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万見
- PDB-4yts: Crystal structure of D-tagatose 3-epimerase C66S from Pseudomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yts
タイトルCrystal structure of D-tagatose 3-epimerase C66S from Pseudomonas cichorii in complex with 1-deoxy 3-keto D-galactitol
要素D-tagatose 3-epimerase
キーワードISOMERASE / Epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-tagatose 3-epimerase / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1-deoxy-alpha-D-xylo-hex-3-ulofuranose / 1-deoxy-D-xylo-hex-3-ulose / D-tagatose 3-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas cichorii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science25440028 日本
引用
ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2016
タイトル: X-ray structures of the Pseudomonas cichorii D-tagatose 3-epimerase mutant form C66S recognizing deoxy sugars as substrates
著者: Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of D-tagatose 3-epimerase from Pseudomonas cichorii and its complexes with D-tagatose and D-fructose.
著者: Yoshida, H. / Yamada, M. / Nishitani, T. / Takada, G. / Izumori, K. / Kamitori, S.
履歴
登録2015年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / struct_conn ...chem_comp / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-tagatose 3-epimerase
B: D-tagatose 3-epimerase
C: D-tagatose 3-epimerase
D: D-tagatose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,62420
ポリマ－135,4344
非ポリマー2,19016
水9,188510
1
A: D-tagatose 3-epimerase
B: D-tagatose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,97611
ポリマ－67,7172
非ポリマー1,2599
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area21650 Å2
手法PISA
2
C: D-tagatose 3-epimerase
D: D-tagatose 3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6489
ポリマ－67,7172
非ポリマー9317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.503, 126.733, 99.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
D-tagatose 3-epimerase


分子量: 33858.613 Da / 分子数: 4 / 変異: C66S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas cichorii (バクテリア)
プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: O50580, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-TGS / 1-deoxy-D-xylo-hex-3-ulose / 1-deoxy 3-keto-D-galactitol / 1-デオキシ-3-ケト-D-ガラクチト-ル


分子量: 164.156 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
#4: 糖 ChemComp-TGR / 1-deoxy-alpha-D-xylo-hex-3-ulofuranose / 1-deoxy 3-keto D-galactitol(Furanose form) / 1-deoxy-alpha-D-xylo-hex-3-ulose / 1-deoxy-D-xylo-hex-3-ulose / 1-deoxy-xylo-hex-3-ulose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 6-9 % PEG4000, 0.1 M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 67876 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Χ2: 1.178 / Net I/av σ(I): 7.228 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 218327
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.14-2.183.20.3935021.33399.3
2.18-2.223.20.34734861.38899.4
2.22-2.263.20.33734631.35399
2.26-2.313.20.29934951.34999
2.31-2.363.20.2834281.3298.9
2.36-2.413.20.26635111.32898.9
2.41-2.473.20.24934301.31598.8
2.47-2.543.20.22934841.26798.7
2.54-2.613.20.21834591.24898.6
2.61-2.73.20.19534871.18798.9
2.7-2.793.20.17934371.22297.9
2.79-2.93.20.15734691.16598.4
2.9-3.043.30.14634211.16197.7
3.04-3.23.20.12334091.01996.6
3.2-3.43.20.11133411.01794.9
3.4-3.663.10.09532380.95991.8
3.66-4.033.10.08931050.95887.6
4.03-4.6130.0828210.99580
4.61-5.813.40.07834070.93395.5
5.81-503.40.11234830.96996.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QUL

2qul


解像度: 2.14→32.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 123632 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 6154 10.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.209 61071 87.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.1706 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.48 Å2 / Biso mean: 27.6 Å2 / Biso min: 8.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.89 Å20 Å2-7.14 Å2
2---5.21 Å20 Å2
3---10.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→32.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9246 0 136 510 9892
Biso mean--48.07 28.89 -
残基数----1173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.532.5
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 554 9.4 %
Rwork0.259 5317 -
all-5871 -
obs--83.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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