PDB-4ywr: Structure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase from Acine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ywr

タイトル

Structure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase from Acinetobacter baumannii in non-covalent complex with pyridoxal phosphate

要素

Putative hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / putative phosphomethylpyrimidine kinase / pyridoxal phoshpate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphomethylpyrimidine kinase activity / thiamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Characterization of an Acinetobacter baumannii Monofunctional Phosphomethylpyrimidine Kinase That Is Inhibited by Pyridoxal Phosphate.
著者: De Vitto, H. / Belfon, K.K.J. / Sharma, N. / Toay, S. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lukacs, C.M. / Choi, R. / Udell, H.S. / Willis, S. / Barrera, G. / Beyer, O. / Li, T.D. / Hicks, K.A. / ...

履歴

登録	2015年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4ywr_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
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CIF形式データ	4ywr_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/4ywr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/4ywr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yl5SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yl5-d 3w3e-1 2w3z-d 2ri1-2 4gux-1 3tgl-d 4gux-3 1lgy-1 5wsl-3 6b99-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AcbaC.00867.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase

ヘテロ分子

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.820, 108.100, 88.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-496- HOH
2	1	A-624- HOH

#1: タンパク質	Putative hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase 分子量: 27730.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-255 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: AB5075 / 遺伝子: A591_A3049 / プラスミド: AcbaC.00867.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A2TKW6, UniProt: A0A140UHE5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Microlytics MGSC1 screen, c8: 25% PEG 4000, 200mM ammonium citrate, 100mM Na citrate/HCl, pH 5.6; AcbaC.00867.a.B1.PW37632 at 22 mg/ml; crystal soaked for 2h in reservoir solution with 5mM ...詳細: Microlytics MGSC1 screen, c8: 25% PEG 4000, 200mM ammonium citrate, 100mM Na citrate/HCl, pH 5.6; AcbaC.00867.a.B1.PW37632 at 22 mg/ml; crystal soaked for 2h in reservoir solution with 5mM Pyridoxal phosphate, tray 261062, puck hml12-2; cryo: 20% EG

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Microlytics MGSC1 screen, c8: 25% PEG 4000, 200mM ammonium citrate, 100mM Na citrate/HCl, pH 5.6; AcbaC.00867.a.B1.PW37632 at 22 mg/ml; crystal soaked for 2h in reservoir solution with 5mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月12日

放射

モノクロメーター: Rigaku Varimaz / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 37353 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 14.07 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_rim(I) all: 0.046 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 45 / Num. measured all: 595561

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64		0.487	2.23	5260	2785	2194	0.736	0.602	78.8
1.64-1.69		0.444	3.54	11306	2716	2660	0.869	0.505	97.9
1.69-1.74		0.397	5.21	18066	2631	2629	0.933	0.429	99.9
1.74-1.79		0.353	7.62	27606	2549	2548	0.97	0.371	100
1.79-1.85		0.287	9.45	28802	2503	2501	0.984	0.301	99.9
1.85-1.91		0.217	12.84	28905	2412	2390	0.991	0.227	99.1
1.91-1.98		0.156	17.71	29675	2331	2329	0.995	0.163	99.9
1.98-2.07		0.124	22.65	29764	2231	2231	0.997	0.129	100
2.07-2.16		0.091	33.12	32675	2150	2150	0.999	0.094	100
2.16-2.26		0.079	46.4	37359	2087	2058	0.999	0.081	98.6
2.26-2.39		0.065	53.15	37849	1953	1930	0.999	0.067	98.8
2.39-2.53		0.055	62.07	38962	1855	1855	1	0.056	100
2.53-2.7		0.051	70.44	40752	1766	1765	1	0.052	99.9
2.7-2.92		0.045	86.05	45710	1644	1644	1	0.045	100
2.92-3.2		0.037	102.61	43631	1508	1508	1	0.037	100
3.2-3.58		0.03	120.13	39617	1373	1373	1	0.03	100
3.58-4.13		0.027	140.48	34957	1234	1232	1	0.027	99.8
4.13-5.06		0.023	153.01	29382	1042	1040	1	0.023	99.8
5.06-7.16		0.026	133.95	23107	827	827	1	0.027	100
	7.16	0.02	152.37	12176	491	489	1	0.02	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1980	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4yl5

