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万見
- PDB-4yrb: mouse TDH mutant R180K with NAD+ bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yrb
タイトルmouse TDH mutant R180K with NAD+ bound
要素L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-threonine 3-dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonine 3-dehydrogenase / L-threonine catabolic process to glycine / L-threonine 3-dehydrogenase activity / L-threonine catabolic process / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者He, C. / Li, F.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural insights on mouse l-threonine dehydrogenase: A regulatory role of Arg180 in catalysis
著者: He, C. / Huang, X. / Liu, Y. / Li, F. / Yang, Y. / Tao, H. / Han, C. / Zhao, C. / Xiao, Y. / Shi, Y.
履歴
登録2015年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
B: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
C: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
D: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
E: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
F: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,22212
ポリマ－220,2416
非ポリマー3,9816
水00
1
A: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
B: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7414
ポリマ－73,4142
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
2
C: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
D: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7414
ポリマ－73,4142
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
3
E: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
F: L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7414
ポリマ－73,4142
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.240, 154.050, 199.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質
L-threonine 3-dehydrogenase, mitochondrial


分子量: 36706.875 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 47-373 / 変異: R180K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tdh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K3F7, L-threonine 3-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris, 20%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→121.859 Å / Num. all: 35778 / Num. obs: 35778 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.153 / Rsym value: 0.134 / Net I/av σ(I): 4.794 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 144642
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.25-3.433.50.5661.31710249520.3250.5662.494.3
3.43-3.633.60.381.41724948160.2210.383.796.4
3.63-3.883.70.272.71721046220.1520.275.197.7
3.88-4.23.90.1893.21672443090.1040.1896.898.3
4.2-4.640.135.71570439690.070.138.997.4
4.6-5.144.40.0997.41555635390.050.09911.895.9
5.14-5.934.80.10671558232750.0530.10611.699.8
5.93-7.274.80.0937.91346828060.0470.09313.199.9
7.27-10.284.70.04712.31050022190.0240.04720.499.7
10.28-47.1194.40.04411554712710.0240.04422.697.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YR9

4yr9


解像度: 3.25→47.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / WRfactor Rfree: 0.2624 / WRfactor Rwork: 0.2111 / FOM work R set: 0.8138 / SU B: 23.843 / SU ML: 0.404 / SU Rfree: 0.5385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.539 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2851 1772 5 %RANDOM
Rwork0.2276 ---
obs0.2305 33952 96.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 176.23 Å2 / Biso mean: 76.453 Å2 / Biso min: 37.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10592 0 264 0 10856
Biso mean--94.05 --
残基数----1333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01911132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.061.98915143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.716324054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85251309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.19722.14486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.004151757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4091597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02112224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7247.6475308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7237.6465307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.63111.4476593
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 106 -
Rwork0.286 2351 -
all-2457 -
obs--92.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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