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- PDB-4ypi: Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ypi
タイトルStructure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35
要素
  • Nucleoprotein
  • Polymerase cofactor VP35
キーワードRNA BINDING PROTEIN / protein complex. / Ebola virus / nucleoprotein / VP35 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral transcription ...symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral transcription / molecular sequestering activity / viral genome replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / negative regulation of gene expression / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Polymerase cofactor VP35
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Leung, D.W. / Borek, D.M. / Binning, J.M. / Otwinowski, Z. / Amarasinghe, G.K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 16件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI081914 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI109945 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI109664 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI109664 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50GM1003297 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI059536 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI077519 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI107056 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM053163 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103399 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)DTRA 1_21_1_0002 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1_12_1_0051 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1_14_1_0013 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: An Intrinsically Disordered Peptide from Ebola Virus VP35 Controls Viral RNA Synthesis by Modulating Nucleoprotein-RNA Interactions.
著者: Daisy W Leung / Dominika Borek / Priya Luthra / Jennifer M Binning / Manu Anantpadma / Gai Liu / Ian B Harvey / Zhaoming Su / Ariel Endlich-Frazier / Juanli Pan / Reed S Shabman / Wah Chiu / ...著者: Daisy W Leung / Dominika Borek / Priya Luthra / Jennifer M Binning / Manu Anantpadma / Gai Liu / Ian B Harvey / Zhaoming Su / Ariel Endlich-Frazier / Juanli Pan / Reed S Shabman / Wah Chiu / Robert A Davey / Zbyszek Otwinowski / Christopher F Basler / Gaya K Amarasinghe /
要旨: During viral RNA synthesis, Ebola virus (EBOV) nucleoprotein (NP) alternates between an RNA-template-bound form and a template-free form to provide the viral polymerase access to the RNA template. In ...During viral RNA synthesis, Ebola virus (EBOV) nucleoprotein (NP) alternates between an RNA-template-bound form and a template-free form to provide the viral polymerase access to the RNA template. In addition, newly synthesized NP must be prevented from indiscriminately binding to noncognate RNAs. Here, we investigate the molecular bases for these critical processes. We identify an intrinsically disordered peptide derived from EBOV VP35 (NPBP, residues 20-48) that binds NP with high affinity and specificity, inhibits NP oligomerization, and releases RNA from NP-RNA complexes in vitro. The structure of the NPBP/ΔNPNTD complex, solved to 3.7 Å resolution, reveals how NPBP peptide occludes a large surface area that is important for NP-NP and NP-RNA interactions and for viral RNA synthesis. Together, our results identify a highly conserved viral interface that is important for EBOV replication and can be targeted for therapeutic development.
履歴
登録2015年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32016年8月24日Group: Other
改定 1.42016年8月31日Group: Other / Structure summary
改定 1.52017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.62017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.72018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.82019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.92024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Nucleoprotein
G: Polymerase cofactor VP35
A: Nucleoprotein
E: Polymerase cofactor VP35
B: Nucleoprotein
F: Polymerase cofactor VP35
D: Nucleoprotein
