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- PDB-4yxf: MupS, a 3-oxoacyl (ACP) reductase involved in Mupirocin biosynthesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yxf
タイトルMupS, a 3-oxoacyl (ACP) reductase involved in Mupirocin biosynthesis
要素MupS
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-oxoacyl (ACP) reductase / mupirocin
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Till, M. / Race, P.R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MupS, a 3-oxoacyl (ACP) reductase involved in Mupirocin biosynthesis
著者: Till, M. / Race, P.R.
履歴
登録2015年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MupS
B: MupS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6882
ポリマ－54,6882
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.080, 94.080, 194.341
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 MupS


分子量: 27343.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: mupS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RL53
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Molecular dimensions morpheus screen well C6 - NPS ligands, EDO_P8K precipitant mix
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→81.475 Å / Num. all: 28109 / Num. obs: 28109 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.191 / Rsym value: 0.18 / Net I/av σ(I): 3.669 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 248741
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.8591.120.63642540290.3931.123100
2.85-3.029.50.69213628238080.2370.6924.5100
3.02-3.239.60.391.83474536070.1330.396.6100
3.23-3.498.90.22432987933630.080.2249.2100
3.49-3.8290.1534.42800931000.0540.15312.6100
3.82-4.279.50.11462696228460.040.11416.3100
4.27-4.938.40.0897.32102425150.0340.08918.6100
4.93-6.048.10.0956.81741121460.0370.09516.4100
6.04-8.547.50.0827.61280317050.0340.08216.699.9
8.54-47.045.30.0559.752019900.0270.05518.999

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.04 Å
Translation2.5 Å47.04 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OSU

3osu


解像度: 2.7→47.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.2285 / WRfactor Rwork: 0.1825 / FOM work R set: 0.8535 / SU B: 7.735 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.331 / SU Rfree: 0.2603 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 1410 5 %RANDOM
Rwork0.2037 ---
obs0.2059 26656 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.54 Å2 / Biso mean: 42.012 Å2 / Biso min: 18.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å21.75 Å20 Å2
2--1.75 Å20 Å2
3----5.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→47.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3299 0 0 21 3320
Biso mean---43.67 -
残基数----457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0193332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4651.9664518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8055449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.81923.871124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.61915526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.1161521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022461
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 86 -
Rwork0.339 1941 -
all-2027 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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