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- PDB-4ysh: Crystal structure of glycine oxidase from Geobacillus kaustophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ysh
タイトルCrystal structure of glycine oxidase from Geobacillus kaustophilus
要素Glycine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / glycine oxidase / substrate inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine oxidase / glycine oxidase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / amino acid metabolic process / FAD binding / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
Glycine oxidase ThiO / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / GLYCINE / ISOPROPYL ALCOHOL / Glycine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Shiono, T. / Nomura, T. / Arai, R.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPSKAKENHI 24780097 日本
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of glycine oxidase from Geobacillus kaustophilus
著者: Shiono, T. / Arai, R. / Nishiya, Y. / Nomura, T.
履歴
登録2015年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine oxidase
B: Glycine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,87411
ポリマ－79,7692
非ポリマー2,1059
水3,315184
1
A: Glycine oxidase
B: Glycine oxidase
ヘテロ分子

A: Glycine oxidase
B: Glycine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,74822
ポリマ－159,5384
非ポリマー4,21018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area14770 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area53290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.945, 87.945, 413.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-406-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycine oxidase


分子量: 39884.465 Da / 分子数: 2 / 変異: A139del / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア)
株: HTA426 / 遺伝子: GK0623 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5L2C2, glycine oxidase

-
非ポリマー , 6種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 0.1 M phosphate-citrate buffer, 7% 2-propanol, 0.4 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月1日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 48899 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 20.6 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 32.785 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 1006443
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.2822.20.41710.547740.9720.0890.4260.95899.7
2.28-2.3722.10.35248320.9820.0750.361.00299.8
2.37-2.48220.26548140.9880.0570.2721.03299.8
2.48-2.6121.90.22948670.990.0490.2351.02699.8
2.61-2.7721.60.16948800.9940.0360.1731.03799.9
2.77-2.9921.40.12448940.9960.0270.1280.98399.9
2.99-3.2920.90.09749240.9970.0220.11.02999.9
3.29-3.7619.90.07549850.9980.0170.0770.965100
3.76-4.74180.06649970.9970.0160.0680.96798.3
4.74-5015.90.06449320.9970.0160.0660.99390.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP10.2.35位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1RYI

