PDB-4yy8: Crystal Structure Analysis of Kelch protein from Plasmodium falciparum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yy8

タイトル

Crystal Structure Analysis of Kelch protein from Plasmodium falciparum

要素

Kelch protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics Consortium / SGC / Putative Kelch Protein / K13

機能・相同性

機能・相同性情報

protein homooligomerization
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / He, H. / Ravichandran, M. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure Analysis of Kelch protein from Plasmodium falciparum.
著者: Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / He, H. / Ravichandran, M. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / El Bakkouri, M. / Senisterra, G. / Osman, K. ...

履歴

登録	2015年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2015年7月22日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yy8.cif.gz	173 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yy8.ent.gz	134.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yy8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/4yy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/4yy8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4in4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lx6-2 3a3k-2 2okc-1 4egv-3 3zxl-1 6vii-d 3dge-3 3byz-1 5c0y-2 3zxk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch protein

B: Kelch protein

ヘテロ分子

89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kelch protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kelch protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.189, 117.020, 74.566
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

AUTHORS STATE THAT MASS SPECTROMETRY RESULT INDICATES THE PROTEIN IS A MONOMER IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Kelch protein 分子量: 44234.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 338-726 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: PF13_0238 / プラスミド: PFBOH-MH 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: A0A077LQB4
#2: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350, Sodium azide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97957 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 89721 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.26 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.658 / % possible all: 66.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4IN4

4in4

解像度: 1.81→40.78 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	4414	4.92 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.177	89656	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→40.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5869	0	66	494	6429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6145
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.966	8373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.198	2229
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	916
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1088

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.8301	0.3311	151	0.2896	2406	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8301-1.8516	0.2816	126	0.2767	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8516-1.8742	0.3064	142	0.2589	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8742-1.898	0.3095	157	0.2616	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.9229	0.3097	136	0.2411	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9229-1.9493	0.2418	163	0.2262	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9493-1.9771	0.2829	144	0.22	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9771-2.0066	0.2393	150	0.2049	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0066-2.038	0.2732	150	0.2031	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.038-2.0714	0.229	142	0.1944	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0714-2.1071	0.2321	135	0.187	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1071-2.1454	0.2085	156	0.1823	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1454-2.1867	0.2331	154	0.1905	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1867-2.2313	0.2448	146	0.1881	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2313-2.2798	0.2287	145	0.1898	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2798-2.3329	0.2022	126	0.1836	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3329-2.3912	0.2104	128	0.1867	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3912-2.4558	0.2708	157	0.1889	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4558-2.5281	0.2336	169	0.1897	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5281-2.6097	0.2478	132	0.1978	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6097-2.7029	0.2542	125	0.1948	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7029-2.8111	0.2227	134	0.189	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8111-2.939	0.2003	116	0.1846	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.939-3.0939	0.2035	168	0.1809	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0939-3.2877	0.2169	139	0.1807	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2877-3.5414	0.1897	162	0.1708	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5414-3.8975	0.2081	162	0.1627	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8975-4.4609	0.1578	158	0.1268	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4609-5.618	0.1521	159	0.1282	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
5.618-40.7938	0.172	182	0.1624	2875	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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