H: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,1618
ポリマ－168,1618
非ポリマー00
水00
1
C: Nucleoprotein
G: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0402
ポリマ－42,0402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
2
A: Nucleoprotein
E: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0402
ポリマ－42,0402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
3
B: Nucleoprotein
F: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0402
ポリマ－42,0402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
4
D: Nucleoprotein
H: Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0402
ポリマ－42,0402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.752, 194.818, 347.684
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
12C
22B
13C
23D
14G
24E
15G
25F
16G
26H
17A
27B
18A
28D
19E
29F
110E
210H
111B
211D
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGLYSLYSCA39 - 3832 - 346
21ARGARGLYSLYSAC39 - 3832 - 346
12ARGARGASNASNCA39 - 3842 - 347
22ARGARGASNASNBE39 - 3842 - 347
13ARGARGASNASNCA39 - 3842 - 347
23ARGARGASNASNDG39 - 3842 - 347
14METMETILEILEGB20 - 471 - 28
24METMETILEILEED20 - 471 - 28
15METMETILEILEGB20 - 471 - 28
25METMETILEILEFF20 - 471 - 28
16METMETILEILEGB20 - 471 - 28
26METMETILEILEHH20 - 471 - 28
17ARGARGLYSLYSAC39 - 3832 - 346
27ARGARGLYSLYSBE39 - 3832 - 346
18ARGARGLYSLYSAC39 - 3832 - 346
28ARGARGLYSLYSDG39 - 3832 - 346
19METMETILEILEED20 - 471 - 28
29METMETILEILEFF20 - 471 - 28
110METMETILEILEED20 - 471 - 28
210METMETILEILEHH20 - 471 - 28
111ARGARGGLUGLUBE39 - 3852 - 348
211ARGARGGLUGLUDG39 - 3852 - 348
112METMETILEILEFF20 - 471 - 28
212METMETILEILEHH20 - 471 - 28

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 38946.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: NP / プラスミド: pET15b / 詳細 (発現宿主): modified to add TEV protease site / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18272
#2: タンパク質・ペプチド
Polymerase cofactor VP35


分子量: 3093.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
参照: UniProt: Q05127
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
33.7767.4
1
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
PH範囲: 7-7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月26日 / 詳細: Three data sets were used
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→25 Å / Num. all: 27102 / Num. obs: 23161 / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.7→3.72 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 10.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXDE位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.71→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 113.728 / SU ML: 0.723 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.832
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1163 5 %RANDOM
Rwork0.2529 ---
obs0.2546 21925 84.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 567.16 Å2 / Biso mean: 153.465 Å2 / Biso min: 29.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å2-0 Å2
2--1.92 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.71→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11780 0 0 0 11780
残基数----1500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01911997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0211774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0121.95816182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.934327019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.23751492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.07324.681564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.443152168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1961564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.086.1135988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.086.1125987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5949.1667470
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C205170.08
12A205170.08
21C207300.08
22B207300.08
31C207910.07
32D207910.07
41G12280.12
42E12280.12
51G12890.1
52F12890.1
61G12800.1
62H12800.1
71A206870.08
72B206870.08
81A208670.07
82D208670.07
91E11910.14
92F11910.14
101E12940.1
102H12940.1
111B211150.07
112D211150.07
121F12190.13
122H12190.13
