PDB-4pof: PfMCM N-terminal domain without DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pof

タイトル

PfMCM N-terminal domain without DNA

要素

Cell division control protein 21

キーワード

REPLICATION / DNA BINDING PROTEIN / OB-fold / DNA replication

機能・相同性

機能・相同性情報

intein-mediated protein splicing / MCM complex / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.648 Å

データ登録者

Froelich, C.A. / Kang, S. / Epling, L.B. / Bell, S.P. / Enemark, E.J.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: A conserved MCM single-stranded DNA binding element is essential for replication initiation.
著者: Froelich, C.A. / Kang, S. / Epling, L.B. / Bell, S.P. / Enemark, E.J.

履歴

登録	2014年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pof.cif.gz	618 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pof.ent.gz	516.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4pof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4pof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pogC 1ltlS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iy0-d 4pog-1 4pog-2 2vl6-1 6sko-d 6uge-d 20763 5wc0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (12) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (12) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Cell division control protein 21

B: Cell division control protein 21

C: Cell division control protein 21

D: Cell division control protein 21

E: Cell division control protein 21

F: Cell division control protein 21

ヘテロ分子

177 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.849, 103.064, 122.435
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 0 - 254 / Label seq-ID: 1 - 255

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Cell division control protein 21 / MCM 分子量: 29400.711 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 2-256) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: Cdc21, PF0482 / プラスミド: pRSFduet pLE009.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: Q8U3I4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#1: タンパク質

Cell division control protein 21 / MCM

分子量: 29400.711 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 2-256) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: Cdc21, PF0482 / プラスミド: pRSFduet pLE009.3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: Q8U3I4

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M sodium malonate, pH 7.0, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.648→50 Å / Num. all: 77156 / Num. obs: 76233 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.648→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique all: 7565 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LTL

