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万見
- PDB-4yy2: Computationally designed left-handed alpha/alpha toroid with 3 re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yy2
タイトルComputationally designed left-handed alpha/alpha toroid with 3 repeats in space group P212121
要素dTor_3x33L
キーワードDE NOVO PROTEIN / Rosetta / toroid / alpha helix / computationally designed / left-handed
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.854 Å
データ登録者Hallinan, J.P. / Bradley, P. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM49857 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Rational design of alpha-helical tandem repeat proteins with closed architectures.
著者: Doyle, L. / Hallinan, J. / Bolduc, J. / Parmeggiani, F. / Baker, D. / Stoddard, B.L. / Bradley, P.
履歴
登録2015年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22016年1月6日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTor_3x33L
B: dTor_3x33L
C: dTor_3x33L
D: dTor_3x33L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,85312
ポリマ－45,6694
非ポリマー1848
水2,504139
1
A: dTor_3x33L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4633
ポリマ－11,4171
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: dTor_3x33L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5557
ポリマ－11,4171
非ポリマー1386
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: dTor_3x33L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4171
ポリマ－11,4171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: dTor_3x33L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4171
ポリマ－11,4171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.139, 68.603, 152.357
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEUAA2 - 1005 - 103
21GLYGLYLEULEUBB2 - 1005 - 103
12LYSLYSSERSERAA3 - 996 - 102
22LYSLYSSERSERCC3 - 996 - 102
13GLYGLYLEULEUAA2 - 1005 - 103
23GLYGLYLEULEUDD2 - 1005 - 103
14LYSLYSSERSERBB3 - 996 - 102
24LYSLYSSERSERCC3 - 996 - 102
15GLYGLYLEULEUBB2 - 1005 - 103
25GLYGLYLEULEUDD2 - 1005 - 103
16LYSLYSSERSERCC3 - 996 - 102
26LYSLYSSERSERDD3 - 996 - 102

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
dTor_3x33L


分子量: 11417.165 Da / 分子数: 4 / 断片: dTor_3x33L / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Rosetta designed / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 3350, 0.2M Sodium Chloride, 100mM Tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 30892 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.1 / Net I/av σ(I): 20.275 / Net I/σ(I): 18.4 / Num. measured all: 186405
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.9270.531810.9510.2030.5410.90695.9
1.92-1.9970.34532020.9730.140.3731.06796.2
1.99-2.086.90.21332570.9880.0880.2311.16696.6
2.08-2.196.70.14432410.9920.060.1561.25696.5
2.19-2.336.30.10531980.9940.0460.1151.31495.3
2.33-2.515.90.08131320.9940.0370.091.22692.8
2.51-2.765.60.06729960.9950.0320.0751.20588.7
2.76-3.165.30.05528340.9960.0270.0621.09482.8
3.16-3.994.50.04726610.9960.0270.0550.87476.9
3.99-504.70.04331900.9970.0220.0490.70287

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rosetta Design

解像度: 1.854→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 7.941 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2833 1562 5.1 %RANDOM
Rwork0.2278 ---
obs0.2305 29249 90.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.52 Å2 / Biso mean: 42.074 Å2 / Biso min: 26.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----2.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.854→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 0 8 139 3185
Biso mean--61.51 52.95 -
残基数----395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.023070
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.023104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7212.0274121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.62437253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7765391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59826.731104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.90215643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.146157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3333.6391576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3333.6371575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3615.431963
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A51990.19
12B51990.19
21A53800.18
22C53800.18
31A55250.17
32D55250.17
41B53320.17
42C53320.17
51B52990.18
52D52990.18
61C54900.18
62D54900.18
LS精密化 シェル解像度: 1.854→1.902 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 110 -
Rwork0.246 2208 -
all-2318 -
obs--94.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5483-0.0955-0.03420.4425-0.09950.3134-0.01180.0132-0.00050.01390.01560.01020.0285-0.037-0.00380.0114-0.00030.00170.02510.00360.01451.100275.16965.2199
20.6102-0.0622-0.00560.4404-0.06820.395-0.0388-0.0170.008-0.03140.0088-0.0107-0.0090.00440.030.02630.00220.00090.0016-0.0030.016917.497670.156125.6783
30.40970.0765-0.13190.84210.35920.88950.00320.0349-0.01770.0555-0.0152-0.02230.0662-0.00770.0120.01480.0012-0.01210.0142-0.00830.020313.336159.9681-12.7728
40.981-0.05810.15250.1841-0.10560.7183-0.00590.0778-0.0850.0216-0.019-0.02420.0369-0.00520.02490.0133-0.005-0.00340.0117-0.01330.0349-2.009793.815832.3657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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