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- PDB-4yli: CL-K1 trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yli
タイトルCL-K1 trimer
要素Collectin-11
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / C-type carbohydrate-recognition domain / collectin / C-type lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent carbohydrate binding / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / fucose binding / complement activation, lectin pathway / oligosaccharide binding / developmental process / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / collagen trimer / antimicrobial humoral response ...calcium-dependent carbohydrate binding / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / fucose binding / complement activation, lectin pathway / oligosaccharide binding / developmental process / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / collagen trimer / antimicrobial humoral response / serine-type endopeptidase complex / complement activation / Scavenging by Class A Receptors / execution phase of apoptosis / Initial triggering of complement / D-mannose binding / external side of plasma membrane / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / DNA binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Collectin, C-type lectin-like domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. ...Collectin, C-type lectin-like domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Wallis, R. / Girija, U.V. / Gingras, A.R. / Moody, P.C.E. / Marshall, J.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000191/1 英国
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2015
タイトル: Molecular basis of sugar recognition by collectin-K1 and the effects of mutations associated with 3MC syndrome.
著者: Girija, U.V. / Furze, C.M. / Gingras, A.R. / Yoshizaki, T. / Ohtani, K. / Marshall, J.E. / Wallis, A.K. / Schwaeble, W.J. / El-Mezgueldi, M. / Mitchell, D.A. / Moody, P.C. / Wakamiya, N. / Wallis, R.
履歴
登録2015年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collectin-11
B: Collectin-11
C: Collectin-11
D: Collectin-11
E: Collectin-11
F: Collectin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,83538
ポリマ－103,8816
非ポリマー1,95432
水88349
1
A: Collectin-11
B: Collectin-11
C: Collectin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,98120
ポリマ－51,9403
非ポリマー1,04117
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PISA
2
D: Collectin-11
E: Collectin-11
F: Collectin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,85418
ポリマ－51,9403
非ポリマー91315
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area23010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.990, 107.590, 77.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA116 - 306
211chain BB116 - 306
311chain CC117 - 306
411chain DD116 - 306
511chain EE122 - 306
611chain FF116 - 306

-
要素

#1: タンパク質
Collectin-11 / Collectin kidney protein 1 / CL-K1


分子量: 17313.422 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COLEC11, UNQ596/PRO1182 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BWP8
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0 10% v/v ethanol and 4 mM calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→48.21 Å / Num. obs: 42224 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 10.09
反射 シェル解像度: 2.45→2.538 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique all: 3791 / % possible all: 87.15

