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- PDB-4yxq: PksG, a HMG-CoA Synthase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yxq
タイトルPksG, a HMG-CoA Synthase from Bacillus subtilis
要素Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG
キーワードTRANSFERASE / polyketide / bacillaene
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; アシル基を移すもの; アシル基転移の際、アルキル基への変換を伴うもの / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / acetyl-CoA metabolic process / antibiotic biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, C-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Nair, A.V. / Race, P.R. / Till, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PksG, a HMG-CoA Synthase from Bacillus subtilis
著者: Nair, A.V. / Race, P.R. / Till, M.
履歴
登録2015年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG
B: Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG
C: Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG
D: Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,6357
ポリマ－187,3174
非ポリマー3183
水6,431357
1
A: Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG
B: Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7643
ポリマ－93,6582
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area27610 Å2
手法PISA
2
C: Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG
D: Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8714
ポリマ－93,6582
非ポリマー2122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.620, 122.040, 198.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 420 / Label seq-ID: 2 - 420

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG / HMG synthase


分子量: 46829.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: pksG, BSU17150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P40830, 転移酵素; アシル基を移すもの; アシル基転移の際、アルキル基への変換を伴うもの
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M MMT, 25% PEG 1500, 30% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→69.84 Å / Num. obs: 65451 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.253 / Rpim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 458826 / Scaling rejects: 1685
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.47-2.546.91.0651.93106945190.6830.436100
11.34-69.846.20.05812.849167900.9980.02499.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.47→63.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / WRfactor Rfree: 0.2526 / WRfactor Rwork: 0.2096 / FOM work R set: 0.797 / SU B: 10.014 / SU ML: 0.223 / SU R Cruickshank DPI: 0.6604 / SU Rfree: 0.3124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.642 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2709 3310 5.1 %RANDOM
Rwork0.2258 ---
obs0.2281 62005 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.25 Å2 / Biso mean: 32.254 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.57 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----2.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.47→63.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12560 0 21 357 12938
Biso mean--35.9 26.69 -
残基数----1618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01912834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0211996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.96517304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01327602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38151608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.77423.54582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.567152161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2571588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02114626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023010
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A242670.05
12B242670.05
21A250320.04
22C250320.04
31A245650.03
32D245650.03
41B244670.05
42C244670.05
51B244300.04
52D244300.04
61C248010.03
62D248010.03
LS精密化 シェル解像度: 2.475→2.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 224 -
Rwork0.318 4528 -
all-4752 -
obs--99.98 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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