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- PDB-4ynv: Assembly Chaperone of RpL4 (Acl4) (Residues 28-338) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ynv
タイトルAssembly Chaperone of RpL4 (Acl4) (Residues 28-338)
要素ACL4
キーワードCHAPERONE / ribosome assembly / nucleocytoplasmic transport / tetratricopeptide repeat / ribosome biogenesis
機能・相同性Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Huber, F.M. / Hoelz, A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Coordinated Ribosomal L4 Protein Assembly into the Pre-Ribosome Is Regulated by Its Eukaryote-Specific Extension.
著者: Stelter, P. / Huber, F.M. / Kunze, R. / Flemming, D. / Hoelz, A. / Hurt, E.
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32020年4月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / reflns
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACL4
B: ACL4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6182
ポリマ－70,6182
非ポリマー00
水00
1
A: ACL4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3091
ポリマ－35,3091
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ACL4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3091
ポリマ－35,3091
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.487, 49.103, 80.051
Angle α, β, γ (deg.)98.66, 97.88, 100.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ACL4


分子量: 35308.801 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-338 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0010130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S0I4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % (w/v) PEG 3350 0.2 M potassium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97936, 0.97961, 0.94937
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979361
20.979611
30.949371
反射解像度: 2.95→20 Å / Num. obs: 30229 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.95→19.909 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2544 706 4.99 %Random selection
Rwork0.2273 ---
obs0.2288 30019 98.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→19.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4432 0 0 0 4432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6986130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9171684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.0450.381380.39882633X-RAY DIFFRACTION98
3.045-3.15340.43041340.38072528X-RAY DIFFRACTION98
3.1534-3.27920.32791400.33882603X-RAY DIFFRACTION98
3.2792-3.42770.3341320.32152541X-RAY DIFFRACTION98
3.4277-3.60740.34711370.27522554X-RAY DIFFRACTION99
3.6074-3.83190.36621440.27042637X-RAY DIFFRACTION99
3.8319-4.12540.2681320.22272616X-RAY DIFFRACTION99
4.1254-4.53610.2111360.2012591X-RAY DIFFRACTION99
4.5361-5.18230.22861320.21112576X-RAY DIFFRACTION99
5.1823-6.49130.25941400.23472611X-RAY DIFFRACTION99
6.4913-19.90920.15751320.14812632X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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