[日本語] English
万見
- PDB-4yx2: Crystal structure of Bovine prion protein complexed with POM1 FAB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yx2
タイトルCrystal structure of Bovine prion protein complexed with POM1 FAB
要素
  • Major prion protein
  • POM1 FAB HEAVY CHAIN
  • POM1 FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / prion / antibody / complex / Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type 5 metabotropic glutamate receptor binding / cuprous ion binding / : / side of membrane / inclusion body / cellular response to copper ion / molecular condensate scaffold activity / protein destabilization / protein homooligomerization / cellular response to amyloid-beta ...type 5 metabotropic glutamate receptor binding / cuprous ion binding / : / side of membrane / inclusion body / cellular response to copper ion / molecular condensate scaffold activity / protein destabilization / protein homooligomerization / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of neuron apoptotic process / amyloid-beta binding / G-quadruplex RNA binding / microtubule binding / nuclear membrane / membrane raft / copper ion binding / dendrite / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain / Immunoglobulins ...Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.194 Å
データ登録者Baral, P.K. / Swayampakula, M. / James, M.N.G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
APRI カナダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: X-ray structural and molecular dynamical studies of the globular domains of cow, deer, elk and Syrian hamster prion proteins.
著者: Baral, P.K. / Swayampakula, M. / Aguzzi, A. / James, M.N.
履歴
登録2015年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Major prion protein
H: POM1 FAB HEAVY CHAIN
L: POM1 FAB LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3953
ポリマ－65,3953
非ポリマー00
水4,071226
1
A: Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4891
ポリマ－18,4891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6320 Å2
手法PISA
2
H: POM1 FAB HEAVY CHAIN
L: POM1 FAB LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9072
ポリマ－46,9072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.674, 99.764, 75.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Major prion protein / PrP / Major scrapie-associated fibril protein 1


分子量: 18488.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRNP, PRP / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10279
#2: 抗体 POM1 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23397.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 POM1 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23509.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M lithium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.194→50 Å / Num. obs: 33032 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H88, 4DGI

4h88

4dgi


解像度: 2.194→33.537 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 1662 5.03 %
Rwork0.2159 --
obs0.2183 33023 96.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.194→33.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4118 0 0 226 4344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1985733
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7641523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1939-2.25840.37311210.33252360X-RAY DIFFRACTION88
2.2584-2.33130.35231410.2982511X-RAY DIFFRACTION92
2.3313-2.41460.33431250.27962659X-RAY DIFFRACTION98
2.4146-2.51120.31081340.26452704X-RAY DIFFRACTION100
2.5112-2.62550.35551420.26922695X-RAY DIFFRACTION100
2.6255-2.76380.28151460.24642689X-RAY DIFFRACTION100
2.7638-2.93690.31341390.2572706X-RAY DIFFRACTION100
2.9369-3.16350.29261540.24582671X-RAY DIFFRACTION100
3.1635-3.48160.27471490.22982673X-RAY DIFFRACTION99
3.4816-3.98470.24911290.20632358X-RAY DIFFRACTION87
3.9847-5.01760.22561460.1622618X-RAY DIFFRACTION97
5.0176-33.54080.19631360.17022717X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る