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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ytu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of D-tagatose 3-epimerase C66S from Pseudomonas cichorii in complex with L-erythrulose | ||||||
要素 | D-tagatose 3-epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Epimerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas cichorii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2016 タイトル: X-ray structures of the Pseudomonas cichorii D-tagatose 3-epimerase mutant form C66S recognizing deoxy sugars as substrates 著者: Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Crystal structures of D-tagatose 3-epimerase from Pseudomonas cichorii and its complexes with D-tagatose and D-fructose. 著者: Yoshida, H. / Yamada, M. / Nishitani, T. / Takada, G. / Izumori, K. / Kamitori, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ytu.cif.gz | 252.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ytu.ent.gz | 201.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ytu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ytu_validation.pdf.gz | 476 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ytu_full_validation.pdf.gz | 493.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ytu_validation.xml.gz | 50.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ytu_validation.cif.gz | 72.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/4ytu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/4ytu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33858.613 Da / 分子数: 4 / 変異: C66S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas cichorii (バクテリア) プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: O50580, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換 #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 糖 | ChemComp-LER / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 6-9 % PEG4000, 0.1 M Sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年2月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→20.86 Å / Num. obs: 59055 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.93 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 174269 / Scaling rejects: 1308 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2QUL 解像度: 2.2→20.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2854582 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.6959 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.21 Å2 / Biso mean: 32.3 Å2 / Biso min: 2.05 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→20.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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