PDB-4yyf: The crystal structure of a glycosyl hydrolase of GH3 family membe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yyf

タイトル

The crystal structure of a glycosyl hydrolase of GH3 family member from [Mycobacterium smegmatis str. MC2 155

要素

Beta-N-acetylhexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a glycosyl hydrolase of GH3 family member from [Mycobacterium smegmatis str. MC2 155
著者: Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2015年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yyf.cif.gz	373.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yyf.ent.gz	305.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yyf_validation.pdf.gz	477.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yyf_full_validation.pdf.gz	488 KB	表示
XML形式データ	4yyf_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	4yyf_validation.cif.gz	63 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/4yyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/4yyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5gp1-2 5ec8-1 5wz2-2 5wz2-1 5afd-d 5ehg-1 6gfv-1 5wz1-2 5ehg-2 4ee7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100128

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: MCSG-APC100128

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

B: Beta-N-acetylhexosaminidase

C: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

113 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.067, 130.941, 85.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Beta-N-acetylhexosaminidase 分子量: 37455.484 Da / 分子数: 3 / 変異: A291V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0361, MSMEI_0354, LJ00_01805 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: A0QPD6, beta-N-acetylhexosaminidase

#1: タンパク質

Beta-N-acetylhexosaminidase

分子量: 37455.484 Da / 分子数: 3 / 変異: A291V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0361, MSMEI_0354, LJ00_01805 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: A0QPD6, beta-N-acetylhexosaminidase

-
非ポリマー , 5種, 564分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.8M Sodium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月15日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→36.5 Å / Num. obs: 89349 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.771 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.92→36.41 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2101	4376	4.94 %	Random selection
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.1805	88553	99.05 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→36.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7044	0	36	553	7633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	9816
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.092	2548
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1314