1ltl

解像度: 2.648→47.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 45.498 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.509 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26992	3839	5 %	RANDOM
R_work	0.25924	-	-	-
obs	0.25978	72376	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.963 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.82 Å²	0 Å²	-3.38 Å²
2-	-	11.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.648→47.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12252	0	6	0	12258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	12492
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.974	16866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.525	5	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.003	24.608	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.999	15	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.267	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.203	1.5	7638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.383	2	12492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.678	3	4854
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.218	4.5	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2043 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	tight positional	0.03	0.05
B	tight positional	0.03	0.05
C	tight positional	0.03	0.05
D	tight positional	0.02	0.05
E	tight positional	0.03	0.05
F	tight positional	0.03	0.05
A	tight thermal	0.05	0.5
B	tight thermal	0.04	0.5
C	tight thermal	0.04	0.5
D	tight thermal	0.04	0.5
E	tight thermal	0.05	0.5
F	tight thermal	0.06	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.648→2.717 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.502	285	-
R_work	0.484	5183	-
obs	-	-	95.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3902	0.344	1.4888	1.0269	0.0172	3.5669	0.012	-0.418	0.2178	-0.0758	-0.0359	0.0052	-0.0246	0.1482	0.0239	0.2302	0.0398	0.0349	0.3468	-0.0431	0.2924	10.8907	1.8345	28.8974
2	6.1654	-1.4085	0.5632	2.6837	-0.0756	0.3224	-0.0084	0.0022	-0.4446	-0.0359	0.0441	0.1605	0.1054	-0.2348	-0.0357	0.2948	-0.0153	0.0591	0.1479	-0.0022	0.2789	-2.6991	-10.6181	12.4113
3	3.4201	0.8121	1.2839	7.9626	-2.7078	1.8481	-0.2485	0.0206	1.1493	-0.1425	0.0193	-0.0246	-0.1599	-0.3529	0.2291	0.266	0.1302	0.0531	0.3101	0.0987	0.6691	10.8693	11.7133	0.8413
4	0.6149	0.0859	-0.8029	1.4241	-0.2462	4.8105	-0.0492	-0.2539	0.0212	-0.0564	0.004	-0.0067	0.0054	-0.7052	0.0452	0.1984	0.0223	0.0017	0.5906	0.0001	0.2441	-39.0825	1.2652	20.8171
5	2.4565	0.3305	2.021	1.5973	-1.0553	3.2378	-0.0111	0.2553	-0.352	-0.188	0.0863	-0.0654	0.5457	0.1007	-0.0752	0.3539	-0.0213	0.0522	0.281	-0.0641	0.3237	-31.4042	-11.1689	0.8667
6	1.4932	4.5898	0.8861	13.181	1.4418	2.5031	-0.3957	0.0822	-0.1504	-0.4627	0.0767	-0.4073	-0.655	-0.4289	0.319	0.3704	0.151	-0.0615	0.2057	-0.11	0.2751	-14.8925	11.3943	6.7733
7	5.1856	-0.0502	-1.1735	0.5458	0.3954	1.6463	0.0316	0.5997	0.0355	0.0119	0.0548	-0.1328	-0.2031	-0.6742	-0.0864	0.3018	-0.0034	0.0233	0.3964	-0.0006	0.2362	-56.9087	1.479	-26.3187
8	3.3534	1.1104	-3.6056	1.2098	-0.6867	4.9121	-0.1364	-0.1552	-0.3412	-0.03	0.0105	-0.133	0.4198	0.6841	0.1259	0.3468	0.0583	-0.0082	0.3327	-0.0766	0.3487	-35.9646	-11.2091	-29.7881
9	0.5711	2.5086	-0.3207	9.2576	2.7898	7.2028	0.1446	0.061	-0.1397	0.1408	0.1415	-0.1389	-0.9897	1.2838	-0.2861	0.3299	-0.2884	0.0194	0.7314	-0.0386	0.1533	-32.5677	10.975	-12.0995
10	3.0642	-0.2006	1.3069	0.6906	-0.1563	2.688	0.061	0.3851	0.1971	0.0773	-0.0809	0.0079	-0.0253	0.117	0.0199	0.2372	-0.0153	0.02	0.4117	-0.0031	0.2665	-25.1451	1.5609	-65.275
11	4.9664	0.413	0.2532	1.6667	0.5512	1.6629	-0.007	-0.137	-0.4423	0.1424	0.0817	-0.1635	0.1988	0.0379	-0.0747	0.2617	0.0094	0.0095	0.4805	0.0066	0.2895	-11.6029	-11.1352	-48.9361
12	5.2958	0.2407	-2.1766	10.4635	1.7329	2.2415	0.6845	-0.6012	1.4071	0.6407	-0.2026	0.4359	-0.5262	0.7035	-0.482	0.4254	-0.1401	0.212	0.4707	-0.0819	0.6013	-25.1121	11.092	-37.099
13	1.197	-0.1899	-0.1218	1.3391	-0.0901	4.5836	-0.0474	0.121	0.0062	0.0865	-0.0173	0.0161	-0.0906	0.1627	0.0647	0.1995	0.0084	0.0074	0.6857	0.0065	0.2183	24.6874	1.3196	-57.3149
14	1.806	0.1804	1.8517	1.2425	0.4211	5.0094	-0.0289	0.2445	-0.2027	0.1274	0.0337	0.0804	0.4321	-0.0742	-0.0048	0.2511	0.0256	0.0312	0.5734	0.0157	0.2562	17.284	-11.1193	-37.2639
15	5.4747	-0.056	2.922	7.9547	0.1602	2.2795	-0.6189	-0.5199	1.2485	-0.0933	0.0104	0.6139	-0.5866	-0.0937	0.6085	0.3158	0.0326	-0.1102	0.6306	-0.0849	0.555	0.3645	11.1147	-43.2641
16	4.1128	0.0335	-1.2177	0.7139	-0.8705	3.1218	0.0281	0.1886	0.0538	0.035	0.0219	0.0504	-0.1991	0.2077	-0.05	0.2323	-0.0147	0.0252	0.3749	0.0077	0.2377	42.6927	1.6714	-10.1915
17	1.4827	-0.5228	-1.2067	0.8608	0.2307	5.1256	-0.0193	0.3599	-0.0982	0.0344	0.0343	0.1053	0.2894	-0.1848	-0.0151	0.2974	-0.0073	0.0013	0.0974	-0.0086	0.3329	21.5313	-10.6168	-6.6033
18	2.4262	-1.5572	-0.2082	6.8395	-2.2801	5.0778	0.1165	-0.1578	0.2455	-0.1348	0.1023	0.0066	-1.1334	-0.8008	-0.2188	0.5454	0.0996	0.0384	0.2641	-0.0295	0.2322	18.5381	11.4027	-24.5681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	101 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	183 - 254
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	128 - 182
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	301
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	0 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	101 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	183 - 254
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	128 - 182
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	301
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	0 - 100
12	X-RAY DIFFRACTION	8	C	101 - 127
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	183 - 254
14	X-RAY DIFFRACTION	9	C	128 - 182
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	301
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	0 - 100
17	X-RAY DIFFRACTION	11	D	101 - 127
18	X-RAY DIFFRACTION	11	D	183 - 254
19	X-RAY DIFFRACTION	12	D	128 - 182
20	X-RAY DIFFRACTION	12	D	301
21	X-RAY DIFFRACTION	13	E	0 - 100
22	X-RAY DIFFRACTION	14	E	101 - 127
23	X-RAY DIFFRACTION	14	E	183 - 254
24	X-RAY DIFFRACTION	15	E	128 - 182
25	X-RAY DIFFRACTION	15	E	301
26	X-RAY DIFFRACTION	16	F	0 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	17	F	101 - 127
28	X-RAY DIFFRACTION	17	F	183 - 254
29	X-RAY DIFFRACTION	18	F	128 - 182
30	X-RAY DIFFRACTION	18	F	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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