PDB-4ylp: E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 5-nt RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ylp

タイトル

E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 5-nt RNA

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
NT strand DNA (49-MER)
RNA (5'-R(*(GTP))-R(P*AP*GP*UP*C)-3')
RNA polymerase sigma factor RpoD
T strand DNA (49-MER)

キーワード

TRANSCRIPTION/DNA/RNA / RNA Polymerase / Initiation Complex / DNA Bubble / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...
類似検索 - 分子機能

RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 ...RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 5.5 Å

データ登録者

Zuo, Y. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of the E. coli Transcription Initiation Complexes with a Complete Bubble.
著者: Zuo, Y. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2015年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月20日	Group: Database references
改定 1.3	2016年9月14日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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文書・要旨	4ylp_validation.pdf.gz	762.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ylp_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
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CIF形式データ	4ylp_validation.cif.gz	630.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/4ylp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/4ylp	HTTPS FTP

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

1: NT strand DNA (49-MER)

2: T strand DNA (49-MER)

3: RNA (5'-R(*(GTP))-R(P*AP*GP*UP*C)-3')

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

4: NT strand DNA (49-MER)

5: T strand DNA (49-MER)

6: RNA (5'-R(*(GTP))-R(P*AP*GP*UP*C)-3')

M: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

N: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

O: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

P: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

Q: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

R: RNA polymerase sigma factor RpoD

7: NT strand DNA (49-MER)

8: T strand DNA (49-MER)

9: RNA (5'-R(*(GTP))-R(P*AP*GP*UP*C)-3')

ヘテロ分子

1.42 MDa, 27 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

1: NT strand DNA (49-MER)

2: T strand DNA (49-MER)

3: RNA (5'-R(*(GTP))-R(P*AP*GP*UP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
474 kDa, 9 ポリマー
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2

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

4: NT strand DNA (49-MER)

5: T strand DNA (49-MER)

6: RNA (5'-R(*(GTP))-R(P*AP*GP*UP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
474 kDa, 9 ポリマー
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3

M: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

N: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

O: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

P: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

Q: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

R: RNA polymerase sigma factor RpoD

7: NT strand DNA (49-MER)

8: T strand DNA (49-MER)

9: RNA (5'-R(*(GTP))-R(P*AP*GP*UP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
474 kDa, 9 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	237.674, 204.988, 248.838
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	6 - 232
2	1	B	6 - 232
1	2	A	6 - 235
2	2	G	6 - 235
1	3	A	6 - 232
2	3	H	6 - 232
1	4	A	6 - 235
2	4	M	6 - 235
1	5	A	6 - 232
2	5	N	6 - 232
1	6	B	6 - 232
2	6	G	6 - 232
1	7	B	6 - 233
2	7	H	6 - 233
1	8	B	6 - 232
2	8	M	6 - 232
1	9	B	6 - 233
2	9	N	6 - 233
1	10	C	2 - 1342
2	10	I	2 - 1342
1	11	C	2 - 1342
2	11	O	2 - 1342
1	12	D	15 - 1376
2	12	J	15 - 1376
1	13	D	15 - 1376
2	13	P	15 - 1376
1	14	E	2 - 91
2	14	K	2 - 91
1	15	E	2 - 91
2	15	Q	2 - 91
1	16	F	79 - 613
2	16	L	79 - 613
1	17	F	79 - 613
2	17	R	79 - 613
1	18	1	12 - 60
2	18	4	12 - 60
1	19	1	12 - 60
2	19	7	12 - 60
1	20	2	3 - 51
2	20	5	3 - 51
1	21	2	3 - 51
2	21	8	3 - 51
1	22	G	6 - 232
2	22	H	6 - 232
1	23	G	6 - 235
2	23	M	6 - 235
1	24	G	6 - 232
2	24	N	6 - 232
1	25	H	6 - 232
2	25	M	6 - 232
1	26	H	6 - 233
2	26	N	6 - 233
1	27	I	2 - 1342
2	27	O	2 - 1342
1	28	J	15 - 1376
2	28	P	15 - 1376
1	29	K	2 - 91
2	29	Q	2 - 91
1	30	L	79 - 613
2	30	R	79 - 613
1	31	4	12 - 60
2	31	7	12 - 60
1	32	5	3 - 51
2	32	8	3 - 51
1	33	M	6 - 232
2	33	N	6 - 232

NCSアンサンブル:

