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- PDB-4yu6: Crystal structure of Bacillus anthracis immune inhibitor A2 pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yu6
タイトルCrystal structure of Bacillus anthracis immune inhibitor A2 peptidase zymogen
要素Immune inhibitor A, metalloprotease
キーワードHYDROLASE / metallopeptidase / metzincin
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M6, InhA / Peptidase M6-like, domain / Immune inhibitor A peptidase M6, catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETONITRILE / : / Immune inhibitor A, metalloprotease
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus var. anthracis
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Arolas, J.L. / Goulas, T. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Latency and Function of Immune Inhibitor A Metallopeptidase, a Modulator of the Bacillus anthracis Secretome.
著者: Arolas, J.L. / Goulas, T. / Pomerantsev, A.P. / Leppla, S.H. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2015年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immune inhibitor A, metalloprotease
B: Immune inhibitor A, metalloprotease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,05020
ポリマ－167,3112
非ポリマー73918
水3,027168
1
A: Immune inhibitor A, metalloprotease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,04711
ポリマ－83,6561
非ポリマー39210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Immune inhibitor A, metalloprotease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0029
ポリマ－83,6561
非ポリマー3478
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.980, 108.870, 100.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Immune inhibitor A, metalloprotease


分子量: 83655.539 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 50-799 / 変異: E331A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The conflicts are due to the uniprot annotation matching a different strain
由来: (組換発現) Bacillus cereus var. anthracis (strain CI) (バクテリア)
株: CI / 遺伝子: inhA2, BACI_c06810 / プラスミド: pHT43 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): WB800N
参照: UniProt: D8H130, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

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非ポリマー , 6種, 186分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル


分子量: 41.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane, 0.2 M potassium sodium tartrate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.7 Å / Num. obs: 51133 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 74.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.956 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9417 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.692 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.571 / SU Rfree Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.261
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 729 1.43 %RANDOM
Rwork0.1708 ---
obs0.1714 51130 99.75 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8401 Å20 Å213.7073 Å2
2--2.8941 Å20 Å2
3----5.7342 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.336 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11399 0 24 168 11591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111676HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1515782HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5320SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes341HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1684HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11676HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1443SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance65HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12413SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3566 44 1.18 %
Rwork0.2772 3681 -
all0.2782 3725 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5869-0.20480.3121.8209-0.28730.6844-0.01660.17510.0384-0.1755-0.0489-0.060.01710.1820.0655-0.1125-0.0110.0199-0.0158-0.0198-0.06965.5521259.61130.8372
22.91931.04260.3813.6440.87480.9028-0.043-0.00160.10260.1039-0.150.1922-0.0445-0.13150.193-0.07280.0085-0.0045-0.0142-0.0631-0.0717-28.4772243.86625.0636
31.1012-0.1943-0.07751.9606-0.24090.6968-0.01970.21220.1364-0.2452-0.1262-0.0133-0.03590.10330.14590.21440.009-0.09560.28090.01840.17940.5755257.93825.3411
40.7944-0.57230.28262.7256-0.4560.93780.1132-0.1051-0.0533-0.0363-0.0610.05540.09550.0079-0.0522-0.1299-0.01090.0209-0.0623-0.0311-0.060758.3124259.69114.7327
51.8298-0.6440.2032.70650.39012.1777-0.0745-0.1906-0.1430.40750.03630.0588-0.03390.03350.0382-0.03150.05940.0179-0.03740.0131-0.075966.147240.408-22.5046
62.5415-0.7277-1.72783.8721-0.1750.7445-0.0398-0.02580.1096-0.02590.0063-0.1812-0.05280.11940.03350.042-0.0955-0.03130.0769-0.00630.309581.4274263.26520.0509
72.8814-1.8467-0.38721.1847-0.21092.62450.01180.01030.0328-0.0066-0.00630.0028-0.04780.0268-0.00550.27170.0422-0.02080.2227-0.0040.169935.0872283.1963.6926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|146 - 482 A|642 - 799 A|901 - 904}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|483 - 641}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|50 - 145}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|146 - 482 B|642 - 799 B|901 - 902}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|483 - 641}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|50 - 88}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|133 - 145}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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