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万見
- PDB-4ywm: Pyrococcus furiosus MCM N-terminal domain beta-turn triple mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ywm
タイトルPyrococcus furiosus MCM N-terminal domain beta-turn triple mutant pentameric ring
要素Cell division control protein 21
キーワードCELL CYCLE / MCM / helicase / replication / OB-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / MCM complex / intein-mediated protein splicing / double-strand break repair via break-induced replication / DNA unwinding involved in DNA replication / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / DNA helicase / cell division / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal ...mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Froelich, C.A. / Enemark, E.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098771 米国
St. Jude Children's Research Hospital (ALSAC) 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: MCM ring hexamerization is a prerequisite for DNA-binding.
著者: Froelich, C.A. / Nourse, A. / Enemark, E.J.
履歴
登録2015年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 21
B: Cell division control protein 21
C: Cell division control protein 21
D: Cell division control protein 21
E: Cell division control protein 21
F: Cell division control protein 21
G: Cell division control protein 21
H: Cell division control protein 21
I: Cell division control protein 21
J: Cell division control protein 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,40728
ポリマ－291,98410
非ポリマー1,42318
水00
1
A: Cell division control protein 21
B: Cell division control protein 21
C: Cell division control protein 21
D: Cell division control protein 21
E: Cell division control protein 21
F: Cell division control protein 21
G: Cell division control protein 21
H: Cell division control protein 21
I: Cell division control protein 21
J: Cell division control protein 21
ヘテロ分子

A: Cell division control protein 21
B: Cell division control protein 21
C: Cell division control protein 21
D: Cell division control protein 21
E: Cell division control protein 21
F: Cell division control protein 21
G: Cell division control protein 21
H: Cell division control protein 21
I: Cell division control protein 21
J: Cell division control protein 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)586,81356
ポリマ－583,96820
非ポリマー2,84536
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area49530 Å2
ΔGint-369.9 kcal/mol
Surface area233690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.709, 210.709, 209.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
12F
22G
32H
42I
52J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 253 / Label seq-ID: 2 - 254

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
31CC
41DD
51EE
12FF
22GG
32HH
42II
52JJ

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.305243, -0.952138, 0.01612), (0.952274, 0.305188, -0.005839), (0.00064, 0.017133, 0.999853)-59.23452, -135.68381, 2.05504
3given(-0.805957, -0.591756, 0.016064), (0.591954, -0.805856, 0.013658), (0.004863, 0.020517, 0.999778)49.76168, -232.68259, 1.9675
4given(-0.807211, 0.590162, 0.010969), (-0.590206, -0.807252, -0.001108), (0.0082, -0.007369, 0.999939)177.67867, -159.48032, -1.07562
5given(0.30113, 0.95349, 0.013328), (-0.953541, 0.300956, 0.013592), (0.008949, -0.016802, 0.999819)148.14366, -15.7488, -2.10703
6given(1), (1), (1)
7given(0.33419, -0.942382, 0.015276), (0.942428, 0.334327, 0.007381), (-0.012063, 0.01193, 0.999856)-58.46892, -131.57449, 1.74047
8given(-0.806892, -0.590694, -0.002633), (0.590615, -0.806844, 0.013333), (-0.01, 0.009203, 0.999908)49.42288, -232.73938, 1.35659
9given(-0.823289, 0.567452, 0.013889), (-0.567386, -0.823406, 0.008723), (0.016386, -0.000699, 0.999866)177.62164, -162.51154, -1.18446
10given(0.290956, 0.95662, -0.01492), (-0.956573, 0.291159, 0.013952), (0.017691, 0.010213, 0.999791)149.20464, -16.57924, 0.02471
詳細The biological assembly for the wild-type protein is a hexamer. The beta turn triple mutant is a pentamer in solution by analytical ultracentrifugation. A pentameric ring flanked by 5 peripheral monomers is observed in the crystal structure.

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要素

#1: タンパク質
Cell division control protein 21


分子量: 29198.395 Da / 分子数: 10 / 変異: K233A, R234A, K236A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0482 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8U3I4
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.27 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 1.75 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 88667 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4POF

4pof


解像度: 3.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 19.31 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.757 / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26962 4328 5 %RANDOM
Rwork0.23743 ---
obs0.23902 82414 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20255 0 50 0 20305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01920677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0220135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.97327953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8643.00246395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.00152535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39524.7521010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.214153780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.27615150
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.23193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02123095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.373 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 636 -
Rwork0.338 12037 -
obs-12037 99.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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