PDB-4yqy: Crystal Structure of a putative Dehydrogenase from Sulfitobacter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yqy

タイトル

Crystal Structure of a putative Dehydrogenase from Sulfitobacter sp. (COG1028) (TARGET EFI-513936) in its APO form

要素

Putative Dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Sulfitobacter sp. NAS-14.1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.381 Å

データ登録者

Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a putative Dehydrogenase from Sulfitobacter sp. (COG1028, TARGET EFI-513936) in its APO form
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. ...

履歴

登録	2015年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yqy.cif.gz	197 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yqy.ent.gz	156.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yqy_validation.pdf.gz	446 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yqy_full_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示
XML形式データ	4yqy_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	4yqy_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/4yqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/4yqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3edm-d 5oji-1 6lln-1 4i5f-2 4i5f-1 4lei-d 3o38-d 5npe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-513936

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative Dehydrogenase

B: Putative Dehydrogenase

ヘテロ分子

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative Dehydrogenase

B: Putative Dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Putative Dehydrogenase

B: Putative Dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.795, 84.795, 126.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-325- HOH
2	1	A-355- HOH
3	1	A-398- HOH
4	1	B-420- HOH
5	1	B-449- HOH

#1: タンパク質	Putative Dehydrogenase 分子量: 28849.854 Da / 分子数: 2 / 変異: G14R, R15G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfitobacter sp. NAS-14.1 (バクテリア) 株: NAS-14.1 / 遺伝子: NAS141_03711 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3T0C9
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.41 % / 解説: Bipyramid
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein, 10 mM NAD; Reservoir (0.2 M Magnesium chloride, 0.1M Tris:HCl, pH 8.50, 25%(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (100% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月24日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.38→100 Å / Num. obs: 94000 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 19.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.113 / Χ²: 0.969 / Net I/av σ(I): 28.068 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 1841271

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.38-1.4	18.6	0.932	4609	0.891	0.218	0.957	0.9	98.7
1.4-1.43	18.7	0.876	4572	0.904	0.205	0.9	0.908	98.7
1.43-1.46	18.8	0.705	4632	0.923	0.164	0.724	0.914	99
1.46-1.49	19	0.597	4645	0.947	0.138	0.613	0.92	99
1.49-1.52	19.1	0.538	4617	0.959	0.124	0.553	0.922	99
1.52-1.55	19.2	0.426	4624	0.974	0.098	0.437	0.932	99.3
1.55-1.59	19.3	0.349	4660	0.981	0.08	0.358	0.92	99.3
1.59-1.64	19.4	0.301	4653	0.986	0.069	0.309	0.909	99.3
1.64-1.68	19.6	0.279	4656	0.987	0.064	0.286	0.883	99.5
1.68-1.74	19.8	0.242	4680	0.99	0.055	0.248	0.889	99.6
1.74-1.8	20.1	0.201	4678	0.993	0.045	0.206	0.859	99.6
1.8-1.87	20.3	0.179	4709	0.995	0.04	0.184	0.875	99.7
1.87-1.96	20.4	0.152	4700	0.995	0.034	0.156	1.005	99.8
1.96-2.06	20.5	0.129	4722	0.996	0.029	0.132	1.016	99.9
2.06-2.19	20.5	0.125	4718	0.996	0.028	0.128	1.332	99.9
2.19-2.36	20.3	0.125	4770	0.997	0.028	0.128	1.572	100
2.36-2.6	20.5	0.1	4773	0.997	0.022	0.102	1.292	100
2.6-2.97	20.5	0.069	4813	0.998	0.015	0.071	0.831	100
2.97-3.75	19	0.057	4679	0.998	0.013	0.058	0.763	96
3.75-100	18.3	0.051	5090	0.998	0.012	0.052	0.646	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.381→24.411 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1862	4652	5 %
R_work	0.1732	88434	-
obs	0.1739	93086	98.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.53 Å² / B_iso mean: 20.0754 Å² / B_iso min: 7.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.381→24.411 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3464	0	1	482	3947
B_iso mean	-	-	54.07	28.79	-
残基数	-	-	-	-	484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3515
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.115	4750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	565
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	622
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.168	1250

