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- PDB-4yo2: Structure of E2F8, an atypical member of E2F family of transcript... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yo2
タイトルStructure of E2F8, an atypical member of E2F family of transcription factors
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
  • Transcription factor E2F8
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / E2F family / DNA-complex / fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cell cycle comprising mitosis without cytokinesis / positive regulation of DNA endoreduplication / negative regulation of cytokinesis / chorionic trophoblast cell differentiation / trophoblast giant cell differentiation / chromatin => GO:0000785 / hepatocyte differentiation / sprouting angiogenesis / DNA-binding transcription repressor activity / transcription factor binding ...cell cycle comprising mitosis without cytokinesis / positive regulation of DNA endoreduplication / negative regulation of cytokinesis / chorionic trophoblast cell differentiation / trophoblast giant cell differentiation / chromatin => GO:0000785 / hepatocyte differentiation / sprouting angiogenesis / DNA-binding transcription repressor activity / transcription factor binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / placenta development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell population proliferation / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
E2F Family / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor E2F8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.073 Å
データ登録者Morgunova, E. / Yin, Y. / Jolma, A. / Dave, K. / Schmierer, B. / Popov, A. / Eremina, N. / Nilsson, L. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural insights into the DNA-binding specificity of E2F family transcription factors.
著者: Morgunova, E. / Yin, Y. / Jolma, A. / Dave, K. / Schmierer, B. / Popov, A. / Eremina, N. / Nilsson, L. / Taipale, J.
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor E2F8
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0803
ポリマ－36,0803
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.830, 98.830, 121.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor E2F8 / E2F-8


分子量: 26903.115 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 110-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: E2F8 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: A0AVK6
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4512.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4664.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: half of hexagonal plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.09 / 詳細: Hepes, PEG 4000, ammonium sulfate, PEG 400 / PH範囲: 7.0 - 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月21日
放射モノクロメーター: bent cylindrical mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.22
反射解像度: 3.073→49.591 Å / Num. all: 77733 / Num. obs: 12768 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 123 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 8.67
反射 シェル解像度: 3.07→3.182 Å / % possible all: 89.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CF7

1cf7


解像度: 3.073→14.918 Å / FOM work R set: 0.5314 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2968 632 5 %random
Rwork0.2716 11989 --
obs0.272 12641 96.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 539.43 Å2 / Biso mean: 153.7 Å2 / Biso min: 69.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.073→14.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1515 615 0 0 2130
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6613118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.53903
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0726-3.30722287X-RAY DIFFRACTION89
3.3072-3.6350.32741270.3082409X-RAY DIFFRACTION93
3.635-4.14970.35961270.32532414X-RAY DIFFRACTION93
4.1497-5.18620.31141270.30722415X-RAY DIFFRACTION92
5.1862-14.28190.26311300.21552464X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0263-0.9628-0.88952.24841.61293.48460.5564-0.54251.33270.2353-0.38420.1302-0.23260.58710.00310.6918-0.17960.09791.23810.06521.0604Chain A DBD183.803153.482835.0096
20.7575-0.7037-0.6941.89020.85220.5151-0.61760.0013-0.35460.1614-1.15970.7585-1.58891.3951-0.58591.2116-0.1994-0.28511.470.62171.4905Chain B DBD277.959559.938622.9192
31.3827-0.6634-1.50122.26460.6251.49640.35020.72960.0225-0.645-0.44110.0363-0.0330.65830.0950.6008-0.01040.24252.11070.15420.6669DNA83.369144.911520.0478
43.55580.18740.30451.948-1.50751.11621.14660.64650.2202-0.3505-0.7648-0.19920.30810.60350.71650.6602-0.15710.09651.79440.14390.8922DNA84.066142.774520.5193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 1 through 15 )D1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 259 through 341 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 15 )C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 15 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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