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9199-1.9417	0.3026	144	0.2571	2352	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9417-1.9646	0.2767	158	0.2508	2571	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9646-1.9885	0.2695	153	0.2356	2747	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9885-2.0137	0.2447	146	0.2246	2758	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0137-2.0402	0.2526	166	0.2212	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0402-2.0681	0.2671	129	0.2228	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0681-2.0977	0.2499	125	0.2197	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.129	0.2116	137	0.2114	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.129-2.1623	0.2484	150	0.1958	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1623-2.1977	0.2204	143	0.1921	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1977-2.2356	0.2363	150	0.1974	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2356-2.2762	0.2509	155	0.19	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2762-2.32	0.2183	128	0.1912	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.3674	0.2387	131	0.1813	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3674-2.4188	0.2177	163	0.1828	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4188-2.4751	0.2187	156	0.1742	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4751-2.537	0.1982	136	0.1803	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.537-2.6055	0.252	147	0.1878	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6055-2.6822	0.2177	142	0.1791	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6822-2.7687	0.1892	132	0.1792	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7687-2.8676	0.2316	183	0.1767	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8676-2.9824	0.1872	139	0.1819	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9824-3.1181	0.223	152	0.1818	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1181-3.2824	0.1961	150	0.17	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2824-3.4879	0.1934	134	0.1532	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4879-3.7569	0.1561	141	0.143	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7569-4.1345	0.1554	140	0.1426	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1345-4.7317	0.178	129	0.14	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7317-5.9572	0.161	146	0.1718	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9572-36.417	0.2406	171	0.2053	3043	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3471	0.5573	0.8465	3.2849	1.0549	1.8371	0.0412	-0.1471	-0.0868	0.0992	-0.06	0.2379	0.0501	-0.1758	0.0389	0.0945	0.0002	-0.0042	0.0995	0.0062	0.1316	88.6967	50.9538	78.4874
2	1.7443	-0.5666	-1.3784	1.3444	0.5151	3.1458	-0.0619	-0.0142	0.1283	-0.0655	0.0612	0.0938	-0.1372	-0.0094	-0.0229	0.1327	-0.0134	-0.0155	0.1287	-0.0031	0.185	101.2467	53.4624	78.8493
3	1.3275	-0.7944	0.7437	1.6123	0.1327	0.7253	0.0004	0.1448	0.048	-0.389	0.1582	-0.207	-0.1595	0.4011	-0.1937	0.1729	-0.0601	0.0558	0.2394	0.0108	0.1982	118.4864	47.486	67.6976
4	1.0867	0.176	0.3381	1.0192	0.3314	1.7745	-0.0889	0.1606	-0.0723	-0.2423	0.0532	-0.1239	0.0511	0.118	0.036	0.1437	-0.024	0.0434	0.1263	0.0014	0.1209	107.9096	40.1635	64.719
5	0.4966	-0.1669	-0.4178	1.595	0.1376	0.9725	-0.0405	0.2097	-0.054	-0.3444	-0.0602	0.2381	-0.048	-0.1524	0.0907	0.1746	-0.0389	-0.0508	0.1632	-0.0161	0.148	89.7954	42.7578	63.5545
6	3.4737	0.4527	2.194	3.1116	-0.2467	3.5795	-0.0888	-0.0867	0.0841	-0.0019	0.0097	0.2389	0.0904	-0.2025	0.0959	0.1275	-0.0282	0.0351	0.1114	-0.0023	0.1842	85.864	38.1417	77.8177
7	4.2109	-0.1145	-1.5404	0.7352	-0.8725	3.4002	-0.0883	0.2198	0.4012	-0.1475	0.1921	0.1287	-0.2434	-0.1151	-0.1234	0.1849	-0.0677	-0.0648	0.1771	0.0572	0.1641	63.3805	24.2693	67.4266
8	1.6798	-0.6303	0.2345	2.758	-0.6597	1.9388	-0.1651	0.3018	0.169	-0.2641	0.1699	0.0207	-0.0825	-0.0885	0.0091	0.1947	-0.1054	-0.0305	0.2369	0.0397	0.1906	76.0429	24.741	65.3088
9	1.1075	0.7218	-0.5337	1.6539	-0.5574	0.6892	-0.0789	-0.007	-0.1251	-0.1133	0.0295	-0.2212	0.0516	0.0931	0.0498	0.112	-0.0182	0.0034	0.1486	-0.0047	0.1456	82.2353	10.683	78.3451
10	1.1308	0.0474	0.0855	1.2181	-0.3548	1.5317	-0.1127	0.1422	-0.0976	-0.1592	0.1082	0.0608	0.0917	-0.0909	0.0007	0.0992	-0.0417	0.0069	0.1283	0.0091	0.107	65.3027	9.2626	75.8182
11	2.5803	-0.0731	0.3575	0.6211	0.4241	3.1137	-0.1154	0.0882	0.1741	-0.1433	0.0785	0.1927	-0.195	-0.1657	0.0149	0.131	-0.0064	-0.027	0.1177	0.0422	0.1489	56.9372	20.2822	76.2263
12	3.4284	-0.594	-0.8315	4.1226	1.2826	1.5977	0.0166	0.7091	0.0199	0.2748	-0.0844	-0.4677	-0.0834	0.5297	0.0658	0.507	-0.0646	-0.0498	0.842	0.0014	0.4874	95.9406	14.1924	45.7269
13	1.4752	0.0899	-0.0776	1.2162	0.0192	1.4641	0.2158	0.1032	-0.2612	-0.0229	-0.0136	-0.4206	0.3035	0.7003	-0.1964	0.6008	0.0701	-0.1121	0.7299	-0.0652	0.5164	86.4134	-3.5421	41.8856
14	2.6285	0.9229	-1.6786	2.877	-0.4259	1.2657	0.0139	-0.5955	-0.4418	0.2877	-0.0943	-0.6077	0.2562	0.4231	0.0561	0.6781	0.0707	-0.2018	0.6508	0.0103	0.4607	83.9429	-8.145	49.0236
15	0.9983	0.0046	-0.1506	0.8373	0.1431	0.8725	0.0455	-0.0176	-0.1547	0.0476	-0.0321	0.0169	0.2607	0.0354	-0.0021	0.5968	-0.0486	-0.0545	0.5328	-0.012	0.3485	69.7538	-0.2955	43.5498
16	2.789	-0.7805	1.1875	0.6974	0.4747	1.8648	0.2028	-0.3122	-0.1347	-0.0337	-0.043	0.0628	0.0917	0.1337	-0.1934	0.4816	0.0132	-0.0488	0.5744	0.0581	0.3384	71.449	10.0657	43.2055
17	1.0545	0.0472	0.5096	0.6484	-0.1885	0.7664	-0.0346	0.1829	0.1361	-0.0996	-0.0012	-0.0573	-0.1159	0.174	0.042	0.5565	-0.0342	-0.0258	0.6094	-0.0212	0.349	80.0403	16.4058	41.6049
18	0.8293	-1.0335	-0.6564	5.0471	-0.9907	1.4974	-0.0942	-0.0575	0.2952	0.5848	-0.023	-0.6658	-0.3641	0.7047	0.1365	0.6817	-0.173	-0.1724	0.728	-0.0238	0.4065	87.4816	16.9345	54.2088

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 56 through 98 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 99 through 135 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 136 through 153 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 154 through 263 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 264 through 362 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 363 through 386 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 56 through 98 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 99 through 135 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 136 through 283 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 284 through 348 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 349 through 385 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 56 through 88 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 89 through 153 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 154 through 181 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 182 through 263 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 264 through 283 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 284 through 362 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 363 through 386 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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