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万見
- PDB-4ywr: Structure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase from Acine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ywr
タイトルStructure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase from Acinetobacter baumannii in non-covalent complex with pyridoxal phosphate
要素Putative hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase
キーワードTRANSFERASE / putative phosphomethylpyrimidine kinase / pyridoxal phoshpate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylpyrimidine kinase / phosphomethylpyrimidine kinase activity / hydroxymethylpyrimidine kinase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase domain / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / : / Hydroxylmethylpyrimidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Characterization of an Acinetobacter baumannii Monofunctional Phosphomethylpyrimidine Kinase That Is Inhibited by Pyridoxal Phosphate.
著者: De Vitto, H. / Belfon, K.K.J. / Sharma, N. / Toay, S. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lukacs, C.M. / Choi, R. / Udell, H.S. / Willis, S. / Barrera, G. / Beyer, O. / Li, T.D. / Hicks, K.A. / ...著者: De Vitto, H. / Belfon, K.K.J. / Sharma, N. / Toay, S. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lukacs, C.M. / Choi, R. / Udell, H.S. / Willis, S. / Barrera, G. / Beyer, O. / Li, T.D. / Hicks, K.A. / Torelli, A.T. / French, J.B.
履歴
登録2015年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9782
ポリマ－27,7311
非ポリマー2471
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.820, 108.100, 88.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-496-

HOH

21A-624-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase


分子量: 27730.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-255 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AB5075 / 遺伝子: A591_A3049 / プラスミド: AcbaC.00867.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A2TKW6, UniProt: A0A140UHE5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Microlytics MGSC1 screen, c8: 25% PEG 4000, 200mM ammonium citrate, 100mM Na citrate/HCl, pH 5.6; AcbaC.00867.a.B1.PW37632 at 22 mg/ml; crystal soaked for 2h in reservoir solution with 5mM ...詳細: Microlytics MGSC1 screen, c8: 25% PEG 4000, 200mM ammonium citrate, 100mM Na citrate/HCl, pH 5.6; AcbaC.00867.a.B1.PW37632 at 22 mg/ml; crystal soaked for 2h in reservoir solution with 5mM Pyridoxal phosphate, tray 261062, puck hml12-2; cryo: 20% EG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月12日
放射モノクロメーター: Rigaku Varimaz / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 37353 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 14.07 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 45 / Num. measured all: 595561
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.640.4872.235260278521940.7360.60278.8
1.64-1.690.4443.5411306271626600.8690.50597.9
1.69-1.740.3975.2118066263126290.9330.42999.9
1.74-1.790.3537.6227606254925480.970.371100
1.79-1.850.2879.4528802250325010.9840.30199.9
1.85-1.910.21712.8428905241223900.9910.22799.1
1.91-1.980.15617.7129675233123290.9950.16399.9
1.98-2.070.12422.6529764223122310.9970.129100
2.07-2.160.09133.1232675215021500.9990.094100
2.16-2.260.07946.437359208720580.9990.08198.6
2.26-2.390.06553.1537849195319300.9990.06798.8
2.39-2.530.05562.07389621855185510.056100
2.53-2.70.05170.44407521766176510.05299.9
2.7-2.920.04586.05457101644164410.045100
2.92-3.20.037102.61436311508150810.037100
3.2-3.580.03120.13396171373137310.03100
3.58-4.130.027140.48349571234123210.02799.8
4.13-5.060.023153.01293821042104010.02399.8
5.06-7.160.026133.952310782782710.027100
7.160.02152.371217649148910.0299.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1980精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4yl5

4yl5


解像度: 1.65→46.181 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1761 1802 5.25 %Random selection
Rwork0.1569 32552 --
obs0.1579 34354 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.35 Å2 / Biso mean: 21.1937 Å2 / Biso min: 6.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→46.181 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1631 0 32 240 1903
Biso mean--17.6 32.4 -
残基数----228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8382414
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.621061
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.69460.22611360.1952445258199
1.6946-1.74450.20851420.178225062648100
1.7445-1.80080.21771510.172924492600100
1.8008-1.86520.22051290.185225052634100
1.8652-1.93990.20841540.19212433258799
1.9399-2.02810.21981490.163424772626100
2.0281-2.13510.17431530.153924762629100
2.1351-2.26880.18811330.16222475260899
2.2688-2.4440.15671280.1492494262299
2.444-2.68990.16291290.152725312660100
2.6899-3.07910.19591280.162925432671100
3.0791-3.8790.15111330.141825572690100
3.879-46.19920.14091370.14126612798100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.71010.81472.70111.46261.20442.98460.00980.13570.1484-0.10390.0907-0.0193-0.17390.0588-0.13010.1130.00490.01960.06570.00440.0692.081835.317327.6579
25.20316.60883.38128.45993.97683.894-0.15790.0160.3183-0.32680.01990.1233-0.3894-0.03260.11730.14890.00030.01560.08290.00030.09591.119441.514627.3794
34.7431.509-0.03382.2750.18842.16340.01140.0148-0.0156-0.02820.02560.0336-0.0354-0.0861-0.04180.0764-0.0023-0.00320.0654-0.00160.0372-2.035829.647625.955
46.15890.6195-0.48551.77150.0272.49540.1-0.1152-0.32010.0274-0.0590.04830.1824-0.0798-0.01420.1192-0.0032-0.02290.0612-0.00190.0601-0.317323.801327.6478
53.43141.04670.22571.59470.49682.03480.0399-0.08870.00740.05880.01780.00380.11560.04-0.04560.08920.0015-0.0110.07820.0090.06625.237929.45536.4014
63.0040.5413-1.26172.1002-0.26222.41690.0199-0.0642-0.0130.03720.01360.07740.1196-0.0435-0.03050.0948-0.0251-0.01150.08470.00410.0542-2.614530.292346.8402
74.2825-1.75352.07466.4869-2.90126.880.03-0.3140.37750.31560.1120.4234-0.3892-0.3327-0.0970.1508-0.0420.03240.1215-0.03570.1751-4.501439.449251.0071
83.1282-1.0660.94176.51630.91654.66960.0586-0.53350.74570.1991-0.12560.4475-0.3105-0.47590.20510.1904-0.02420.04380.1499-0.03460.2778-2.403246.987348.7549
92.4123-0.8638-0.62515.44731.10154.85830.0053-0.03910.2979-0.065-0.03820.3167-0.2307-0.23550.01420.1633-0.02650.02310.0815-0.04190.15062.301348.370437.5421
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 25 )A10 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 39 )A26 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 52 )A40 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 53 through 74 )A53 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 125 )A75 - 125
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 126 through 158 )A126 - 158
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 159 through 185 )A159 - 185
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 186 through 204 )A186 - 204
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 205 through 246 )A205 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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