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 15分子 ABGHMNCIODJPEKQ

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 26899.572 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-235) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, EcE24377A_3778 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A7ZSI4, UniProt: P0A7Z4*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, EcE24377A_4528 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A7ZUK1, UniProt: P0A8V2*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, EcE24377A_4529 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A7ZUK2, UniProt: P0A8T7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10118.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, EcE24377A_4152 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A7ZTK1, UniProt: P0A800*PLUS, DNA-directed RNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 147258

#6: DNA鎖	NT strand DNA (49-MER) 分子量: 15024.630 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖	T strand DNA (49-MER) 分子量: 15233.764 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 6分子 FLR369

#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70 分子量: 72206.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579
#8: RNA鎖	RNA (5'-R((GTP))-R(PAPGPUPC)-3') 分子量: 1745.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#9: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月26日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 5.5→40 Å / Num. obs: 69757 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 5.5→39.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 740.95 / SU ML: 3.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 2.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31302	3384	5 %	RANDOM
R_work	0.23081	-	-	-
obs	0.23488	64596	97.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 198.821 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	0 Å²	0.37 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 5.5→39.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	88284	6375	9	0	94668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	96712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.547	1.913	131896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.541	5	11223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.887	24.107	4215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.308	15	16674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.61	15	831
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	14712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	70272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 5.5→5.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	219	-
R_work	0.374	4099	-
obs	-	-	86.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8611	0.9844	1.8082	1.4203	-0.5993	6.5835	-0.3942	-0.5831	-0.1386	0.0154	-0.0419	0.2494	0.4041	0.2178	0.436	1.383	-0.2301	0.2987	0.4662	-0.1754	1.4011	-58.131	-5.28	239.784
2	8.1246	-1.9853	2.303	6.914	-1.4447	5.2021	0.0498	-0.3834	-0.0468	0.2634	0.0403	-0.2748	0.0471	-0.5042	-0.0902	1.1781	0.1521	0.2251	0.7951	-0.4435	1.1724	-51.482	-0.194	203.935
3	7.0356	-1.1025	0.011	6.9244	1.2122	10.3822	-0.4857	-0.1921	0.3438	-0.4801	0.2178	1.0368	0.4335	0.3918	0.2678	1.1818	-0.3408	0.362	1.1339	0.3206	1.4281	-66.232	-2.387	275.685
4	2.7766	-0.2101	0.7688	2.0793	-2.0629	4.9125	0.2374	0.3141	0.2166	0.4427	0.0544	0.7635	-0.8672	-0.2672	-0.2918	1.2322	-0.1298	0.8501	0.1153	-0.1436	1.1198	-56.061	34.628	226.857
