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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yr1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of E. Coli Alkaline Phosphatase D101A/D153A in complex with inorganic phosphate | ||||||
![]() | Alkaline phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on phosphorus or arsenic in donors / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / hydrogenase (acceptor) activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / magnesium ion binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Peck, A. / Herschlag, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Extensive site-directed mutagenesis reveals interconnected functional units in the Alkaline Phosphatase active site. 著者: Sunden, F. / Peck, A. / Salzman, J. / Ressl, S. / Herschlag, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 174.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46267.492 Da / 分子数: 2 / 変異: D101A D153A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: phoA, b0383, JW0374 / プラスミド: pMAL-p2X / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 3350, Bis-Tris, ammonium sulfate, glycerol (cryo-protectant) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月7日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.24→52.89 Å / Num. obs: 51846 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.438 / Rpim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 1117848 / Scaling rejects: 252 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.86 Å2 / Biso mean: 37.56 Å2 / Biso min: 19.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.24→52.89 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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