PDB-4ymx: Crystal structure of the substrate binding protein of an amino ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ymx

タイトル

Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid ABC transporter

要素

ABC-type amino acid transport system, periplasmic component

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / two binding sites / substrate specificity / membrane protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cell envelope / ligand-gated monoatomic ion channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.481 Å

データ登録者

Ge, J. / Yu, J. / Yang, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis for substrate specificity of an amino acid ABC transporter
著者: Yu, J. / Ge, J. / Heuveling, J. / Schneider, E. / Yang, M.

履歴

登録	2015年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ymx.cif.gz	218.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ymx.ent.gz	173.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ymx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ymx_validation.pdf.gz	445 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ymx_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	4ymx_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	4ymx_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/4ymx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/4ymx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ymsC 4ymtC 4ymuC 4ymvC 4ymwC 4i62S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ve8-d 4e35-d 1xj4-d 2huw-d 1xj6-d 2ja9-d 2vv6-2 6fxg-3 7bzk-d 6mkw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC-type amino acid transport system, periplasmic component

B: ABC-type amino acid transport system, periplasmic component

ヘテロ分子

58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC-type amino acid transport system, periplasmic component

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ABC-type amino acid transport system, periplasmic component

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.026, 41.409, 75.604
Angle α, β, γ (deg.)	103.73, 102.74, 90.12
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ABC-type amino acid transport system, periplasmic component / SBP 分子量: 28888.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4 (バクテリア) 株: MB4 / 遺伝子: ArtI, TTE0512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RCC4
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→31 Å / Num. obs: 71305 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.2 % / Net I/σ(I): 28
反射シェル	解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4I62

4i62

解像度: 1.481→30.679 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1834	3577	5.02 %
R_work	0.1555	-	-
obs	0.1569	71305	95.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.481→30.679 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3492	0	24	747	4263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3833
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	5188
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.949	1504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	679

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4805-1.5	0.2336	102	0.1803	2363	X-RAY DIFFRACTION	86
1.5-1.5206	0.2125	131	0.1698	2519	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5206-1.5423	0.2039	145	0.1581	2589	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5423-1.5653	0.1909	163	0.1554	2515	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5653-1.5898	0.2129	129	0.1616	2563	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5898-1.6158	0.1929	148	0.157	2560	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6158-1.6437	0.2237	137	0.1613	2594	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6437-1.6736	0.1959	127	0.1571	2625	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6736-1.7058	0.1983	146	0.1562	2573	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7058-1.7406	0.1936	127	0.155	2576	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7406-1.7784	0.1984	152	0.1467	2630	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7784-1.8198	0.1977	126	0.1557	2556	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8198-1.8653	0.169	145	0.1545	2650	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8653-1.9157	0.2011	116	0.1592	2626	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9157-1.9721	0.204	138	0.1597	2674	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9721-2.0357	0.1728	135	0.1523	2611	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0357-2.1085	0.1782	131	0.1586	2635	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1085-2.1928	0.175	153	0.1478	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1928-2.2926	0.1662	123	0.1543	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2926-2.4134	0.2009	149	0.1599	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4134-2.5646	0.2009	158	0.1677	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5646-2.7625	0.1972	125	0.1634	2708	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7625-3.0403	0.1501	152	0.1592	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0403-3.4797	0.1843	160	0.1539	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4797-4.382	0.1447	133	0.1362	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
4.382-30.6852	0.1774	126	0.155	2605	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.1257 Å / Origin y: -0.848 Å / Origin z: 0.6417 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0238 Å²	0.0026 Å²	0.005 Å²	-	0.0271 Å²	0.0015 Å²	-	-	0.0265 Å²
L	0.069 °²	0.0497 °²	0.0648 °²	-	0.1098 °²	0.0592 °²	-	-	0.0927 °²
S	0.0089 Å °	0.0019 Å °	0.0012 Å °	-0.0037 Å °	-0.0035 Å °	0.0005 Å °	0.0029 Å °	0.0001 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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