5	1.8788	-0.3825	0.0765	6.1327	0.1142	4.5057	0.0111	-0.8065	-0.0102	0.2245	-0.0843	-0.8911	-0.6276	0.2663	0.0731	0.542	-0.1975	0.5883	0.5798	0.1804	1.7447	-16.916	28.884	247.612
6	15.9589	4.5856	-1.0142	1.7792	-0.2342	0.1071	-0.523	0.1328	0.4667	-1.3406	0.2678	0.2933	-0.0341	0.0281	0.2551	3.366	-0.2098	0.1781	1.505	0.1646	2.0432	-27.164	34.071	219.795
7	4.9299	-0.6742	4.3505	0.9976	-1.0067	5.0522	-0.1071	1.2121	-0.2785	0.0493	-0.2083	-0.0465	-0.2502	0.3547	0.3154	1.337	0.1581	0.2766	0.9762	-0.1492	1.3058	-35.555	18.178	185.462
8	1.4776	-0.8809	0.434	0.6029	-0.2335	0.3479	0.7075	0.7787	-0.521	-0.1895	-0.3889	0.0421	0.0495	0.8195	-0.3185	2.8438	0.3939	0.6911	2.115	-0.2868	2.9163	12.981	4.927	202.432
9	5.5323	4.9688	-2.0615	5.597	0.4006	6.2508	-0.3032	1.0639	-0.4678	-0.4673	0.5479	-0.8113	-1.0842	-0.2576	-0.2447	2.0795	-0.0776	0.8222	1.8966	0.1632	2.5396	-27.986	51.749	185.974
10	4.7271	3.5185	-2.1982	3.1251	0.1898	7.8004	-0.6957	-0.2502	-0.3357	-0.3177	0.162	-0.1385	0.9808	1.0427	0.5338	1.4544	0.0034	0.2541	0.8909	0.2203	1.6094	-25.819	77.524	212.373
11	1.7218	-0.3189	-2.1462	2.1376	-3.0977	8.996	0.1578	0.3107	-0.2169	0.5862	-0.2657	-0.2924	-1.8498	-0.1963	0.1079	1.8891	-0.0988	0.1254	1.2862	0.0506	2.1591	-33.691	107.998	222.688
12	10.2982	-3.9769	-5.0111	3.9665	2.8209	2.7879	-0.5469	-0.5939	0.1921	-0.5408	0.5592	0.4671	-0.1095	0.3206	-0.0123	1.9891	-0.2134	-0.1279	1.409	-0.1324	1.3376	-20.551	77.879	262.926
13	1.4608	0.7325	-0.8747	2.9026	-1.6791	4.4552	0.0563	0.516	0.6214	-0.6109	-0.0482	-0.3464	-0.6248	-0.0314	-0.0081	1.2143	-0.3025	0.8085	1.2163	0.041	2.6732	6.213	52.695	212.072
14	4.2176	0.2764	-1.731	0.1708	-0.0642	0.7904	0.0564	-0.4006	0.0884	0.5053	0.4534	-0.3049	0.2909	0.0596	-0.5099	4.3066	-0.3456	-0.768	3.332	-0.1161	3.3721	48.619	57.553	198.587
15	3.4577	-1.1181	1.1017	1.4513	1.5541	3.7972	-0.0329	-0.0848	0.4353	-0.3303	-0.1885	-0.0213	-0.2586	-0.1856	0.2214	2.147	-0.1022	0.054	2.1461	-0.1329	2.3022	-43.696	76.817	257.697
16	13.1928	-1.3146	-0.7444	0.3265	-0.0839	6.2642	-0.1817	0.5476	-0.4805	0.1577	0.1639	0.1974	0.1076	-0.3228	0.0177	1.4581	0.1915	0.0907	0.3521	-0.2009	1.5957	-98.49	67.049	157.656
17	5.7671	4.4408	2.8745	4.47	2.5643	9.2521	-0.5329	0.5197	-0.4929	0.0162	0.3399	-0.0282	0.7447	-0.342	0.1931	1.1834	0.5427	0.2793	0.8302	0.1973	1.5724	-70.315	70.113	181.212
18	9.1767	-4.4011	4.8924	3.9878	-0.4214	6.5331	0.0299	0.7365	-0.2436	-0.0973	0.2429	0.4364	0.5295	0.2239	-0.2729	1.4548	-0.0846	0.2491	1.2793	-0.1478	1.5836	-126.158	72.027	133.404
19	5.2053	2.4731	1.7489	2.5537	1.2671	3.7836	-0.3991	0.2811	0.7695	-1.1325	0.1319	0.1562	-0.393	0.8301	0.2671	1.4152	0.0363	0.82	0.2073	0.0161	1.5724	-84.637	106.131	165.101
20	3.7956	-0.9362	1.5413	5.3149	-0.0897	3.8258	0.0502	0.1335	0.2791	0.0254	-0.106	0.1409	-0.117	-0.5404	0.0558	0.8382	0.015	0.8775	0.1156	0.0068	0.9401	-121.965	104.764	188.948
21	1.0923	-1.5219	-2.2923	7.9958	3.9518	5.0914	0.4613	-0.1189	0.3658	0.6031	0.7009	-3.091	-0.2311	0.0033	-1.1623	2.7367	-0.2084	-0.1544	1.8534	0.2655	2.1501	-91.984	106.714	193.78
22	8.8902	0.8347	-3.4157	0.2446	-0.3928	1.6384	0.2233	-0.3632	-0.0596	0.2385	-0.1406	-0.088	-0.2606	0.7486	-0.0826	1.6586	-0.0206	0.1995	1.2674	0.1184	1.6656	-59.795	88.002	203.634
23	2.9303	3.1152	-0.2356	6.6537	-1.1788	0.474	0.4641	-0.9248	-0.0622	0.3125	-0.9845	-0.5924	0.2309	0.4531	0.5204	2.185	0.5372	0.4802	1.3755	0.0383	2.2921	-100.543	79.754	238.217
24	3.2685	2.955	3.037	4.2427	2.995	3.948	-0.1318	-0.7406	0.3	0.4554	-0.0399	-0.3011	-0.1232	0.2413	0.1716	1.4266	0.1554	0.074	1.3573	0.0695	1.6063	-61.706	122.135	209.278
