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- PDB-4ynq: TREX1-dsDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ynq
タイトルTREX1-dsDNA complex
要素
  • DNA (24-MER)
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
  • Three-prime repair exonuclease 1
キーワードHydrolase/DNA / protein-DNA complex / exonuclease / trex1 / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to type I interferon / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / : / immune complex formation / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation ...cellular response to type I interferon / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / : / immune complex formation / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / DNA exonuclease activity / DNA modification / regulation of lipid biosynthetic process / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / heart process / lymphoid progenitor cell differentiation / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / regulation of type I interferon production / regulation of lysosome organization / 3'-5'-DNA exonuclease activity / regulation of cellular respiration / MutLalpha complex binding / regulation of tumor necrosis factor production / macrophage activation involved in immune response / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of metabolic process / DNA binding, bending / regulation of glycolytic process / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / WW domain binding / DNA metabolic process / regulation of innate immune response / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / response to UV / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of innate immune response / DNA damage checkpoint signaling / kidney development / generation of precursor metabolites and energy / determination of adult lifespan / cellular response to reactive oxygen species / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / cellular response to oxidative stress / double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / immune response / inflammatory response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fye, J.M. / Harvey, S. / Perrino, F.W. / Hollis, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Exonuclease TREX1 degrades double-stranded DNA to prevent spontaneous lupus-like inflammatory disease.
著者: Grieves, J.L. / Fye, J.M. / Harvey, S. / Grayson, J.M. / Hollis, T. / Perrino, F.W.
履歴
登録2015年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02025年2月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-prime repair exonuclease 1
B: Three-prime repair exonuclease 1
C: Three-prime repair exonuclease 1
D: Three-prime repair exonuclease 1
E: DNA (24-MER)
F: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
G: DNA (24-MER)
H: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,41113
ポリマ－127,9928
非ポリマー4195
水70339
1
A: Three-prime repair exonuclease 1
B: Three-prime repair exonuclease 1
E: DNA (24-MER)
F: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0446
ポリマ－63,9964
非ポリマー492
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26120 Å2
手法PISA
2
C: Three-prime repair exonuclease 1
D: Three-prime repair exonuclease 1
G: DNA (24-MER)
H: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3677
ポリマ－63,9964
非ポリマー3713
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area26310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.142, 84.457, 103.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 / DNase III


分子量: 25693.316 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain, UNP residues 5-235 / 変異: D18N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Maltose Binding Protein fusion / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosettagami 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 DNA (24-MER)


分子量: 6449.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3')


分子量: 6159.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 44分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.85 Å / Num. obs: 25822 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.55 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 129430 / Scaling rejects: 30874
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
2.8-2.92.560.5331.21250531400.4446690.5
2.9-3.022.620.4651.31247331630.29417292.7
3.02-3.152.710.3591.71259932010.32392993.9
3.15-3.322.820.2782.11290332290.35379393.3
3.32-3.522.890.2362.91289832490.47350594.8
3.52-3.793.010.19641304632930.58312195.7
3.79-4.173.110.17951317433360.79281496.2
4.17-4.773.310.1127.51321633550.64210796.9
4.77-5.983.390.0998.51331633950.63179797.4
5.98-19.853.50.06614.61330034620.78117097.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータ削減
d*TREK9.9.9.1Lデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OA8

2oa8


解像度: 2.8→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / WRfactor Rfree: 0.2455 / WRfactor Rwork: 0.1847 / FOM work R set: 0.6843 / SU B: 20.301 / SU ML: 0.366 / SU Rfree: 0.4879 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2663 1246 4.6 %RANDOM
Rwork0.2176 ---
obs0.2198 25822 78.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 148.65 Å2 / Biso mean: 55.667 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å22.67 Å2
2--0.99 Å2-0 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6964 1686 21 39 8710
Biso mean--76.65 41.97 -
残基数----985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0189049
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.79312668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.152318000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4755897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.18323.402291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.418151154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9691554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3515.4023612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3525.43611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4198.0834501
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.478 73 -
Rwork0.452 1613 -
all-1686 -
obs--67.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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