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3811-1.3968	0.2277	147	0.2396	2750	2897	93
1.3968-1.4132	0.2404	143	0.2363	2846	2989	96
1.4132-1.4304	0.2622	151	0.2356	2842	2993	97
1.4304-1.4485	0.2221	155	0.2223	2919	3074	98
1.4485-1.4676	0.2047	153	0.1981	2914	3067	99
1.4676-1.4877	0.211	169	0.2097	2916	3085	99
1.4877-1.5089	0.2338	155	0.1998	2903	3058	99
1.5089-1.5314	0.1987	166	0.1894	2906	3072	99
1.5314-1.5554	0.1983	168	0.1752	2925	3093	99
1.5554-1.5809	0.1951	151	0.1704	2938	3089	99
1.5809-1.6081	0.2043	164	0.1697	2927	3091	100
1.6081-1.6374	0.187	148	0.1666	2969	3117	99
1.6374-1.6688	0.182	171	0.1722	2916	3087	99
1.6688-1.7029	0.178	152	0.1633	2959	3111	99
1.7029-1.7399	0.1619	169	0.1641	2969	3138	100
1.7399-1.7804	0.1846	157	0.1659	2934	3091	100
1.7804-1.8249	0.188	169	0.1681	2966	3135	100
1.8249-1.8742	0.206	144	0.1891	2922	3066	97
1.8742-1.9293	0.2161	144	0.2163	2886	3030	97
1.9293-1.9916	0.2405	152	0.1863	2926	3078	98
1.9916-2.0627	0.1894	139	0.1655	3021	3160	100
2.0627-2.1453	0.1887	140	0.1647	3011	3151	100
2.1453-2.2429	0.2068	140	0.1822	2906	3046	97
2.2429-2.361	0.2066	173	0.184	2911	3084	97
2.361-2.5088	0.1699	169	0.171	3002	3171	100
2.5088-2.7023	0.1731	170	0.1668	3010	3180	100
2.7023-2.9738	0.1786	153	0.1661	3059	3212	100
2.9738-3.4031	0.1628	142	0.1688	3108	3250	100
3.4031-4.2838	0.1615	141	0.1488	2900	3041	93
4.2838-24.4152	0.1678	157	0.1639	3273	3430	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9748	-0.2398	0.0221	4.0561	0.2497	1.3656	0.0494	0.0376	0.2768	-0.1119	-0.0707	-0.0057	-0.6396	0.0797	0.0478	0.2803	-0.0098	-0.0303	0.1732	-0.0357	0.2154	70.5205	59.8446	68.1797
2	0.9665	0.1812	0.0304	0.5381	-0.1492	0.2605	0.011	0.0052	-0.0322	-0.0266	0.0033	-0.0884	0.0234	0.0512	-0.0178	0.1053	0.0054	-0.0061	0.1116	-0.0045	0.1056	66.1032	38.6944	65.3065
3	2.1719	0.243	0.3692	1.7399	-0.5765	1.9417	-0.0023	0.3731	-0.024	-0.2562	-0.009	-0.0895	0.1266	0.1742	-0.0262	0.0897	0.0206	0.0123	0.1133	0.0005	0.0804	56.0485	47.284	57.6116
4	3.9073	0.4488	-2.1455	6.8507	-2.9768	6.1857	0.0253	-0.1801	-0.5227	-0.0451	0.1036	0.1782	0.7611	-0.0892	-0.1788	0.1808	-0.014	-0.0517	0.1673	0.0575	0.2118	11.8708	32.0817	62.9595
5	1.8021	-0.0655	0.1523	2.3252	0.1075	1.6287	0.0532	0.1057	-0.1911	-0.0998	-0.0186	0.0837	0.1111	-0.0472	-0.0396	0.1382	-0.0148	-0.0299	0.1588	0.0119	0.1582	9.0043	36.0973	55.1103
6	1.0623	0.2052	-0.0107	0.2318	0.0497	0.2956	-0.0114	-0.0205	0.0144	-0.0281	0.0049	0.0407	0.0258	-0.0773	0.0014	0.1102	-0.0018	-0.0063	0.1364	0.0117	0.114	21.0602	47.8575	60.0798
7	1.7752	-0.6246	0.2774	2.3026	0.7382	1.5083	0.1384	0.3835	-0.1082	-0.41	-0.0541	-0.0435	-0.0374	0.1026	-0.1074	0.1484	0.0072	-0.0242	0.169	-0.0084	0.114	29.1052	34.8416	54.3797
8	1.1928	-0.1162	0.1527	0.8223	0.2926	1.5562	0.0299	0.085	-0.0953	-0.0979	-0.0179	0.0472	0.0356	-0.0807	-0.0099	0.109	0.0067	-0.0175	0.1039	0.0125	0.1191	28.6814	32.6809	60.6939

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -9 through 15 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 173 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 174 through 248 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 15 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 16 through 66 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 67 through 173 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 174 through 215 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 216 through 248 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)