25	4.4037	0.1067	6.1449	4.0334	2.628	10.1615	0.442	-0.5221	-0.2052	0.3984	0.0092	0.1423	0.6902	-0.7686	-0.4512	1.4641	-0.3216	0.3706	0.6306	0.0478	1.4799	-82.766	149.864	197.423
26	0.4061	0.2632	1.1857	0.5404	-0.1416	13.9004	-0.0076	0.1049	-0.0814	0.2227	-0.3012	0.3896	0.1759	-0.1366	0.3089	1.5849	0.0076	0.0597	1.5339	-0.0102	1.7834	-83.977	180.08	183.972
27	20.6343	-7.3977	-9.8453	13.7165	-2.6944	8.3139	0.2683	-0.5378	-0.3319	-0.7537	-0.2494	-0.0277	-0.072	0.3865	-0.0189	1.7399	0.1813	-0.0865	0.6996	0.2638	1.4078	-129.557	153.427	176.701
28	4.1067	1.8356	1.7004	3.2231	1.0801	3.2603	-0.0886	-0.0883	0.2661	1.184	0.2514	-0.6733	-0.8295	1.052	-0.1629	2.1838	-0.0615	0.5743	0.5141	-0.1	1.5829	-100.52	127.364	225.959
29	0.9832	-0.65	-0.9807	0.6178	1.1764	3.1524	-0.013	-1.1099	-0.9584	0.0753	0.5872	0.4232	0.5138	0.3485	-0.5743	3.1552	0.1909	-0.2373	2.937	0.1456	4.3786	-108.988	133.701	269.567
30	6.8318	-2.9842	-2.1674	2.3084	-0.329	2.7805	-0.0203	0.1382	1.3704	-0.6099	-0.0927	-0.8062	-0.3231	-0.0399	0.113	3.3236	0.0257	0.3465	2.2842	0.2748	3.1411	-113.647	151.574	159.316
31	5.6981	0.6861	-0.2211	0.2708	-1.0802	7.8127	-0.2611	0.0719	0.0009	-0.1402	0.3058	0.0955	0.1964	-0.8101	-0.0447	1.8189	-0.3089	0.1342	1.0341	-0.1376	1.7306	-112.172	36.937	76.271
32	5.0142	-2.6661	3.331	2.23	-1.276	5.9633	0.0226	0.0539	-0.1851	-0.0659	0.0142	-0.0146	0.1443	0.0064	-0.0367	1.5016	-0.1478	0.0583	1.21	-0.369	1.4093	-79.683	38.754	58.967
33	6.9646	1.7686	-0.846	3.0878	3.9935	11.6833	-0.1234	0.5996	-1.0569	-0.7949	-0.3454	0.392	-0.8613	-1.3232	0.4687	1.5715	-0.0426	0.1182	1.8098	-0.01	2.1348	-145.3	42.917	91.79
34	3.6211	1.4176	-0.7207	1.0979	-1.3237	3.2784	0.1411	0.9271	0.7031	-0.1093	0.3522	0.8238	-0.0006	-0.537	-0.4933	1.2249	-0.023	0.6033	0.8032	-0.1169	1.9043	-99.424	75.329	64.937
35	4.7805	-0.5885	-0.8755	5.5964	0.2402	2.4482	0.0992	-0.2656	-0.0739	0.3061	-0.0565	-0.0001	-0.1325	-0.7433	-0.0426	1.0735	-0.1852	0.2875	0.3396	0.0372	1.0503	-91.126	75.218	108.506
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	179 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	6 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	179 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 178
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	52 - 178
7	X-RAY DIFFRACTION	4	C	2 - 28
8	X-RAY DIFFRACTION	4	C	146 - 152
9	X-RAY DIFFRACTION	4	C	445 - 455
10	X-RAY DIFFRACTION	4	C	517 - 831
11	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1057 - 1241
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	501 - 790
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1242 - 1320
14	X-RAY DIFFRACTION	5	D	343 - 500
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16	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1129 - 1153
17	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1213 - 1317
18	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1345 - 1376
19	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1502 - 1503
20	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 91
21	X-RAY DIFFRACTION	5	F	505 - 529
22	X-RAY DIFFRACTION	6	2	12 - 21
23	X-RAY DIFFRACTION	6	3	13 - 17
24	X-RAY DIFFRACTION	7	C	832 - 891
25	X-RAY DIFFRACTION	7	C	912 - 1056
26	X-RAY DIFFRACTION	8	C	892 - 911
27	X-RAY DIFFRACTION	8	F	530 - 613
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30	X-RAY DIFFRACTION	9	C	29 - 145
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94	X-RAY DIFFRACTION	28	5	3 - 11
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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