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- PDB-4ypo: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ketol-acid reduct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ypo
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis ketol-acid reductoisomerase in complex with Mg2+
要素Ketol-acid reductoisomerase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ilvC / Branch chain amino acids / Knotted protein / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / branched-chain amino acid biosynthetic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ProC C-terminal domain-like fold / ProC C-terminal domain-like fold - #10 / Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. ...ProC C-terminal domain-like fold / ProC C-terminal domain-like fold - #10 / Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Helix non-globular / Special / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.001 Å
データ登録者Lv, Y. / Guddat, L.W.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ketol-acid reductoisomerase at 1.0 angstrom resolution - a potential target for anti-tuberculosis drug discovery.
著者: Lv, Y. / Kandale, A. / Wun, S.J. / McGeary, R.P. / Williams, S.J. / Kobe, B. / Sieber, V. / Schembri, M.A. / Schenk, G. / Guddat, L.W.
履歴
登録2015年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-acid reductoisomerase
B: Ketol-acid reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,67818
ポリマ－72,2682
非ポリマー41016
水17,150952
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12820 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.697, 54.797, 92.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ketol-acid reductoisomerase / Acetohydroxy-acid isomeroreductase / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase


分子量: 36134.023 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 5-337 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ilvC, IQ45_13380, IU12_14180, IU13_13535, IU21_13700, T209_13330
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045K7J0, UniProt: P9WKJ7*PLUS, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 952 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, MgCl2, TrisHCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→39.02 Å / Num. obs: 339721 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 32.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.001→38.736 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1631 2009 59 %
Rwork0.1545 --
obs0.1545 339290 96.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.001→38.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4954 0 16 952 5922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8987177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9361971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006958
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0008-1.02590.40031320.343522581X-RAY DIFFRACTION91
1.0259-1.05360.33431470.301423483X-RAY DIFFRACTION94
1.0536-1.08460.27151290.258523528X-RAY DIFFRACTION94
1.0846-1.11960.20441480.22123612X-RAY DIFFRACTION95
1.1196-1.15960.19591470.195223776X-RAY DIFFRACTION95
1.1596-1.20610.20811400.179223894X-RAY DIFFRACTION96
1.2061-1.2610.1991370.172224024X-RAY DIFFRACTION96
1.261-1.32750.16361510.158724206X-RAY DIFFRACTION97
1.3275-1.41060.19171390.153124316X-RAY DIFFRACTION97
1.4106-1.51950.16551470.142924489X-RAY DIFFRACTION98
1.5195-1.67250.15321430.137424574X-RAY DIFFRACTION98
1.6725-1.91450.14271480.148124752X-RAY DIFFRACTION99
1.9145-2.4120.14761510.139125032X-RAY DIFFRACTION99
2.412-38.76530.14351500.139425014X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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