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- PDB-4yod: Crystal structure of a thioredoxin-like protein (BACCAC_02376) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yod
タイトルCrystal structure of a thioredoxin-like protein (BACCAC_02376) from Bacteroides caccae ATCC 43185 at 1.90 A resolution
要素thioredoxin-like protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin fold / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Domain of unknown function DUF5106 / Domain of unknown function (DUF5106) / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin-like superfamily / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides caccae ATCC 43185 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a thioredoxin-like protein (BACCAC_02376) from Bacteroides caccae ATCC 43185 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thioredoxin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4501
ポリマ－33,4501
非ポリマー00
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.210, 45.420, 70.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 thioredoxin-like protein


分子量: 33449.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides caccae ATCC 43185 (バクテリア)
遺伝子: BACCAC_02376 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A5ZHK4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (27-312) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (27-312) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 30% polyethylene glycol 6000, 0.1M Bicine pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9184,0.9796,0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月15日
詳細: Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
20.97961
30.97951
反射解像度: 1.9→28.343 Å / Num. obs: 22102 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.77 % / Biso Wilson estimate: 34.007 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 72712
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.91-1.980.7830.50526856455640560.702189
1.98-2.060.8250.33637764450842440.46794.1
2.06-2.150.8910.2384.57435431540910.33194.8
2.15-2.260.9340.1775.87230432440620.24593.9
2.26-2.410.9610.1327.47552482544160.18291.5
2.41-2.590.9810.0919.37453428840530.12694.5
2.59-2.850.9910.06212.27532449242180.08693.9
2.85-3.260.9950.04116.46841447239910.05789.2
3.26-4.10.9960.0321.97026447239420.04188.1
4.10.9980.02324.87023455040290.03288.5

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALENovember 3, 2014 BUILT=20141118データスケーリング
XDSデータスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→28.343 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9583 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9395 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. CONDITIONS. 3. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 1126 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.1789 22078 95.43 %-
原子変位パラメータBiso max: 149.89 Å2 / Biso mean: 45.8312 Å2 / Biso min: 21.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5736 Å20 Å2-2.1054 Å2
2--4.7993 Å20 Å2
3----8.3729 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.263 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.343 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2263 0 0 197 2460
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1099SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes69HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes325HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2335HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion316SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2688SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2335HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3178HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.85
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 126 4.5 %
Rwork0.2203 2676 -
all0.2209 2802 -
obs--95.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65440.8034-0.07973.34070.21421.4620.00860.05180.08480.2109-0.01340.0143-0.17870.07880.0048-0.0904-0.02140.0243-0.10820.0038-0.0122.089320.350827.0581
24.192-0.0203-0.34823.4636-0.47432.1959-0.09730.5375-0.196-0.49970.0652-0.29060.22150.08690.0321-0.0856-0.03190.0818-0.0875-0.0496-0.109513.9947-2.92748.0481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|36 - 174}A36 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2{A|175 - 312}A175 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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