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B08

1b08


解像度: 2.45→48.208 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 2140 5.07 %
Rwork0.1869 40051 -
obs0.1887 42191 95.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.23 Å2 / Biso mean: 74.4579 Å2 / Biso min: 33.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→48.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7162 0 105 49 7316
Biso mean--76.41 60.68 -
残基数----919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6169876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251032
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9912741
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4352X-RAY DIFFRACTION6.974TORSIONAL
12B4352X-RAY DIFFRACTION6.974TORSIONAL
13C4352X-RAY DIFFRACTION6.974TORSIONAL
14D4352X-RAY DIFFRACTION6.974TORSIONAL
15E4352X-RAY DIFFRACTION6.974TORSIONAL
16F4352X-RAY DIFFRACTION6.974TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.5070.3361320.28312336246884
2.507-2.56970.33281450.27092650279596
2.5697-2.63920.32711440.26032739288398
2.6392-2.71680.31641460.25342753289998
2.7168-2.80450.32591110.23372746285798
2.8045-2.90470.3021510.23162711286298
2.9047-3.0210.26241490.23222746289598
3.021-3.15850.27291290.2352757288698
3.1585-3.3250.27971520.22812703285597
3.325-3.53320.23891330.21792616274993
3.5332-3.80590.24311320.18572464259688
3.8059-4.18870.21121610.1722741290298
4.1887-4.79440.1741640.14352755291999
4.7944-6.03850.19451560.1632709286596
6.0385-48.21690.14821350.14422625276092
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.04297.13065.32339.06077.15625.1437-0.32880.37771.2574-0.8886-0.04991.1672-1.18870.06140.38220.8585-0.1021-0.1020.637-0.19641.133241.9216-8.969212.0892
25.8219-1.28370.59855.8336-3.74334.8753-0.4978-0.61050.68840.866-0.08551.188-0.4601-0.04760.47610.6215-0.15390.12430.5712-0.2460.641634.3488-34.789515.353
34.93223.7886-2.46178.8121-2.85962.61340.5258-0.67390.46510.9419-0.30510.3065-0.41570.202-0.21930.7021-0.26970.17790.6884-0.24060.62931.7907-46.333121.2437
46.98595.34794.19933.88462.90413.0879-0.0503-0.33120.50310.9331-0.20360.40020.09360.0490.16390.7201-0.1738-0.0310.608-0.15510.691446.827-16.162519.0946
56.026-1.3494-2.0264.6784-0.00328.7385-0.06090.24620.06760.2978-0.50230.01240.13650.07370.46530.3752-0.09740.02870.4735-0.15590.492745.6967-33.5758-1.4154
64.216-0.3107-0.51236.78873.42924.24880.07950.10760.0821-0.1485-0.49660.0413-0.06120.02960.42480.3451-0.00080.01260.4437-0.00470.354649.6796-39.9404-11.9495
78.51917.79625.26768.51447.03628.4876-0.17210.0390.5334-0.91640.3322-0.2401-0.79830.95070.07240.8192-0.1318-0.05070.7446-0.21020.810250.8066-12.96358.2646
89.2094-2.18875.23381.0053-0.55047.3664-0.2127-1.00551.06340.19530.09060.1085-0.4733-0.9190.09740.5829-0.0086-0.1010.6343-0.21830.845517.3138-21.373-1.9719
96.5623-5.24425.29455.5726-5.39994.3473-0.3729-0.7923-1.17340.07230.8923-0.18160.5995-1.3778-0.07460.84920.1857-0.02710.60020.13270.852211.4946-50.200347.4939
105.06013.11320.88822.2902-0.06994.12290.36910.22910.5762-0.31840.0531-0.18670.10620.4869-0.51070.48190.10110.13130.48150.10770.684813.4652-26.389534.7801
113.2423.1631-0.47128.4018-2.03815.42850.1559-0.05070.00950.2768-0.0942-0.2045-0.04570.3304-0.02720.49520.10340.15710.53490.1090.539817.8674-21.34833.3173
123.7271.9203-1.64248.7649-3.05533.27260.0604-0.0698-0.06710.3258-0.0418-0.0105-0.19290.53640.02110.49210.01480.1470.57370.08130.470320.2401-13.482828.7276
139.57291.38851.74981.97892.05492.44310.30950.0895-0.97921.19740.29710.61740.70150.6988-0.52760.90130.1846-0.01550.55010.00620.6547.9138-42.210253.2847
144.54850.32864.74415.61853.20837.1346-0.19490.2344-0.55030.44340.43190.09980.3055-0.6414-0.02040.5994-0.00980.01110.6120.08920.6294-2.3155-38.013533.4455
154.7408-0.49745.54976.53472.10797.34910.29210.0396-0.67040.0422-0.24340.54340.70040.3094-0.26230.5853-0.0257-0.08430.66120.10790.6276-4.8745-40.451527.6935
167.41031.58644.64237.0212.70715.22360.20630.8373-0.517-0.127-0.17230.49370.6373-0.1571-0.05180.5852-0.0481-0.09330.8258-0.02270.6586-9.7851-40.09619.4821
178.9491-8.03566.73016.923-6.56285.05230.5056-0.04310.4814-1.0785-0.6593-1.75920.83220.5920.48680.77260.18220.03660.69430.10560.889619.7861-42.430950.9337
185.235-3.0048-1.7087.49030.65584.2990.0811-0.04780.48820.0694-0.257-1.0610.61990.24520.10750.52250.11570.08140.44250.06490.3849-0.2558-25.057748.4291
197.6285-0.29760.41428.51082.85627.110.0384-0.11940.2841-0.4319-0.0039-0.8684-0.17770.0384-0.04180.34390.11270.05020.37460.05160.4382-5.345-22.241352.0722
203.3866-4.2825-0.69467.24292.3212.6854-0.1252-0.2190.29840.3140.05820.35290.2486-0.2938-0.14080.45140.08530.01940.44960.12660.4355-14.8987-18.44955.4074
214.6279-3.413-1.97915.17181.00745.76330.5216-0.10290.8649-0.325-0.1166-0.6363-0.2086-0.2791-0.38250.50810.08830.0920.45110.05950.547-11.4671-14.473152.8616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 116 through 141 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 142 through 162 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 163 through 269 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 116 through 142 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 143 through 162 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 163 through 269 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 117 through 141 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 142 through 269 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 116 through 141 )D0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 142 through 162 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 163 through 195 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 196 through 270 )D0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 122 through 141 )E0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 142 through 162 )E0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 163 through 196 )E0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 197 through 270 )E0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 116 through 141 )F0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 142 through 162 )F0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 163 through 196 )F0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 197 through 222 )F0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 223 through 269 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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