4yl5

解像度: 1.65→46.181 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1761	1802	5.25 %	Random selection
R_work	0.1569	32552	-	-
obs	0.1579	34354	99.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.35 Å² / B_iso mean: 21.1937 Å² / B_iso min: 6.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→46.181 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1631	0	32	240	1903
B_iso mean	-	-	17.6	32.4	-
残基数	-	-	-	-	228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1757
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	2414
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	311
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.62	1061

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6946	0.2261	136	0.195	2445	2581	99
1.6946-1.7445	0.2085	142	0.1782	2506	2648	100
1.7445-1.8008	0.2177	151	0.1729	2449	2600	100
1.8008-1.8652	0.2205	129	0.1852	2505	2634	100
1.8652-1.9399	0.2084	154	0.1921	2433	2587	99
1.9399-2.0281	0.2198	149	0.1634	2477	2626	100
2.0281-2.1351	0.1743	153	0.1539	2476	2629	100
2.1351-2.2688	0.1881	133	0.1622	2475	2608	99
2.2688-2.444	0.1567	128	0.149	2494	2622	99
2.444-2.6899	0.1629	129	0.1527	2531	2660	100
2.6899-3.0791	0.1959	128	0.1629	2543	2671	100
3.0791-3.879	0.1511	133	0.1418	2557	2690	100
3.879-46.1992	0.1409	137	0.141	2661	2798	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7101	0.8147	2.7011	1.4626	1.2044	2.9846	0.0098	0.1357	0.1484	-0.1039	0.0907	-0.0193	-0.1739	0.0588	-0.1301	0.113	0.0049	0.0196	0.0657	0.0044	0.069	2.0818	35.3173	27.6579
2	5.2031	6.6088	3.3812	8.4599	3.9768	3.894	-0.1579	0.016	0.3183	-0.3268	0.0199	0.1233	-0.3894	-0.0326	0.1173	0.1489	0.0003	0.0156	0.0829	0.0003	0.0959	1.1194	41.5146	27.3794
3	4.743	1.509	-0.0338	2.275	0.1884	2.1634	0.0114	0.0148	-0.0156	-0.0282	0.0256	0.0336	-0.0354	-0.0861	-0.0418	0.0764	-0.0023	-0.0032	0.0654	-0.0016	0.0372	-2.0358	29.6476	25.955
4	6.1589	0.6195	-0.4855	1.7715	0.027	2.4954	0.1	-0.1152	-0.3201	0.0274	-0.059	0.0483	0.1824	-0.0798	-0.0142	0.1192	-0.0032	-0.0229	0.0612	-0.0019	0.0601	-0.3173	23.8013	27.6478
5	3.4314	1.0467	0.2257	1.5947	0.4968	2.0348	0.0399	-0.0887	0.0074	0.0588	0.0178	0.0038	0.1156	0.04	-0.0456	0.0892	0.0015	-0.011	0.0782	0.009	0.0662	5.2379	29.455	36.4014
6	3.004	0.5413	-1.2617	2.1002	-0.2622	2.4169	0.0199	-0.0642	-0.013	0.0372	0.0136	0.0774	0.1196	-0.0435	-0.0305	0.0948	-0.0251	-0.0115	0.0847	0.0041	0.0542	-2.6145	30.2923	46.8402
7	4.2825	-1.7535	2.0746	6.4869	-2.9012	6.88	0.03	-0.314	0.3775	0.3156	0.112	0.4234	-0.3892	-0.3327	-0.097	0.1508	-0.042	0.0324	0.1215	-0.0357	0.1751	-4.5014	39.4492	51.0071
8	3.1282	-1.066	0.9417	6.5163	0.9165	4.6696	0.0586	-0.5335	0.7457	0.1991	-0.1256	0.4475	-0.3105	-0.4759	0.2051	0.1904	-0.0242	0.0438	0.1499	-0.0346	0.2778	-2.4032	46.9873	48.7549
9	2.4123	-0.8638	-0.6251	5.4473	1.1015	4.8583	0.0053	-0.0391	0.2979	-0.065	-0.0382	0.3167	-0.2307	-0.2355	0.0142	0.1633	-0.0265	0.0231	0.0815	-0.0419	0.1506	2.3013	48.3704	37.5421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 25 )	A	10 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 39 )	A	26 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 52 )	A	40 - 52
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 74 )	A	53 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 125 )	A	75 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 126 through 158 )	A	126 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 159 through 185 )	A	159 - 185
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 186 through 204 )	A	186 - 204
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 205 through 246 )	A	205 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)