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- PDB-4ym0: Crystal structure of the human galectin-4 C-terminal carbohydrate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ym0
タイトルCrystal structure of the human galectin-4 C-terminal carbohydrate recognition domain in complex with lacto-N-tetraose (LNT)
要素Galectin-4
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galectin / lectin / carbohydrate binding protein / lacto-N-tetraose / carbohydrate recognition / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


antibacterial peptide biosynthetic process / galactoside binding / : / carbohydrate binding / cell adhesion / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Galectin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bum-Erdene, K. / Blanchard, H.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Cancer Council Queensland1043716 オーストラリア
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of human galectin-4 C-terminal domain: elucidating the molecular basis for recognition of glycosphingolipids, sulfated saccharides and blood group antigens.
著者: Bum-Erdene, K. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Blanchard, H.
履歴
登録2015年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-4
B: Galectin-4
D: Galectin-4
C: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0829
ポリマ－67,8494
非ポリマー2,2335
水2,306128
1
A: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7623
ポリマ－16,9621
非ポリマー8002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6702
ポリマ－16,9621
非ポリマー7081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3462
ポリマ－16,9621
非ポリマー3831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Galectin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3052
ポリマ－16,9621
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.189, 130.670, 45.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質
Galectin-4 / Gal-4 / Antigen NY-CO-27 / L-36 lactose-binding protein / L36LBP / Lactose-binding lectin 4


分子量: 16962.291 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 171-323 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56470

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-2/a4-b1_b3-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 129分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 4 % v/v PEG 400
PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.436
11L, -K, H20.564
反射解像度: 2.3→44.99 Å / Num. obs: 22849 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 35.2 / Num. measured all: 93135
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.3-2.383.10.10610625720320.9780.07188.8
8.91-44.993.80.01865.615194000.9990.0196.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
Aimless0.3.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→42.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.197 / WRfactor Rwork: 0.1641 / FOM work R set: 0.8138 / SU B: 7.17 / SU ML: 0.178 / SU R Cruickshank DPI: 0.0989 / SU Rfree: 0.0475 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2079 1113 4.9 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
obs0.1738 21708 98.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.15 Å2 / Biso mean: 28.378 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.89 Å20 Å2-4.07 Å2
2---1.61 Å2-0 Å2
3----2.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→42.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4353 0 151 128 4632
Biso mean--39.08 25.78 -
残基数----550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194563
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.024306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3661.9836184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0539908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6875547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.48122.786201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.91515691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2621534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9652.9142200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9652.9142199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.824.3622740
LS精密化 シェル解像度: 2.297→2.356 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 73 -
Rwork0.211 1321 -
all-1394 -
obs--81.81 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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