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- PDB-4yvz: Structure of Thermotoga maritima DisA in complex with 3'-dATP/Mn2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yvz
タイトルStructure of Thermotoga maritima DisA in complex with 3'-dATP/Mn2+
要素DNA integrity scanning protein DisA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / c-di-AMP synthesis / DAC domain / Inhibitor / pre-reaction state / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / adenylate cyclase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA integrity scanning linker region / DNA integrity scanning, DisA, linker region / DNA integrity scanning protein, DisA / DisA, linker domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller linker region / YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix motif / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal ...DNA integrity scanning linker region / DNA integrity scanning, DisA, linker region / DNA integrity scanning protein, DisA / DisA, linker domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller linker region / YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix motif / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / Helix-hairpin-helix motif / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. / RuvA domain 2-like / Ferritin / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA integrity scanning protein DisA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.495 Å
データ登録者Mueller, M. / Deimling, T. / Hopfner, K.-P. / Witte, G.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation3717/2-1 ドイツ
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of the diadenylate cyclase reaction of DNA-integrity scanning protein A (DisA) and its inhibition by 3'-dATP.
著者: Muller, M. / Deimling, T. / Hopfner, K.P. / Witte, G.
履歴
登録2015年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA integrity scanning protein DisA
B: DNA integrity scanning protein DisA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7308
ポリマ－85,5282
非ポリマー1,2026
水2,000111
1
A: DNA integrity scanning protein DisA
B: DNA integrity scanning protein DisA
ヘテロ分子

A: DNA integrity scanning protein DisA
B: DNA integrity scanning protein DisA
ヘテロ分子

A: DNA integrity scanning protein DisA
B: DNA integrity scanning protein DisA
ヘテロ分子

A: DNA integrity scanning protein DisA
B: DNA integrity scanning protein DisA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,92032
ポリマ－342,1128
非ポリマー4,80824
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area37280 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area111110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.490, 107.490, 168.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 DNA integrity scanning protein DisA / Cyclic di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase


分子量: 42763.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: disA, TM_0200 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9WY43, diadenylate cyclase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-3AT / 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CORDYCEPIN TRIPHOSPHATE / 3′-dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% (v/v) MPD, 200 mM ammoniumacetate, 100 mM Tris-HCl
PH範囲: 8.0-8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.23953 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.495→168.8 Å / Num. obs: 65492 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.495→2.56 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.052 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3c1z

3c1z


解像度: 2.495→168.79 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 3255 4.97 %
Rwork0.1642 --
obs0.167 65492 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.495→168.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5594 0 64 111 5769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1037769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9812199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004978
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4953-2.53260.33391270.2882464X-RAY DIFFRACTION91
2.5326-2.57220.30861400.24682710X-RAY DIFFRACTION100
2.5722-2.61430.29531430.2422702X-RAY DIFFRACTION100
2.6143-2.65940.29161390.22852718X-RAY DIFFRACTION100
2.6594-2.70780.29521430.23052722X-RAY DIFFRACTION100
2.7078-2.75990.30911430.22192726X-RAY DIFFRACTION100
2.7599-2.81620.30081360.2212713X-RAY DIFFRACTION100
2.8162-2.87750.31021380.20592718X-RAY DIFFRACTION100
2.8775-2.94440.28691440.20372701X-RAY DIFFRACTION100
2.9444-3.0180.26071470.19282710X-RAY DIFFRACTION100
3.018-3.09960.31051400.20542726X-RAY DIFFRACTION100
3.0996-3.19090.26891440.19112721X-RAY DIFFRACTION100
3.1909-3.29390.2261430.18312725X-RAY DIFFRACTION100
3.2939-3.41160.25461450.17452691X-RAY DIFFRACTION100
3.4116-3.54820.23121410.15722748X-RAY DIFFRACTION100
3.5482-3.70970.20271440.14992717X-RAY DIFFRACTION100
3.7097-3.90530.20271480.13992695X-RAY DIFFRACTION100
3.9053-4.150.15891430.1322719X-RAY DIFFRACTION100
4.15-4.47040.14661410.12092739X-RAY DIFFRACTION100
4.4704-4.92030.15381430.12532701X-RAY DIFFRACTION100
4.9203-5.63240.22791430.15372713X-RAY DIFFRACTION100
5.6324-7.09620.21811400.17872717X-RAY DIFFRACTION100
7.0962-169.17740.16761400.12452741X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.1059 Å / Origin y: -36.6604 Å / Origin z: 43.8695 Å
111213212223313233
T0.4052 Å2-0.0764 Å2-0.0125 Å2-0.3924 Å20.0089 Å2--0.4765 Å2
L0.1055 °2-0.0167 °2-0.0412 °2-0.1074 °2-0.0761 °2--1.9188 °2
S-0.017 Å °-0.0226 Å °0.0412 Å °0.0125 Å °-0.0377 Å °-0.0331 Å °-0.23 Å °0.2335 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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