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- PDB-4yu2: Crystal structure of DYRK1A with harmine-derivatized AnnH-75 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yu2
タイトルCrystal structure of DYRK1A with harmine-derivatized AnnH-75 inhibitor
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
キーワードTRANSFERASE / DYRK1A / down syndrome / inhibitor / harmine / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of microtubule polymerization ...regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of microtubule polymerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / tubulin binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of RNA splicing / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / circadian rhythm / tau protein binding / nervous system development / actin binding / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4H5 / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Wurzlbauer, A. / Nowak, R. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bracher, F. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: How to Separate Kinase Inhibition from Undesired Monoamine Oxidase A Inhibition-The Development of the DYRK1A Inhibitor AnnH75 from the Alkaloid Harmine.
著者: Wurzlbauer, A. / Ruben, K. / Gurdal, E. / Chaikuad, A. / Knapp, S. / Sippl, W. / Becker, W. / Bracher, F.
履歴
登録2015年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,38015
ポリマ－168,3264
非ポリマー2,05411
水5,513306
1
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5473
ポリマ－42,0821
非ポリマー4662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8366
ポリマ－42,0821
非ポリマー7545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6444
ポリマ－42,0821
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3532
ポリマ－42,0821
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)265.567, 65.444, 138.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-612-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSAA134 - 48010 - 356
21LYSLYSBB134 - 48010 - 356
12VALVALAA135 - 48011 - 356
22VALVALCC135 - 48011 - 356
13VALVALAA135 - 48011 - 356
23VALVALDD135 - 48011 - 356
14VALVALBB135 - 48011 - 356
24VALVALCC135 - 48011 - 356
15VALVALBB135 - 48011 - 356
25VALVALDD135 - 48011 - 356
16VALVALCC135 - 48111 - 357
26VALVALDD135 - 48111 - 357

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB


分子量: 42081.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 127-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: kinase domain 127-485 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 詳細 (発現宿主): pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-4H5 / (1-chloro-7-methoxy-9H-beta-carbolin-9-yl)acetonitrile


分子量: 271.702 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10ClN3O
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 31% PEG 400, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.34 Å / Num. obs: 48349 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 58.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WO6

2wo6


解像度: 2.9→48.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 47.572 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27715 2443 5.1 %RANDOM
Rwork0.24302 ---
obs0.24478 45905 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.108 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å2-0 Å2-2.92 Å2
2---2.02 Å20 Å2
3---3.12 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.515 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→48.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11253 0 135 306 11694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01911735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0211117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.98615871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.825325541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70851399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76823.768552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.426152039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9911576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9843.1815576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9843.1825577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4014.7666961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.44.7676962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4533.3766159
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3993.3586143
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6584.998881
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.57527.31413723
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.57427.31913724
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A221010.05
12B221010.05
21A221870.05
22C221870.05
31A221150.05
32D221150.05
41B220410.04
42C220410.04
51B220440.04
52D220440.04
61C219880.05
62D219880.05
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 197 -
Rwork0.393 3358 -
obs--99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.01320.57421.76671.49910.21611.50920.2455-0.2724-0.2672-0.0262-0.15310.15150.1983-0.3516-0.09240.2929-0.12140.14880.59540.03840.1735-41.2569-43.64722.0025
25.6909-1.10050.86015.40570.74063.50940.1308-0.1591-0.48070.14480.03-0.6068-0.00590.2581-0.16070.4511-0.13770.10280.4722-0.08640.187711.8262-16.469131.8933
32.75110.69481.32841.65350.85393.4960.1997-0.1965-0.01920.3123-0.18930.06360.0004-0.2649-0.01050.2055-0.04290.08930.22030.00090.0491-5.9335-27.770715.4181
41.7315-0.3068-1.00661.79160.71373.4025-0.0444-0.2230.117-0.27950.06920.1021-0.4671-0.2056-0.02480.5846-0.03890.10810.5946-0.08630.0578-4.8271-56.922656.5865
51.40990.03550.11561.72470.69563.8811-0.08910.14750.19110.0969-0.01030.1987-0.75530.04980.09940.4664-0.08310.04780.62110.21940.2339-66.381-51.422133.1828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B134 - 481
2X-RAY DIFFRACTION2A134 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3A220 - 482
4X-RAY DIFFRACTION4C135 - 481
5X-RAY DIFFRACTION5D135 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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