PEG 4000, Tris HCl pH 8.1 and lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.437 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.437 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→25.61 Å / Num. obs: 15848 / % possible obs: 99.22 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 5.29
反射シェル	R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique all: 1541 / % possible all: 98.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CYL

3cyl

解像度: 1.9589→25.61 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	786	4.96 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.1762	15842	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9589→25.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1749	0	60	174	1983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1854
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.138	2499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.242	646
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	262
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9589-2.0815	0.2891	127	0.212	2449	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0815-2.2422	0.2564	132	0.178	2461	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2422-2.4676	0.2503	109	0.1728	2513	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4676-2.8243	0.2664	144	0.1781	2474	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8243-3.5568	0.249	121	0.1717	2532	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5568-25.6121	0.2025	153	0.1655	2627	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8288	1.2142	0.6825	3.1716	-0.4643	0.7788	-0.1177	-0.1812	-0.2351	-0.779	0.2378	-0.8107	-0.3856	-0.0214	-0.0536	0.2913	-0.0077	0.1117	0.2163	-0.069	0.2107	26.5571	3.3937	15.0875
2	3.6352	-1.0199	-1.9931	3.4475	-1.037	1.8875	0.1351	0.0988	0.6026	-0.2972	-0.2019	0.5454	0.1954	-0.5294	0.0696	0.1744	0.0215	-0.0614	0.2738	-0.0513	0.2594	11.2206	3.8794	16.6083
3	1.9765	-0.5622	-0.0233	5.7429	0.0321	2.512	-0.013	-0.0828	0.0469	-0.3438	-0.0621	0.2394	-0.2985	-0.8	0.0648	0.2196	0.0221	-0.0299	0.2395	-0.0323	0.1676	15.3262	9.1266	21.0977
4	3.1014	1.6196	0.3258	2.9041	2.3576	2.3477	0.0245	0.1492	0.9273	-1.0223	0.2262	-0.378	-1.1841	-0.0525	0.0771	0.5456	0.1478	0.0677	0.1943	0.03	0.3524	21.9071	20.5261	15.3477
5	4.2643	3.628	-2.1221	3.8851	0.1593	5.8943	0.0482	0.4239	0.3908	-0.0222	0.2233	-0.5206	-0.652	0.4284	0.2601	0.3668	-0.0345	0.2371	0.2142	0.058	0.5102	32.9214	14.3362	17.7117
6	0.3151	0.2414	-0.1288	0.7062	-0.9778	1.5659	0.1169	-0.2028	0.2744	0.3992	-0.1837	0.0148	-0.2721	0.5829	0.2878	0.2324	-0.0266	0.0285	0.3013	-0.1169	0.5802	36.5502	4.5719	24.8709
7	0.2343	-0.1168	-0.1945	0.2138	0.3616	0.6062	-0.0456	-0.1342	0.9351	-0.1259	-0.4277	-0.3685	-0.4798	-0.0622	0.2721	0.2449	-0.0692	-0.0289	0.2123	-0.0273	0.7921	32.4513	17.3725	22.739
8	1.5433	0.4157	0.2717	1.9663	1.1666	1.1919	-0.072	-0.13	0.3673	0.0519	-0.1113	-0.2343	-0.2125	-0.0092	0.0619	0.165	0.0191	-0.0249	0.1683	-0.0333	0.2623	25.0731	11.2736	23.1391
9	0.7249	0.0892	-0.0545	3.4661	0.7995	3.4377	0.075	-0.0651	-0.1307	-0.2566	-0.0506	0.5971	0.762	0.0372	-0.1336	0.3099	-0.0064	-0.0095	0.2326	0.0319	0.2148	16.1438	-5.7523	19.5151
10	0.309	1.0462	0.1635	3.5869	0.6645	3.0761	-0.0659	0.1397	0.1636	0.1945	-0.1123	0.4719	-0.2127	-0.4434	0.4925	0.2933	-0.0564	-0.0343	0.3178	-0.0731	-0.0033	9.7756	-0.9486	10.201
11	8.2929	1.9453	-0.0553	5.0691	-3.8101	3.1277	0.2645	-0.4948	0.3444	0.6447	-0.2128	0.5657	-0.1449	-0.9713	0.8626	0.1494	0.0334	-0.077	0.41	-0.0946	0.3918	4.5558	9.8457	20.5945
12	1.7172	0.3756	1.1035	0.5462	-0.3329	1.3992	-0.1857	-0.2118	0.0784	0.028	0.1878	-0.0644	-0.3072	-0.0285	-0.0262	0.1739	0.0339	-0.0177	0.2844	0.0195	0.165	6.5485	6.2603	-0.6971
13	3.7795	0.1793	-0.7543	1.1276	-0.5037	2.2497	0.0983	-0.3728	0.2194	0.0985	0.0778	-0.0754	-0.1523	0.0466	-0.0034	0.2006	-0.028	-0.0272	0.2414	-0.0087	0.1819	17.8959	2.3796	0.1829
14	2.3188	0.7259	0.2169	4.37	2.0025	4.0408	-0.0959	-0.0202	0.2758	0.3078	-0.0038	-0.5736	-0.209	-0.0603	0.0096	0.2595	-0.0324	-0.0292	0.2205	0.031	0.2522	25.713	7.501	-6.6393
15	1.776	-0.0969	0.3589	2.5624	0.2222	1.2686	-0.104	-0.217	0.2507	0.1748	0.0056	0.1514	-0.2407	-0.1927	0.0677	0.2277	0.0176	-0.0013	0.238	0.0003	0.1986	10.5494	13.0316	-4.4917
16	2.2359	1.9191	-0.8973	2.8053	0.6709	2.1746	-0.0949	-0.088	0.7655	0.3158	-0.1039	0.6603	-0.5677	-0.9707	0.205	0.3259	0.1509	-0.0631	0.3782	-0.1123	0.3157	-0.181	17.5468	-5.4502
17	1.5785	-0.6621	-0.252	1.8298	1.1452	2.0258	0.0565	0.0458	0.0618	0.0718	-0.165	-0.1281	-0.055	-0.0012	0.1621	0.1845	-0.0493	-0.004	0.1751	0.0108	0.1347	15.583	5.4828	-5.2186
18	0.3598	-0.478	-0.2704	0.7071	-0.0506	4.1074	0.6136	-0.4235	1.1179	-0.8994	-0.2301	-0.117	-0.2545	0.6282	0.1492	0.3202	-0.0853	0.0393	0.3062	0.1579	0.5126	28.8267	14.3255	-7.58

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 52 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 63 through 67 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 68 through 72 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 73 through 79 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 80 through 98 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 99 through 107 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 108 through 114 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 115 through 121 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1 through 13 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 14 through 31 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 32 through 38 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 39 through 72 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 73 through 79 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 80 through 114 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 115 through 121 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)