LS精密化 シェル解像度: 3.705→3.799 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 12 -
Rwork0.346 389 -
all-401 -
obs--20.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.2781-1.2916-0.97831.8665-0.59225.423-0.08150.70830.1668-0.468-0.07940.5406-0.009-0.740.16090.37660.0261-0.03370.6816-0.04690.3415130.251342.9992-180.365
29.2269-2.3594-1.11077.41980.96047.5276-0.1622-0.3685-0.8503-0.06290.20320.49320.6984-0.4626-0.0410.2755-0.10340.1430.2555-0.04690.2162136.532734.2441-164.3896
36.1344-0.80421.04064.0833-0.818513.78780.07630.36350.30650.270.3288-0.4834-0.55220.1205-0.40510.125-0.02380.08590.088-0.08360.1877127.783145.9064-139.6028
43.2932.2361-4.617712.442-8.102114.4051-0.1587-0.3396-0.1751.43870.0414-0.2867-0.48210.3270.11740.30930.1558-0.03840.2502-0.11540.3069129.575336.5758-116.8979
59.5991-5.40126.375918.2524-6.484114.8497-0.2810.5914-1.1286-0.39420.4289-0.5229-0.3873-0.6515-0.14790.0383-0.00980.0680.2445-0.110.265120.752139.4235-139.1129
68.2772-1.7728-2.30625.37012.09214.9216-0.35151.2414-0.4737-1.537-0.03270.27110.5231-0.34480.38411.4350.3989-0.20271.1701-0.56240.9344138.9756-18.9315-148.0035
78.9306-2.73630.252412.3601-3.2498.41990.81550.1627-1.31080.2681-1.17120.00090.8674-0.12890.35570.74230.3032-0.20540.4897-0.18030.4443141.6554-14.1557-129.3553
85.30640.8282.207113.53914.49776.80910.24490.9589-0.28930.0593-0.24490.29050.0307-0.1564-0.00010.23860.11660.07360.2493-0.05280.0999129.129210.4118-121.4989
92.0984-0.5382-3.28161.3624-0.2798.63090.1907-0.3623-0.15270.7458-0.0324-0.1721-0.60250.2907-0.15830.9011-0.0157-0.08790.41320.01110.5478129.475318.0537-99.3012
106.60862.91950.86478.6563-10.382216.6256-0.21120.1048-1.4265-0.06420.4795-0.10020.1209-0.7343-0.26830.37510.14040.14210.134-0.13270.9759121.41716.7621-117.6524
110.32961.1535-0.28034.6729-1.06410.25180.0521-0.1636-0.1114-0.4683-0.01160.2467-0.00470.1074-0.04062.25-0.39180.1522.4596-0.39551.781994.0471-10.0502-159.7874
1211.264-0.1227-0.74358.3861-3.58941.7618-0.5342.37070.4541-1.26390.98940.49561.0484-0.6775-0.45541.9839-0.8335-0.02042.8869-0.49620.956389.36317.5929-153.1388
137.61520.4782-0.633512.75933.03278.4516-0.46041.4951-0.9864-0.28370.5163-0.06340.6508-0.7488-0.05590.2042-0.25530.11810.7936-0.0560.272998.41613.7621-126.7843
143.54084.10951.118411.4655-0.45722.1622-0.03640.12360.25620.7215-0.09710.7353-0.1463-0.4350.13350.44520.15880.06390.62790.06180.533795.398135.2542-118.093
156.8299-5.9797-1.618119.7972-9.44638.7189-0.38281.106-0.0139-0.32350.2424-0.12080.6183-0.7280.14040.0589-0.08340.02231.0616-0.02430.2941106.004918.2141-129.465
161.1821-0.04281.2520.0045-0.06271.4327-0.3522-0.28190.3871-0.04870.05170.0143-0.0152-0.59970.30062.3725-0.0748-0.02651.9134-0.20092.337391.0419-43.7878-98.5662
170.10650.01230.04580.0424-0.16870.8460.14520.2844-0.3343-0.11540.2392-0.00150.9434-0.7986-0.38442.2566-0.1679-0.14281.982-0.2312.341287.2429-26.3875-106.091
187.2610.1673-3.541713.5489-1.802110.26930.3302-0.0546-1.5259-0.15310.23381.17550.8434-1.025-0.5641.0664-0.0547-0.14860.33920.11850.819497.1762-4.1769-91.1515
198.28065.567-2.293510.3073-8.446611.16680.2182-0.2516-0.00880.82970.12691.0835-0.8229-1.1631-0.34521.00660.20410.12620.61020.06980.570495.549217.53-100.0441
204.5409-4.1331-2.26936.70961.27417.97390.1630.6846-1.0801-0.2097-0.16840.68560.5050.3260.00540.87820.0721-0.0020.4118-0.01390.8554104.8914-3.6807-96.7554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C39 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2C147 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3C240 - 332
4X-RAY DIFFRACTION4C333 - 385
5X-RAY DIFFRACTION5G20 - 45
6X-RAY DIFFRACTION6A39 - 146
7X-RAY DIFFRACTION7A147 - 239
8X-RAY DIFFRACTION8A240 - 328
9X-RAY DIFFRACTION9A329 - 385
10X-RAY DIFFRACTION10E20 - 47
11X-RAY DIFFRACTION11B39 - 146
12X-RAY DIFFRACTION12B147 - 239
13X-RAY DIFFRACTION13B240 - 328
14X-RAY DIFFRACTION14B329 - 384
15X-RAY DIFFRACTION15F20 - 47
16X-RAY DIFFRACTION16D39 - 146
17X-RAY DIFFRACTION17D147 - 239
18X-RAY DIFFRACTION18D240 - 328
19X-RAY DIFFRACTION19D329 - 385
20X-RAY DIFFRACTION20H20 - 46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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