1ryi


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / WRfactor Rfree: 0.2682 / WRfactor Rwork: 0.2314 / FOM work R set: 0.8341 / SU B: 13.612 / SU ML: 0.163 / SU R Cruickshank DPI: 0.2666 / SU Rfree: 0.2137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2661 2463 5.1 %RANDOM
Rwork0.2328 ---
obs0.2345 46153 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.76 Å2 / Biso mean: 44.542 Å2 / Biso min: 24.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20.33 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5510 0 136 184 5830
Biso mean--42.88 45.06 -
残基数----738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.9957915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8045746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.0522.356225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.22715889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.131549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4291.53666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80425826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.09932141
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8854.52084
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 182 5.2 %
Rwork0.271 3321 -
obs--98.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.72820.7273-0.29012.09130.57041.25810.0137-0.714-0.39640.266-0.12560.21420.1327-0.16440.11180.24530.05010.03490.47550.05850.2991-72.340612.722613.149
29.0896-1.88883.26124.0098-2.35822.8663-0.1152-0.29221.6267-0.1189-0.18260.0152-0.1092-0.15370.29770.15750.11030.0070.317-0.13590.4737-66.517428.31529.3723
30.966-0.72991.20474.4638-5.05267.950.0151-0.08050.1535-0.1771-0.02130.0718-0.341-0.3270.00620.36110.0976-0.02830.2795-0.00260.3346-57.875730.5968-2.6937
412.2496-6.6978-3.025610.29163.52895.7202-0.3403-0.28280.667-0.6217-0.0992-0.2187-0.8752-0.56360.43960.45910.1361-0.07780.1187-0.03570.2171-59.039241.5522-4.5562
51.7517-0.26180.09570.8367-0.27591.8846-0.04530.00670.1757-0.37250.1014-0.0854-0.1467-0.1688-0.05610.39830.05740.01730.3211-0.0240.3831-56.377625.90441.4097
67.78517.38070.15859.36250.77672.0647-0.3966-1.2481-2.59860.1128-0.09980.23710.0859-0.310.49630.01650.17130.33880.4050.61611.7255-80.41912.792212.0183
72.87160.504-0.73431.2234-0.22931.1209-0.11040.1626-0.0082-0.06520.03380.1764-0.0538-0.25360.07660.30050.07180.00560.3968-0.01930.2844-68.803116.4844-1.2493
82.17670.70260.13051.5441.05880.9870.05470.196-0.0845-0.1457-0.03620.0063-0.0984-0.2966-0.01860.32180.07060.02870.36740.02130.2986-56.969917.2739-9.8248
910.55372.2736-1.30411.7398-0.59712.01660.1755-0.0509-0.0839-0.1254-0.1735-0.095-0.1342-0.042-0.0020.3230.04870.01240.3244-0.0330.2824-52.460514.7361-7.7554
109.83672.1869-5.41674.1606-2.00417.1218-0.06570.50320.2844-0.06030.24970.37560.06-0.8297-0.1840.14650.09160.01610.50740.01160.3115-84.14619.06114.2397
116.54560.2819-0.99311.7706-1.12152.91690.0157-0.05380.76090.0159-0.11930.1734-0.314-0.49410.10360.17870.12580.00140.4042-0.11680.3981-78.998824.74258.1977
122.717-0.13760.49964.75841.24313.17430.06520.35230.1336-0.5140.0577-0.2923-0.33750.3569-0.12280.3562-0.04880.02310.3651-0.00510.2751-26.68918.55637.6845
130.80681.22741.32911.4534.04964.2458-0.31680.26540.3663-0.8912-0.09990.3029-0.83440.02920.41670.3634-0.06450.01270.41190.03870.3244-26.175623.90577.4493
140.9250.2345-0.28640.15390.13781.39660.06090.0187-0.1089-0.01410.0618-0.07830.0327-0.0145-0.12270.342-0.0331-0.00150.33-0.01290.334-33.50267.940521.9203
151.59910.0807-0.06921.1063-0.63782.06950.0257-0.0140.19180.0533-0.00620.0287-0.2657-0.1894-0.01950.3485-0.0042-0.00150.3391-0.01870.2926-43.613117.481821.2768
164.27761.22631.29571.16530.73032.2780.1101-0.2955-0.18950.1729-0.11090.0660.2135-0.39160.00080.3388-0.07440.0020.38940.01390.2432-44.30611.668240.6996
171.3058-0.1378-0.21580.80920.15842.0394-0.00390.1233-0.0454-0.11510.0101-0.07720.05270.0097-0.00630.3541-0.0204-0.02170.3439-0.02930.3433-34.454810.287513.6738
181.22760.22570.17430.8585-0.16324.1488-0.0060.2703-0.0743-0.33960.0477-0.2544-0.05620.3041-0.04170.3195-0.02670.07190.3968-0.07330.3197-20.83689.46043.971
192.44760.388-0.77590.62580.15781.3515-0.0311-0.101-0.13130.05590.0252-0.06980.1682-0.02380.00590.3098-0.022-0.03140.3425-0.00690.32-38.3077-0.318319.4434
203.17720.0681-0.54411.00220.25960.866-0.01960.0233-0.3026-0.04820.0078-0.10130.1464-0.07310.01180.3157-0.0453-0.01760.322-0.00980.3148-44.2686-5.264617.5239
213.54720.8899-0.27061.32750.62931.97270.0778-0.1231-0.12410.1212-0.06540.05730.0732-0.3662-0.01240.3048-0.05240.00230.3127-0.00650.2939-51.758-5.833419.726
223.56291.6133-0.78824.6029-1.11513.67760.0177-0.0081-0.24850.00270.0017-0.32270.0720.2568-0.01940.30390.0144-0.01630.3761-0.06440.3049-20.14656.837917.9403
232.49060.2514-0.38221.0099-0.27353.0657-0.0127-0.0137-0.1052-0.0040.0511-0.1748-0.07620.2181-0.03850.3308-0.0082-0.00110.3446-0.03880.3173-23.223913.580922.4263
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3A84 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4A108 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5A135 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6A167 - 197
7X-RAY DIFFRACTION7A198 - 251
8X-RAY DIFFRACTION8A252 - 293
9X-RAY DIFFRACTION9A294 - 308
10X-RAY DIFFRACTION10A309 - 332
11X-RAY DIFFRACTION11A333 - 371
12X-RAY DIFFRACTION12B2 - 25
13X-RAY DIFFRACTION13B26 - 32
14X-RAY DIFFRACTION14B33 - 69
15X-RAY DIFFRACTION15B70 - 97
16X-RAY DIFFRACTION16B98 - 136
17X-RAY DIFFRACTION17B137 - 189
18X-RAY DIFFRACTION18B190 - 213
19X-RAY DIFFRACTION19B214 - 249
20X-RAY DIFFRACTION20B250 - 286
21X-RAY DIFFRACTION21B287 - 307
22X-RAY DIFFRACTION22B308 - 334
23X-RAY DIFFRACTION23B335 - 369

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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