[日本語] English
万見
- PDB-4yr7: Structure of LuxP In Complex With 1-deoxy-alpha-L-xylulofuranose-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yr7
タイトルStructure of LuxP In Complex With 1-deoxy-alpha-L-xylulofuranose-1,2-borate
要素Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / QUORUM SENSING
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-deoxy-alpha-L-xylulofuranose-1,2-borate / Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.533 Å
データ登録者McDonough, M.A. / Sattin, S. / Davis, B.G.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/D023343/1, EP/D023327/1, EP/E000614/1 英国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of Glycomimetic Agonists from a Protocell Metabolism, Proto-natural Product Libraries
著者: Sattin, S. / McDonough, M.A. / Davis, B.G.
履歴
登録2015年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP
B: Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0364
ポリマ－78,6822
非ポリマー3542
水3,513195
1
A: Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5182
ポリマ－39,3411
非ポリマー1771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5182
ポリマ－39,3411
非ポリマー1771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.450, 85.230, 133.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP


分子量: 39341.055 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-365 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: luxP / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P54300
#2: 化合物 ChemComp-A1B / 1-deoxy-alpha-L-xylulofuranose-1,2-borate


分子量: 176.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10BO6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 12% polyethylene glycol, 100 mM sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月23日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→85.23 Å / Num. obs: 29003 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.53→2.6 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JX6

1jx6


解像度: 2.533→71.854 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 1473 5.09 %
Rwork0.1507 --
obs0.1534 28925 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.533→71.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5420 0 24 195 5639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.267618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0482048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078825
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5335-2.61530.37551290.28732447X-RAY DIFFRACTION100
2.6153-2.70870.3131560.22372433X-RAY DIFFRACTION100
2.7087-2.81720.27421310.19752451X-RAY DIFFRACTION100
2.8172-2.94540.24481420.18472465X-RAY DIFFRACTION100
2.9454-3.10070.27651240.18852472X-RAY DIFFRACTION100
3.1007-3.2950.25861250.192475X-RAY DIFFRACTION100
3.295-3.54940.22711390.16462488X-RAY DIFFRACTION100
3.5494-3.90660.20251370.14062488X-RAY DIFFRACTION100
3.9066-4.47180.16041190.12252518X-RAY DIFFRACTION100
4.4718-5.63360.16281500.11732534X-RAY DIFFRACTION100
5.6336-71.88250.17631210.14522681X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.15330.18393.02252.22495.1897.82150.0112-0.41930.01580.36611.0093-1.47350.1931.8035-1.06370.5009-0.0474-0.06620.77020.07860.59419.9021-26.434724.8928
23.60961.3292-0.9395.4713-0.07425.9087-0.0530.1021-0.2994-0.07190.10350.21260.1865-0.075-0.02730.2837-0.0092-0.0450.3561-0.01990.3383-9.3741-35.451216.4758
34.5367-1.2104-1.80475.62381.31163.0646-0.0518-0.5944-0.240.88230.01790.039-0.00530.2979-0.00020.466-0.0327-0.03530.5110.08490.3487-8.7374-26.409830.8788
40.9-0.0726-0.06546.4103-0.98991.09670.04480.1808-0.073-0.2441-0.087-0.2723-0.06650.25450.05040.31540.00720.01560.51610.0090.3271-2.0314-12.997810.9167
52.5433-0.0238.44942.37282.84662.4390.6948-0.1973-0.61420.2444-0.022-0.08590.576-0.1751-1.10750.6820.02340.05780.61640.02630.6278-29.0996-72.15318.9874
66.7341-0.0729-1.08354.0631-0.06995.4438-0.13830.25660.8879-0.0405-0.1828-0.7745-0.15510.30640.31850.3965-0.0152-0.11410.41070.08960.6372-19.2212-52.952916.5226
74.4942-0.14311.57864.8919-2.18235.0993-0.14220.74790.6165-0.4138-0.1088-0.3129-0.17060.48370.24550.46450.0061-0.00290.52360.12270.493-28.4659-51.85773.1038
85.8035-0.4446-1.36130.3492-0.05321.6107-0.1734-0.16470.16910.13590.0484-0.14960.0755-0.04180.13090.450.0297-0.07870.2549-0.00350.3994-41.0119-59.485121.2692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 112 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 113 through 173 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 174 through 364 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 26 through 53 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 54 through 112 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 113 through 164 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 165 through 365 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る