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万見
- PDB-4ywu: Structural insight into the substrate inhibition mechanism of NAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ywu
タイトルStructural insight into the substrate inhibition mechanism of NADP+-dependent succinic semialdehyde dehydrogenase from Streptococcus pyogenes
要素Succinic semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Succinic semialdehyde dehydrogenase / Streptococcus pyogenes / Substrate inhibition / ES-complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+) / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+) activity / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Succinate-semialdehyde dehydrogenase GabD1-like / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal ...Succinate-semialdehyde dehydrogenase GabD1-like / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-oxobutanoic acid / Succinic semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes MGAS1882 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jang, E.H. / Park, S.A. / Chi, Y.M. / Lee, K.S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Structural insight into the substrate inhibition mechanism of NADP(+)-dependent succinic semialdehyde dehydrogenase from Streptococcus pyogenes.
著者: Jang, E.H. / Park, S.A. / Chi, Y.M. / Lee, K.S.
履歴
登録2015年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinic semialdehyde dehydrogenase
B: Succinic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,3118
ポリマ－103,7222
非ポリマー5886
水10,629590
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area32060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.965, 134.965, 172.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Succinic semialdehyde dehydrogenase / Succinate-semialdehyde dehydrogenase / NADP+-dependent succinic semialdehyde dehydrogenase


分子量: 51861.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes MGAS1882 (化膿レンサ球菌)
株: MGAS1882 / 遺伝子: gabD / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0J9X1M8*PLUS, succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-SSN / 4-oxobutanoic acid / Succinic semialdehyde / こはく酸セミアルデヒド


分子量: 102.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON GENBANK AFC68023

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6 and 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 61642 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OHT

4oht


解像度: 2.4→42.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 51452.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 3109 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 61605 98.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.4286 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----2.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→42.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7148 0 34 590 7772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.372.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 495 5.1 %
Rwork0.362 9233 -
obs--94.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR/protein_rep.paramCNS_TOPPAR/protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR/dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR/water_rep.paramCNS_TOPPAR/water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR/ion.paramCNS_TOPPAR/ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR/carbohydrate.paramCNS_TOPPAR/carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6CNS_TOPPAR/../../SSN.par../../SSN.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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