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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yxq | ||||||
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タイトル | PksG, a HMG-CoA Synthase from Bacillus subtilis | ||||||
要素 | Polyketide biosynthesis 3-hydroxy-3-methylglutaryl-ACP synthase PksG | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / polyketide / bacillaene | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 転移酵素; アシル基を移すもの; アシル基転移の際、アルキル基への変換を伴うもの / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / acetyl-CoA metabolic process / antibiotic biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.47 Å | ||||||
データ登録者 | Nair, A.V. / Race, P.R. / Till, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PksG, a HMG-CoA Synthase from Bacillus subtilis 著者: Nair, A.V. / Race, P.R. / Till, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yxq.cif.gz | 322.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yxq.ent.gz | 261.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yxq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4yxq_validation.pdf.gz | 471.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4yxq_full_validation.pdf.gz | 491.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4yxq_validation.xml.gz | 59.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4yxq_validation.cif.gz | 83.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yxq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 420 / Label seq-ID: 2 - 420
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46829.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: pksG, BSU17150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40830, 転移酵素; アシル基を移すもの; アシル基転移の際、アルキル基への変換を伴うもの #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M MMT, 25% PEG 1500, 30% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月27日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.47→69.84 Å / Num. obs: 65451 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.253 / Rpim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 458826 / Scaling rejects: 1685 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.47→63.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / WRfactor Rfree: 0.2526 / WRfactor Rwork: 0.2096 / FOM work R set: 0.797 / SU B: 10.014 / SU ML: 0.223 / SU R Cruickshank DPI: 0.6604 / SU Rfree: 0.3124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.642 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.25 Å2 / Biso mean: 32.254 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.47→63.74 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.475→2.539 Å / Total num. of bins used: 20
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